Microbiote et allergies : peut-on s’attendre à des applications thérapeutiques ?

La colonisation intestinale par les bactéries commence dès les premiers jours de vie, et la diversité du microbiote augmente progressivement avec l’âge, pour atteindre une composition stable vers 2-3 ans de vie. L’abondance et la diversité du microbiote intestinal jouent un rôle important dans la tolérance immune, l’homéostasie intestinale. Or, de nombreux facteurs influencent la composition de ce microbiote, dès le stade de la colonisation : le mode d’accouchement, le type d’alimentation, le moment du sevrage, la prise de médicaments ou encore des facteurs génétiques. Plus tard dans la vie, les infections, le stress, l’alimentation, entre autres, peuvent induire des perturbations durables de la composition du microbiote.

Lors du symposium intitulé « Targeting the microbiome for clinical care ? » qui s’est tenu lors de la dernière journée de l’édition 2020 du congrès virtuel de l’EAACI (European Academy of Allergy and Clinical Immunology), les Pr Eva Untersmayr, Dr Nonhlanhla Lunjani, Dr Anne-Marie Singh, Dr Sylwia Smolinska et Dr Liam O’Mahony ont présenté quelques données récentes sur le rôle du microbiote dans l’allergie alimentaire et les applications thérapeutiques qui en découlent.

Relation entre microbiote intestinal et système immunitaire : un intérêt croissant pour l’épigénétique

Le rôle du microbiote intestinal est multiple, mais l’une de ses fonctions principales s’exerce au niveau du système immunitaire, inné et adaptatif. La Pr Eva Untersmayr rappelle que ce sont les cellules épithéliales qui orchestrent l’interface hôte-microbiote, dans la relation entre l’immunité innée de l’hôte et le microbiote intestinal. Ces cellules possèdent des récepteurs qui reconnaissent les composants cellulaires microbiens et leurs métabolites. Le microbiote intestinal agit également sur l’immunité adaptative, par l’intermédiaire des IgA et par l’activation des cellules T.

De nombreux travaux ont permis de démontrer que le microbiote et la réponse immune sont impliqués dans les allergies. Une étroite relation entre la réponse individuelle immune de l’hôte et la composition de son microbiote intestinal a été démontrée. Pour une prise en charge médicale personnalisée, il semble donc essentiel de prendre en compte les facteurs individuels sur la réponse immune, par le biais de la composition du microbiote.

L’impact de l’exposition environnementale sur le développement de l’allergie et de l’asthme est désormais mieux connu, comme le souligne le Dr Nonhlanhla Lunjani qui rappelle le fameux « farm effect », mécanisme de protection que développent les jeunes enfants exposés à des composants de bactéries et à des poussières de fermes.

Mais il faut souligner que l’exposition environnementale intervient aussi par l’intermédiaire d’un effet épigénétique, dès la grossesse et en période néo-natale. Cet effet épigénétique assure un transfert de la mémoire de l’exposition des parents à différents facteurs environnementaux, et peut se transmettre sur plusieurs générations. L’alimentation, le stress, les produits chimiques, le tabac, entre autres, affectent le microbiome par l’intermédiaire de l’épigénétique.

L’exposition microbienne précoce réduit le risque d’allergie

Dr Anne-Marie Singh revient sur cette influence de l’environnement et reprend l’exemple du « farm effect ». Il a été démontré que la vie dans une ferme était associée à une réduction du risque d’asthme et de dermatite atopique chez l’enfant. Plusieurs facteurs protecteurs ont été évoqués pour expliquer ce phénomène, parmi lesquels, l’exposition microbienne (animaux, consommation de lait cru) qui augmente la diversité du microbiote, elle-même inversement associée au risque d’asthme, de rhinite allergique et d’eczéma.

Cette plus forte exposition microbienne se traduit, au niveau du microbiome, par une baisse des bactéroïdes, des bifidobactéries et d’entérocoques et une augmentation de clostridiae, et au niveau sanguin par une association positive avec les réponses cytokiniques. Les travaux sur l’implication du microbiome dans l’allergie alimentaire chez l’Homme sont toutefois limités. Les Clostridiae pourraient avoir un rôle protecteur, les Bacteroïdes un rôle bénéfique ou défavorable selon les études, les Entérobactéries un effet plutôt défavorable et les lactobacilles un effet plutôt bénéfique. Cependant, à ce jour, seul le Lactobacillus rhamnosus GG s’est montré bénéfique dans la désensibilisation au cours d’une immunothérapie orale.

La piste de l’histamine

Le rôle de la dysbiose est aussi très étudié dans les maladies inflammatoires intestinales, comme le rappelle le Dr Sylwia Smolinska et des travaux récents ont mis en évidence un métabolisme de l’histamine altéré chez les patients atteints de maladie inflammatoire de l’intestin. La piste de l’histamine est reprise par le Dr Liam O’Mahony qui cite une étude démontrant que les bactéries sécrétant de l’histamine (particulièrement M. Morganii), sont plus nombreuses chez les patients asthmatiques. Une publication récente indique que l’histamine d’origine bactérienne influence la réponse immune chez l’animal. Le rôle bénéfique des acides gras à chaînes courtes suscite aussi un intérêt croissant.

Pour conclure, si de très nombreux travaux ont attiré l’attention sur le microbiote, son influence sur les mécanismes immunitaires et son possible impact sur le risque d’allergies, les implications thérapeutiques dans la prise en charge de l’allergie ne sont, elles aussi, qu’au stade expérimental.

Dr Roseline Péluchon

Référence
Symposium « Targeting the microbiome for clinical care ». Congrès annuel de l’Académie Européenne d'Allergie et d'Immunologie Clinique. Du 6 au 8 juin 2020 (virtuel).

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