La PCR salivaire vaut-elle la PCR naso-pharyngée chez l’enfant ?

Le diagnostic de l’infection à coronavirus est indispensable chez l’enfant comme chez l’adulte afin de prendre rapidement les mesures d’isolement. Les conséquences immédiates sur la vie scolaire sont évidentes. Les tests antigéniques sont très importants mais n’ont pas la fiabilité des recherches par RT-PCR. Quels que soient les tests, le recueil des échantillons par prélèvement naso-pharyngé est difficile dans la population pédiatrique. Une alternative est le recueil de la salive pour PCR. Sa sensibilité est encore relativement peu étudiée.

Des auteurs de Lausanne ont fait une étude comparative concomitante des deux modes de recueil. Des enfants de 1 mois à 18 ans ont été recrutés dans 2 centres de consultation ou d’urgence lorsqu’ils présentaient des symptômes compatibles avec une infection par SARS-CoV-2 selon les recommandations nationales suisses. Ceux de 12 ans et plus devaient avoir au moins un des symptômes suivants : fièvre, signes respiratoires tels que la toux, une douleur pharyngée, thoracique ou une dyspnée, une anosmie, une dysgueusie ou au moins un symptôme mineur en cas de contact étroit avec un cas documenté. Les critères d’application du test étaient moins restrictifs avant 12 ans. Les échantillons de salive étaient collectés par un soignant, le patient ou un parent ; la quantité recueillie dans un tube devait être d’au moins 10 µL. En même temps, un frottis naso-pharyngé était effectué.

Moindre performance des tests salivaires chez les plus jeunes et avec une durée des symptômes plus longue

En tout, 397 enfants ont eu les 2 prélèvements. Leur âge moyen était de 12,7 ans ± 3,8 ; 48 % sont des filles. La grande majorité des enfants de plus de 12 ans (90 %) présentait au moins un symptôme, surtout douleurs pharyngées et toux et avant 12 ans, fièvre et toux depuis plus de 3 jours. Parmi les 397 participants, 91 (23 %) avaient un test positif dans la salive, 101 (25 %) dans le nez et 106 (26,7 % IC 22,4-31,1 %) dans l’un et/ou l’autre ; 15 patients n’étaient positifs que dans le nez et 5 dans la salive. Le taux de détection était différent selon l’âge : parmi les 106 patients avec des résultats positifs, 3,2 % avaient moins de 6 ans, 30,7 % entre 6 et 12 ans (P = 0,004) et 66 % plus de 12 ans. La sensibilité du prélèvement salivaire en comparaison du naso-pharyngé a été de 85,2 % (intervalle de confiance à 95 % IC 78,2-92,1), celle du prélèvement naso-pharyngé quand le test salivaire était pris comme référence était de 94,5 % (IC 89,8-99,2). Pour un seuil de charge virale dans le nasopharynx ≥ 103 copies/mL, la sensibilité du prélèvement salivaire augmentait à 88,7 % et pour ≥ 104 copies à 95,2 %. La sensibilité des prélèvements salivaires et naso-pharyngés chez les patients symptomatiques depuis moins de 4 jours était respectivement de 89,5 % et 95,3 % (P = 0,249) et de 70 % et 95 % si les symptômes évoluaient depuis ≥ 4-7 jours (P = 0,096). Les 15 enfants positifs uniquement sur le prélèvement naso-pharyngé étaient plus jeunes, avaient une charge virale plus basse et un échantillon salivaire plus faible ; la charge virale de la salive était inférieure à celle du nasopharynx.

Les prélèvements salivaires représentent donc une alternative importante aux naso-pharyngés mais ont une performance inférieure chez les plus jeunes enfants et après une durée prolongée des symptômes.

Pr Jean-Jacques Baudon

Référence
Fougère Y et coll. : Performance of RT-PCR on saliva specimens compared with nasopharyngeal swabs for the detection of SARS-CoV-2 in children. A prospective comparative clinical trial. Pediatr Infect Dis J., 2021;40:e300-e304

Copyright © http://www.jim.fr

Réagir

Vos réactions

Soyez le premier à réagir !

Les réactions aux articles sont réservées aux professionnels de santé inscrits
Elles ne seront publiées sur le site qu’après modération par la rédaction (avec un délai de quelques heures à 48 heures). Sauf exception, les réactions sont publiées avec la signature de leur auteur.

Réagir à cet article