Pneumonie à 2019-nCoV : publication princeps

La grande famille des virus s’est enrichie début décembre 2019 avec l’apparition d’un nouveau représentant de la petite famille des coronarovirus, en l’occurrence le 2019-nCoV. Le foyer de contagion initial s’est situé à Wuhan (Chine) et, depuis le 20 janvier, des mesures préventives drastiques ont été mises en place pour endiguer l’épidémie : au 26 janvier), 56 millions de Chinois sont retenus par un vaste cordon sanitaire et l’état d’urgence a été instauré face à la propagation rapide d’une maladie infectieuse hautement contagieuse à la virulence incertaine, mais liée à un virus capable de muter sans prévenir.

Une petite famille émergente inquiétante

Les coronavirus sont des virus respiratoires à ARN qui sont largement représentés à l’échelon mondial. Ils sont à l’origine d’infections longtemps considérées comme bénignes, mais deux épidémies survenues au cours des deux dernières décennies ont amené à les considérer comme une menace réelle a priori plus liée à une contagiosité extrême qu’à une haute virulence : le SRAS (syndrome respiratoire aigu sévère) et le MERS-CoV (Middle East Respiratory Syndrome coronavirus) ont été à l’origine de plus de 10 000 cas d’infections grevées d’une mortalité de 10 % dans le premier cas et de 37 % dans le second. De facto, les deux virus SARS-CoV et MERS-CoV ont changé la perception de ces infections, au point que l’apparition du 2019-nCoV inspire les plus vives inquiétudes à un niveau mondial, sans que l’urgence sanitaire n’ait encore décrétée à ce jour (27 janvier 2020) par l’OMS. Cette petite famille fait beaucoup de bruit du fait de ses particularités épidémiologiques et génétiques, les mutations potentielles de leur génome étant un ingrédient de cette inquiétude. Par ailleurs, elle pourrait être la partie émergée d’un iceberg dont on appréhende encore mal les dimensions…

Tout a commencé le 1er décembre 2019

Début décembre 2019, plusieurs cas de pneumopathie virale ont été diagnostiqués à Wuhan et le séquençage du génome viral a conduit rapidement à l’identification de l’agent causal.

Un article publié dans l’urgence par le Lancet permet de dresser un portrait instantané de l’infection par le 2019-nCoV à partir des 41 premiers cas hospitalisés à Wuhan. Le diagnostic a été établi avec certitude par la PCR (Polymerase Chain Reaction) en temps réel et les techniques de séquençage de dernière génération. C’est en fait le 1er décembre 2019 que l’épidémie semble bien débuter d’après la première observation clinique validée sur plan biologique par séquençage ad hoc.

La plupart des patients était de sexe masculin (73 %). Dans un tiers des cas (32 %), il existait une maladie préexistante, à type de diabète (20 %), d’hypertension artérielle (15 %) ou encore de maladie cardiovasculaire (15 %). L’âge médian a été estimé à 49 ans (écart interquartile, EIQ 41,0–58,0). Vingt-sept des 41 patients (66 %) avaient été directement exposés à un endroit considéré comme l'épicentre de l'épidémie, en l’occurrence le marché des fruits de mer de la ville.

Tableau de pneumopathie dans tous les cas, complications variables et inconstantes

Le tableau clinique inaugural rappelle celui des infections provoquées par le SARS-CoV, à quelques nuances près : le point commun est une pneumopathie associée à une fièvre dans l’immense majorité des cas (98 %), une toux (76 %), moins souvent des myalgies ou une fatigue (44 %). Les signes et symptômes suivants se sont avérés plus rares : expectoration (28 %), céphalées (8 %), hémoptysies (5 %) ou encore diarrhée (3 %).

Au cours de l’évolution, une dyspnée est survenue chez plus d’un patient sur deux (22/40 ; 55 %) dans les jours qui ont suivi le début clinique de la maladie (valeur médiane 8,0 jours [écart interquartile, EIQ, 5,0–13,0]). Sur le plan biologique, une lymphopénie a été constatée chez 26 patients (63 %). La radiographie thoracique a révélé des anomalies dans toutes les observations, à type de foyers de condensation ou d’images en verre dépoli, l’atteinte étant d’emblée bilatérale chez près d’un patient sur deux (40 %).

Les complications ont été variées et, pour certaines, graves : syndrome de détresse respiratoire aigu (29 %), détection d’ARN viral circulant (15 %), atteinte cardiaque aiguë (12 %) ou encore surinfection (10 %). Au total, 13 patients (32 %) ont été admis en unité de soins intensifs (USI) et six décès (15 %) ont été déplorés : dans ce cas de figure, des taux plasmatiques élevés de diverses cytokines ont été détectés (plus hauts que chez les patients hors USI). Le recours à la ventilation assistée mécanique ne s’est imposé que chez 10 % des malades. Aucun lien épidémiologique direct n’a pu être établi entre le premier cas et les suivants.

L’infection à 2019-nCoV est à l’origine d’une pneumopathie potentiellement sévère qui se propage vite, comme en témoigne l’évolution actuelle de l’épidémie en Chine. Le nombre de cas a triplé en l’espace d’une dizaine de jours et le nombre de décès a fait de même. La mortalité est considérée d’ores et déjà comme élevée mais il persiste de nombreuses incertitudes sur la virulence de l’agent pathogène au point que les plus grandes précautions s’imposent dans la gestion de la crise sanitaire, chinoise pour l’instant, peut-être mondiale dans les jours à venir : tout dépendra du génie évolutif du virus au travers de ses mutations et de l’efficacité des mesures préventives prises un peu tardivement en Chine et très rapidement à l’échelon mondial.

Le qui-vive est de rigueur dans tous les pays et à tous les niveaux, en évitant de sombrer dans la psychose collective qui est toujours à craindre dans de telles situations d’urgence, face à un agent infectieux nouveau. La qualité de l’information au grand public est également cruciale et les autorités sanitaires en font à juste titre leur mantra.
 

Dr Philippe Tellier

Référence
Chaolin Huang et coll. Clinical features of patients infected with 2019 novel coronavirus in Wuhan, China Lancet 2020 : publication avancée en ligne le 24 janvier.

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Vos réactions (2)

  • Quelle proportion de surinfections ?

    Le 27 janvier 2020

    Comme la maladie semble moins foudroyante que certaines (rares) souches de grippe, qui peuvent être fatales en trois jours, il se pourrait qu'il y ait une proportion de surinfections. Dispose-t-on de chiffres à cet égard, ainsi que le pourcentage des patients, décédés ou non, qui auraient été reçu un vaccin de type Pneumo 24?

    Dr JP Moreau, Biologiste

  • Les traitements ?

    Le 01 février 2020

    On sait depuis 5 ans que la Ribavirine (largement utilisée dans le passé sur le virus de l'hépatite C avant l'arrivée des nouveaux anti viraux directs-sans qu'on connaisse d'ailleurs son mécanisme d'action) n'est pas active sur les coronavirus (également virus à ARN comme le VHC) en raison d'un Systeme enzymatique inactivant la molécule (qui marche pourtant très bien sur le VRS dont elle représentait un tt de référence). Lire là:
    https://www.sciencesetavenir.fr/sante/le-mecanisme-de-resistance-du-virus-du-sras-a-l-antiviral-ribavirine-enfin-elucide_119570

    Je serai à contrario très intéressé de savoir si les nouveaux anti viraux directs utilisés dans le VHC depuis ces dernières années ne seraient pas efficaces pour certains d'entre eux...

    Wait and see…

    Dr Bruno Gury

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