Multiplex PCR ou l’enjeu d’un diagnostic rapide en infectio

Un retard de diagnostic est générateur d’un délai à l’instauration d’une prise en charge adaptée. Avec les techniques de microbiologie classiques qui font appel aux examens directs et à la culture bactérienne ou fongique, il faut au minimum 2 jours pour obtenir un antibiogramme. Or, les évolutions technologiques récentes en microbiologie permettent désormais d’identifier plus rapidement les germes, notamment grâce à la biologie moléculaire.

Le principe des PCR multiplex est de détecter simultanément plusieurs cibles au cours de la même analyse, sur un même échantillon. Avec une plateforme intégrée tout en un, on peut rendre une identification en 2 heures.

Quels panels syndromiques ?

Différents panels syndromiques sont disponibles notamment les panels « méningite/encéphalite », « infections respiratoires hautes/basses » et « gastro-entérites ».

Les panels « méningite/encéphalite » permettent la détection de 14 et 18 agents infectieux respectivement, et ainsi de choisir rapidement le traitement antiviral ou antibactérien adapté.

Cependant, la détection des herpès virus humain (HHV6) n’est pas optimale, les virus d'Epstein-Barr (EBV) sont souvent (trop souvent) positifs. La rougeole ou le bacille de Koch (BK) manquent. Des contaminations ORL sont à signaler.

Les panels « infections respiratoires hautes et basses » sont adaptés à l’urgence notamment dans le cas des infections respiratoires graves ou chez les sujets fragiles.

Les panels gastro-entérites sont les plus nombreux (n = 7) et permettent une alternative intéressante à la coproculture standard et aux multiples recherches particulières selon le contexte (C Difficile, Vibrio, Yersinia, E. Coli O157….). L’avantage est de pouvoir rendre les résultats négatifs très rapidement. Seuls les PCR positives nécessitent une culture. Cependant, on ne peut pas actuellement détecter les gènes de résistances aux antibiotiques, ce qui nécessite d’isoler les souches. Par ailleurs, l’interprétation des co-infections, des colonisations, la différenciation des différents pathovars* de E. coli, restent difficiles.

Cette évolution technologique est accessible à tous les laboratoires et cette approche syndromique répond à une demande forte des équipes médicales. Cependant, ces tests sont onéreux et les panels sont perfectibles avec des limites qu’il convient de connaître.

Le microbiologiste doit jouer un rôle central dans le positionnement de ces tests, leur juste prescription et les conseils pour l’interprétation des résultats.

* Le pathovar est un classement uniquement basé sur les symptômes et les caractéristiques de pathogénicité.

Dr Sylvie Coito

Références
Le Monnier A : Diagnostic rapide des maladies infectieuses par PCR multiplex syndromique. 52e journées de biologie praticienne (Paris) : 7 - 8 décembre 2018.

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