Le tube digestif de l’homme abrite un écosystème microbien
complexe, le microbiote intestinal, qui joue un rôle clé dans la
nutrition et l’état de santé. L’apparition de nouveaux outils
moléculaires comme la PCR et le séquençage de l’ARN ribosomal 16S a
permis d’identifier un grand nombre de bactéries jusque-là
inconnues car non cultivables.
La composition du microbiote est d’une extrême diversité, avec
un trillion de micro-organismes et un microbiote qui comporte 10 à
100 fois plus de gènes que le génome humain. Chez le jeune adulte,
3 principaux groupes phylogénétiques sont présents :
Bacteroidetes, Firmicutes,
Actinobacteria. Les proportions des différentes espèces ne
sont pas les mêmes chez le jeune enfant, sous l’influence
potentielle du lait maternel et du lieu de naissance, et elles
continuent à évoluer avec l’âge.
Le microbiote intestinal est néanmoins spécifique de son hôte et
montre une capacité de résilience marquée face à des conditions
stressantes modérées. La flore prédominante d’un individu comprend
environ un millier d’espèces, mais les analyses génomiques,
protéomiques et métabolomiques suggèrent fortement
l’existence d’un ensemble fonctionnel commun à tous et constitué
par quelques espèces plus souvent représentées.
Les sources énergétiques du microbiote intestinal proviennent
principalement des nutriments non digérés et des sécrétions de
l’hôte : les processus métaboliques anaérobies aboutissent à la
production de gaz et d’acides gras à chaînes courtes, grâce à
l’intervention de plusieurs groupes fonctionnels bactériens.
Jusqu’à ce jour seules quelques corrélations ont pu être établies
entre bactéries et capacités métaboliques, comme la production de
butyrate capable d’agir sur le fonctionnement des cellules
épithéliales et immunitaires intestinales. D’autres questions
restent en suspens, comme celle des mécanismes immunitaires
impliqués dans la relation entre déséquilibre du microbiote et
maladies intestinales allergiques et inflammatoires.
Le projet européen MetaHIT (pour Metagenomics of the Human
Intestinal Tract) a pour objectif le décryptage de l’ensemble
du génome microbien intestinal et l’analyse de ses interactions
fonctionnelles avec l’hôte. La connaissance de l’homéostasie et des
dysfonctionnements du microbiote intestinal ouvrira de nouveaux
horizons dans différentes pathologies tant sur les plans
diagnostique et pronostique, que d’un point de vue préventif, par
le biais d’une optimisation de l’alimentation, et thérapeutique, en
incluant l’impact des pré et probiotiques.
Dr Odile Biechler
Doré J : The normal microbiota from newborn to elderly.
Bernalier-Donadille A : Microbiota and fermentative metabolism in humans.
Ehrlich D : Metagenomics of the intestinal microbiota: potential applications.
“The intestinal microbiota, equilibrum et disorders” (Barcelone) : 2 octobre 2009. International Workshop organisé par Biocodex.
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