Quand la biologie moléculaire aide à la prise en charge de l’endocardite infectieuse

Une équipe berlinoise a rapporté le cas d’un patient de 59 ans, hospitalisé pour une dyspnée progressive. Les premiers examens ont permis de mettre en évidence une bicuspidie aortique avec sténose aortique, un taux de protéine C réactive élevé, mais une vitesse de sédimentation et un taux de leucocytes normaux. Deux jours après son transfert dans un service de cardiologie en raison des seuls éléments d’orientation cardiaque, son état s’est brutalement aggravé. Transféré en unité de soins intensifs (USI) en raison d’une insuffisance cardiaque congestive sévère, il y a bénéficié d’une échocardiographie transœsophagienne qui a confirmé la sténose aortique, mais a aussi révélé le développement d’un abcès ayant provoqué une avulsion valvulaire partielle. Le patient a donc été traité pour une endocardite infectieuse après la réalisation d’hémocultures et a été opéré en urgence (greffe aortique, avec réimplantation des coronaires et pontage). La situation s’est alors plutôt empirée en raison d’une défaillance multiviscérale, les paramètres d’inflammation étant toujours élevés et les cultures de divers prélèvements (sécrétions trachéo-bronchiques, sang, échantillon valvulaire) négatives. Mais en raison de la destruction valvulaire importante, Oliver Kumpf et coll. ont, au 7e jour, décidé de recourir à la biologie moléculaire, en l’occurrence à l’hybridation in situ en fluorescence (FISH pour fluorescence in situ hybridization) en utilisant de multiples sondes. Cette recherche effectuée sur les sections valvulaires du patients ont alors permis de conforter la présence de bactéries, en partie intracellulaires, dans les échantillons.

FISH + PCR

Et c’est la PCR (polymerase chain reaction) qui a eu le dernier mot en confirmant que le coupable était Coxiella burnetii, agent de la fièvre Q.  Ultérieurement, cette infection a été confirmée par la sérologie. Surtout, la découverte de ce germe, rare mais connu pour pouvoir donner à la phase chronique une endocardite, a provoqué une réévaluation du traitement antibiotique qui a été réorienté pour cibler C. Burnetii. Deux semaines après, le patient quittait l’USI et 3 mois après une rééducation adaptée, il retournait à son domicile.

Le patient s’est, de plus, souvenu tardivement qu’il avait, 20 mois auparavant, visité une bergerie, ce qui pourrait expliquer son infection, puisque la fièvre Q fait partie des maladies se transmettant de l’animal à l’homme. Les auteurs ajoutent qu’une FISH est maintenant effectuée en routine sur les prélèvements valvulaires cardiaques dans leur hôpital, ce qui permet d’obtenir des informations précises sur l’activité, l’abondance et la localisation de micro-organismes, de façon rapide et, notamment, de conduire à l’identification d’un germe rare et à l’adaptation subséquente de l’antibiothérapie.

Dr Louise Guisgand

Référence
Kumpf O et coll. : Rapid molecular diagnosis of infective aortic valve endocarditis caused by Coxiella burnetti. Infection. 2016 ; publication avancée en ligne le 23 juin.

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