Quel impact des antibiotiques sur le microbiote intestinal ?

Le microbiote intestinal humain comprend 10 14 bactéries et pèse 1 à 2 kg. Il comporte des centaines d’espèces (800 à 1 000) qui sont essentiellement anaérobies et faiblement pathogènes. Les bactéries composant le microbiote sont dans plus de 90 % des cas des firmicutes (70 %) et des bacteroidetes (25 %) (puis des actinobacteria). 70 à 80 % de ces bactéries sont non ou difficilement cultivables et donc souvent inconnues. Par ailleurs, ce microbiome, qui comprend 100 à 150 fois plus de gènes que le génome humain, est spécifique à chaque individu. Pour rappel, le microbiote intestinal du nourrisson se crée au départ par contact avec les flores fécale, vaginale et cutanée de la mère. Il ne devient stable et comparable à celui de l’adulte que vers l’âge de 3 ans. Sa composition dépend d’une éventuelle prématurité, du mode de délivrance, du type d’alimentation et de différents facteurs environnementaux (antibiothérapie maternelle ou de l’enfant, localisation géographique, entourage…).

Des fonctions multiples

Le microbiote intestinal est un organe aux fonctions multiples: rôle métabolique permettant de digérer les aliments, d’extraire l’énergie et de synthétiser différentes substances (vitamines essentielles notamment) ; rôle immunitaire par le développement et la régulation du système immunitaire intestinal ; rôle de protection de l’organisme (effet barrière contre les pathogènes extérieurs et les toxines) et rôle de maintenance du tube digestif (développement de la muqueuse intestinale …).

Il se caractérise par sa capacité d’autorégénération (phénomène de résilience) et il a la possibilité de restaurer son équilibre après une perturbation extérieure comme une infection ou un traitement antibiotique. Son équilibre est maintenu d’autant plus aisément que la diversité des espèces qui le composent est grande.

La dysbiose, c’est systématique !

La prise d’une antibiothérapie entraîne un déséquilibre du microbiote intestinal (dysbiose aiguë). En effet, l’antibiotique n’agit pas que sur la bactérie ciblée. On constate une déplétion de la flore intestinale suivie d’une expansion des souches résistantes aux antibiotiques avant une récupération lente et progressive de la variété de la flore. Cette récupération n’est cependant pas toujours complète car les antibiotiques provoquent une diminution du nombre d’OTUs (pour operationnal taxonomic unit) qui représentent l’ensemble des bactéries similaires à plus de 97 %.

Ces effets sont d’autant plus marqués que le spectre de l’antibiotique est large. Il existe cependant une grande variabilité de l’impact des antibiotiques selon les sujets. Chez certaines personnes, les modifications du microbiote après prise d’une antibiothérapie sont légères alors que chez d’autres le changement est profond.

Résistance à la colonisation et résistance aux antibiotiques

Par ailleurs, on sait qu’en fonction du spectre de l’antibiotique et de sa concentration intestinale, il existe une résistance à la colonisation par d’autres espèces. C’est dans ce cadre que l’on voit depuis quelques années une augmentation régulière du nombre d’entérobactéries multirésistantes (E-BLSE). De plus, les antibiotiques favorisent la dissémination de ces E-BLSE comme l’a montré une étude réalisée au Niger chez des enfants atteints de malnutrition sévère non compliquée. La prise d’amoxicilline augmentait le risque d’acquisition et de transmission d’E-BLSE dans la fratrie. On a pu démontrer aussi que la densité intestinale en entérobactéries multirésistantes était corrélée au risque d’infections urinaires à bactéries multirésistantes.

« Au total, la prise d’antibiotiques altère la flore anaérobie. Elle provoque une dysbiose d’autant plus importante que le spectre de l’antibiotique est large. Elle diminue la résistance à la colonisation par d’autres espèces et augmente la résistance aux antibiotiques » a conclu Laurence Armand-Lefevre (Bactériologie, Bichat).

Dr Dominique-Jean Bouilliez

Références
Armand-Lefevre L et coll.: Impact de la prise d’antibiotiques sur le microbiote intestinal. Symposium Biocodex « Microbiote intestinal et traitement antibiotique ». 25e Congrès national de pédiatrie ambulatoire (Marseille): 21-23 juin 2019.

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