Variants : faute d’un séquençage dynamique, la France réduite aux modélisations

Paris, le jeudi 21 janvier 2021 – Petite devinette. A quelle date ont été écrites ces lignes consacrées au séquençage de SARS-CoV-2 : « L’objectif à moyen terme est celui d’un maillage régional ou interrégional avec à titre exemple 6 ou 8 plateformes coordonnées en réseau. Il est important de mobiliser autant que possible les expertises dans les grands CHU comportant des CNR, et de s’appuyer sur les organisations régionales ou interrégionales déjà existantes. Pour répondre à cette ambition et également au besoin à court terme, une trajectoire de renforcement des plateformes existantes leur permettant de remplir les nouveaux objectifs de surveillance et la mise en place progressive de nouvelles plateformes et des compétences associées doivent être définies ». C’est dans son avis du 12 janvier 2021 que le Conseil scientifique, près d’un an après sa constitution, préconise une telle structuration pour répondre à l’objectif de surveillance des variants de SARS-CoV-2. Il aura donc fallu attendre les alertes sur la circulation de différents variants pour que l’instance formule de telle préconisation, quand dans de nombreux autres pays, la stratégie de séquençage a été établie dès le printemps 2020.

Revoir la cible des prélèvements séquencés

Cette absence d’anticipation qui a fait de la France l’un des plus petits contributeurs aux bases génomiques internationales dédiées à SARS-CoV-2 explique que c’est dans une certaine confusion que la France a élaboré début janvier une enquête de surveillance. « Nous n'avons pour l'instant que le pouvoir d'écoper en urgence, car un vrai programme de surveillance n'a pas pu être mis en place à cause de l'urgence de la crise sanitaire » a ainsi confié au Figaro Agnès Delaunay-Moisan, microbiologiste au Centre de biologie intégrative et de génétique moléculaire du CEA. Cette situation amoindrit nécessairement la significativité des résultats (non encore finalisés, puisque les données après séquençage n’ont pas été rendues publiques). En effet, d’une part l’étude a été conduite grâce à 46 laboratoires (dont une trentaine de CHU) et d’autre part les prélèvements qui ont été séquencés ont été présélectionnés en fonction de leur sensibilité au test PCR Thermo-Fisher. Pour les spécialistes, il serait nécessaire pour une meilleure représentation de la circulation du virus et de ses variants d’une part d’élargir le nombre de laboratoires participants et d’autre part de ne pas se limiter aux échantillons passés au crible de la PCR-ThermoFisher. En effet, le test ThermoFisher pourrait afficher un résultat discordant. « Dans un groupe de scientifiques, nous réfléchissons aux méthodes pour avoir une vision plus précise de la distribution du variant anglais dans notre pays, et il nous semble essentiel de procéder de manière aléatoire » remarque d’une manière générale Agnès Delaunay-Moisan.

Des préconisations vraiment suivies d’effet ?

Parallèlement à ces préconisations scientifiquement étayées, l’impression de flou persiste concernant l’organisation de la surveillance des variants. D’abord sur les prélèvements à cibler, un message de la Direction générale de la Santé (DGS) le 15 janvier a exhorté les praticiens procédant aux dépistages : « de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne ayant séjourné à l’étranger dans les 14 derniers jours. En cas de réponse positive, cette mention fera l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (champ « pays de provenance »), et les personnes concernées devront être orientées vers la réalisation d’un test RT-PCR. Les prélèvements RT-PCR positifs pour ces personnes devront être transmis dans les meilleurs délais au CNR des infections respiratoires ou aux centres habilités par le CNR pour séquençage » indique la DGS. Une telle préconisation suscite cependant quelques questions. En premier lieu, est-il si opportun de cibler prioritairement les personnes de retour d’un voyage à l’étranger, ce qui présuppose  que les variants ne circulent pas de façon déjà active sur notre territoire ? En outre, une procédure de transmission des prélèvements « suspects » pour séquençage est-elle déjà en place et rodée ?

Quelles ressources ?

On observe encore une certaine confusion concernant les ressources de séquençage disponibles. Nous évoquions la semaine dernière une vingtaine de plateformes nationales et régionales recensées par France Génomique. Il faut cependant y ajouter également les séquenceurs présents dans de nombreux CHU, même si tous certainement ne sont pas paramétrés pour réaliser ce type de recherches. Cependant, ce n’est qu’au fur et à mesure que toutes les forces apparaissent comptabilisées. Ainsi, cette semaine, le directeur de l’ARS Pays de la Loire a annoncé par exemple : « Les CHU d’Angers et de Nantes se préparent à leur tour à se lancer dans le séquençage du Sras-Cov-2 », tandis que la directrice adjointe du CHU de Nantes a confirmé dans la presse régionale : « Nous avons la machine, qui est en cours de paramétrage et le personnel compétent ».
La mobilisation progressive de toutes les ressources est essentielle pour accélérer la cadence de dépistage ; même si les objectifs affichés sont loin de rivaliser avec l’activité britannique où 10 % des prélèvements positifs sont séquencés, soit actuellement plus de 30 000 par semaine. Le gouvernement projette en effet de réaliser 6 000 séquençages par semaine en avril (ce qui sera peut-être un peu tard par rapport aux prévisions de diffusion du variant dit britannique) contre 1 500 aujourd’hui (moins de 1 % des infections repérées). Face à une telle confusion et à buts aussi frileux, beaucoup déplorent l’absence de pilotage et de moyens. « Pour les financements, on nous a dit qu'il y aurait 10 millions d'euros qui seraient pour le séquençage. On l'espère, parce qu'il ne s'agit pas de faire un travail pour un mois ou deux » s’agace ainsi sur France info, le généticien Philippe Froguel sur Franceinfo,

