Faut-il rechercher la présence du SARS-CoV-2 dans les selles ?

Depuis le début de la pandémie de COVID-19, nous nous sommes fait l’écho de nombreux rapports scientifiques concernant les manifestations gastro-intestinales de cette infection et la possibilité d'une excrétion virale par les fèces.

L’évaluation critique de la pertinence clinique des tests basés sur les selles et les écouvillons anaux manquait cependant pour donner un aperçu de la transmission oro-fécale potentielle du SARS-CoV-2.

Une revue systématique de la littérature à partir des principales bases de données (Medline, Embase…) a permis d’identifier 95 études sur ce thème publiées entre décembre 2019 et le 7 juillet 2020 et qui ont pu faire l’objet d’une analyse quantitative. Au total 934/2 149 (43 %) patients ont été testés positifs pour le SARS-CoV-2 dans des échantillons de selles ou des prélèvements anaux, avec des résultats de test positifs jusqu'à 70 jours après l'apparition des symptômes. Une méta-analyse réalisée avec les études d'au moins 10 patients, a révélé que 51,8 % des échantillons étaient positifs. Les échantillons fécaux positifs de 282/443 patients (64 %) sont restés positifs pour le SARS-CoV-2 pendant une moyenne de 12,5 jours, jusqu'à un maximum de 33 jours après que les échantillons respiratoires soient devenus négatifs. La viabilité du coronavirus en culture a été retrouvée chez 6/17 (35 %) patients chez lesquels elle a été spécifiquement étudié.

Une récente méta-analyse de 79 études mondiales (Cevik Lancet Microbe 19 Nov. 2020) concerne la période de contagiosité maximale des patients atteints de Covid-19. Elle conclut que le virus actif est présent dans les prélèvements nasaux 2 jours avant les signes cliniques (soit à la fin de la période d’incubation) et jusqu'à 9 jours après le début des symptômes. La quantité de virus atteint un pic dès les premiers symptômes et dans les 5 jours suivants avant de décroïtre jusqu’à à une durée maximale de 17 jours. Aucun virus viable n'a pu être isolé en culture au-delà de 9 jours. La durée maximale de l'excrétion virale était de 83 jours dans les voies respiratoires supérieures, 59 jours dans les voies respiratoires inférieures, 126 jours dans les selles et 60 jours dans le sérum.

La tranmission oro-fécale est très plausible même après la clairance du virus dans les voies respiratoires

Cette nouvelle méta-analyse confirme que de nombreux patients atteints du SARS-CoV-2 présentent des symptômes gastro-intestinaux et nous apporte des éléments convaincants pour une excrétion virale dans les selles et une transmission oro-fécale du virus. Celui-ci a été détecté dans 43 % des échantillons de selles ou d'écouvillons anaux. Plus de la moitié (63 %) des patients sont restés positifs pendant une moyenne de 12,5 jours, même après que leur RT-PCR nasale soit devenue négative. Après la négativation des tests respiratoires, la positivité persistante de ces échantillons jusqu'à un maximum de 33 jours implique que le coronavirus peut se répliquer activement dans le tractus gastro-intestinal du patient et qu'une transmission oro-fécale peut se produire après la clairance virale dans les voies respiratoires. Enfin, l'absence de symptômes digestifs n'est pas un indicateur d’absence de virus dans les selles. Toutes les études incluses étaient cependant des études observationnelles sans groupes témoins, basées sur un nombre relativement petit de patients hétérogènes (I2 environ dans 90 % des cas), et le moment du prélèvement des échantillons a été peu cohérent et non standardisé. De futures études séquentielles plus larges portant sur la vitalité du coronavirus dans les selles fraîches sont nécessaires pour confirmer l’importance d’une transmission active du virus ; elles plaideraient alors pour une plus grande attention à l'hygiène des mains et de l'assainissement. En outre, la surveillance des eaux usées des ménages infectés permettrait alors d’estimer la présence et la prévalence de la Covid-19 dans les communautés.

La rigueur des mesures d’isolement des patients contaminés et de leurs contacts reste, notamment dans la cellule familiale, la clé du succès de la lutte contre le coronavirus. La Chine a ainsi appliqué des critères très stricts de manière autoritaire mais avec un haut degré de réussite. On manque cependant de corrélations entre les niveaux des PCR coprologiques et le caractère réellement infectieux du coronavirus déterminé par des cultures positives afin de décider la sortie d’isolement de patients testés négatifs pour le SARS-CoV-2 naso-pharyngé.

En somme, l'excrétion virale du SARS-CoV-2 dans les échantillons de selles survient chez une proportion importante de patients, rendant la transmission oro-fécale plausible sans être le principal moteur de l’infection. De plus, sa détection dans des échantillons de selles ou des prélèvements anaux peut persister longtemps après la négativité des tests naso-pharyngés. La réalisation d’études séquentielles portant sur la RT-PCR et la culture du coronavirus fécal permettrait de ré-envisager, avec plus de sécurité, les décisions d'isolement ou de sortie d'un patient confiné.

Dr Sylvain Beorchia

Référence
Van Doorn AS, Meijer B, Frampton CMA et coll. : Systematic Review With Meta-Analysis: SARS-CoV-2 Stool Testing and the Potential for Faecal-Oral Transmission. Aliment. Pharmacol. Ther. 2020 Oct 01;52(8)1276-1288

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