Bientôt des tests RT-PCR multiplex pour détecter les variants… français ?

Le retard de la France en matière de séquençage impose à notre pays de s’en tenir pour l’heure aux modélisations telle celle présentée cette semaine par l’INSERM qui évoque une possible circulation majoritaire du variant SARS-CoV-2 VOC 202012/01 en mars. Même ces simulations restent fragiles, puisque pour l’heure nous ne disposons que des résultats préliminaires de l’enquête express (c’est-à-dire ceux après utilisation du test ThermoFisher et non après séquençage). Des nouvelles informations sont espérées rapidement pour pouvoir consolider ces estimations, ainsi que la réalisation rapide d’une nouvelle étude.

La France n’est pas seule

La France n’est cependant pas seule à faire face à ce nouveau défi. L’Organisation mondiale de la Santé a la semaine dernière exhorté les pays à accroître leur surveillance génomique du virus. Elle a en outre insisté sur l’importance de développer des tests RT-PCR multiplex, capables de détecter simultanément plusieurs cibles sur le génome viral (afin de pouvoir repérer différents variants). Sur ce point, le médecin et journaliste Marc Gozlan indique sur son blog hébergé par le Monde que deux équipes américaines ont commencé à s’atteler à cette tâche. Le Conseil scientifique affirme pour sa part dans son avis la semaine dernière que « Les CNR et les industriels développent des outils multiplex qui pourront être utilisés dès la semaine 3 de 2021 ».

La semaine 3, c’est maintenant. A suivre

Aurélie Haroche

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Vos réactions (8)

  • Défauts systémiques

    Le 21 janvier 2021

    Ce qui est sûr, c’est qu’en ne détectant pas ou peu les nouvelles mutations, on risque peu de trouver, un jour, un ou des mutants « français »… (le site de découverte n’étant pas synonyme de lieu de mutation).
    Ces manques et ces retards ne sont que le reflet de la pauvreté organisationnelle générale de notre système de soins, qui reste plus un système de facturations-remboursement d’actes de soins, qu’un système de suivi et de maintien en bonne santé d’une population.
    Et comme très généralement, nos manquements n’ont rien à voir avec les accusations d’un excès de centralisation, au contraire.

    Dr Pierre Blanié

  • Incompréhensible omission

    Le 22 janvier 2021

    Je suis vraiment désolé d'y revenir encore et encore, mais comment arrivez-vous à écrire tout un article sur le séquençage en France, SANS JAMAIS au grand jamais citer une fois le nom INTERDIT! Question QUIZZ, qui a été le premier et probablement le seul à séquencer dès le début de l'épidémie en France ? Réponse le Pr RAOULT. Qu'on l'aime ou qu'on ne l'aime pas, qu'on soit pour ou contre (pour vous dire la hauteur du débat), C'EST UN FAIT, il séquençait, séquençait... en disant il y a des variants et on lui riait au nez lors du débat parlementaire. Ah le grand charlatan, effectivement c'est difficile d'avoir raison avant les autres.
    Mais vraiment et honnêtement, une question me taraude au plus profond, lorsque vous ne citez pas son nom, est ce un simple oubli, (oupps!), Est-ce par incompétence (je ne pense pas), de l'autocensure (peut-être), ou y-a-t il un mot d'ordre, interdiction de citer RAOULT (complot)?

    Ce qui me pose vraiment problème ici, ce n'est pas d'être pour ou contre Raoult, c'est lorsque les faits ne correspondent plus à la réalité décrite ou écrite. Un peu comme cette novlangue qui parle de "plan de sauvegarde de l'emploi", pour dire plan social de licenciement, ou encore qu'on va virer de l'humain pour faire plus de dividende... Donc appelons un chat, un chat!

    Dr Vincent Bentolila

  • Perplexe (au Dr Bentolila)

    Le 22 janvier 2021

    J'ai vous déjà exprimé mon soutien dans vos propos, je le renouvelle.
    Je trouve moi aussi inquiétant ce silence systématique, ce n'est en tous cas certainement pas en agissant de la sorte qu'on peut espérer une décroissance des tendances complotistes.

    J'apprécie les publications sur ce site de notre consœur A. Haroche, mais là elle me laisse perplexe.

    Dr Bernard Deuxville

    Dr B. Deuxville

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