Covid-19 : Le grand flou épidémique

Paris, le mardi 12 septembre 2023 – Si la France est visiblement touchée par une vague de Covid-19 depuis un mois, l’ampleur de l’épidémie est difficile à évaluer.

Il n’y a sans doute eu aucune maladie dans l’histoire qui ait fait l’objet d’une surveillance plus constante et précise que la Covid-19. Pendant trois ans, tous les scientifiques du monde et même n’importe quel citoyen pouvaient connaitre avec une précision remarquable le nombre de contaminations, d’hospitalisations et de décès partout dans le monde. Et désormais il n’y a plus rien, ou presque. La plupart des pays du monde ont cessé presque intégralement leur surveillance à la suite du recul de l’épidémie. C’est le cas de la France, où le système SI-DEP, qui centralisait chaque jour les données concernant les contaminations et les hospitalisations a été interrompu le 1er juillet dernier.

Après avoir bénéficié sans doute des meilleures conditions de travail de l’histoire de la discipline, les infectiologues se trouvent désormais démunis pour surveiller l’évolution de l’épidémie et ce alors que la France est indéniablement touchée, depuis un mois environ, par une reprise épidémique à l’ampleur difficile à évaluer. Lors de son passage à l’émission Le Grand Jury ce dimanche, le ministre de la Santé Aurélien Rousseau a évoqué une « reprise lente à faible intensité » sans beaucoup plus de précisions. Tout juste a-t-il évoqué un taux d’incidence « reconstitué » de 10 à 15 cas pour 100 000 habitants par semaine, sans indiquer comment ce chiffre a-t-il été obtenu.

A la recherche du taux d’incidence

Si le système SI-DEP n’existe plus et qu’il n’est plus possible de consulter tous les jours les chiffres de l’épidémie, certaines données continuent d’être publiés et permettent de suivre, en partie, l’évolution de l’épidémie. Santé Publique France (SPF) indique en premier lieu que l’incidence de l’épidémie est de 24 cas confirmés en laboratoire pour 100 000 habitants par semaine.

Un chiffre extrêmement faible par rapport aux vagues précédentes (on était monté à 4 000 en janvier 2022) mais à prendre avec précaution, puisqu’il ne prend en compte que les cas confirmés en laboratoire, excluant ainsi les tests antigéniques réalisés en pharmacie ou en cabinet et les autotests (sans parler des infections respiratoires hautes manifestement bénignes n’ayant donné lieu à aucun test).

SPF réalise également un suivi symptomatique de l’épidémie, en colligeant le nombre de passage aux urgences et de consultations SOS Médecins pour suspicion de Covid-19. Des chiffres qui peuvent paraitre contradictoires, augmentant ainsi le flou autour de l’évolution de l’épidémie. En effet, alors que les consultations SOS Médecins pour suspicion de Covid-19 continue d’augmenter semaine après semaine (+ 22 % la semaine du 28 août) et atteignent leur plus haut niveau depuis l’automne dernier, les passages aux urgences sont eux stables et la Covid-19 représente moins de 1 % de l’activité aux urgences (ce qui pourrait s’expliquer par une virulence moindre des variants en cause actuellement).

De nouveaux vaccins déjà obsolètes ?

Selon certains épidémiologistes, la solution pour continuer de suivre l’évolution de l’épidémie malgré la diminution drastique du nombre de tests serait de renforcer la surveillance des eaux usés, une technique qui a été maintes fois mise en avant durant l’épidémie de Covid-19 comme étant potentiellement plus fiable que le simple suivi des tests, mais qui n’a jamais été adoptée de manière officielle en France. Aurélien Rousseau assure que les eaux usées sont bien « surveillées » mais aucun chiffre n’est actuellement disponible. Dans d’autres régions du monde où ce dispositif est utilisé (Canada, Ecosse, Californie…), la surveillance des eaux usés a permis de déceler une hausse des contaminations ces dernières semaines.

L’incertitude autour de l’épidémie est encore accentuée par la question épineuse des variants. Pour le moment, les deux variants qui circulent le plus activement en France sont toujours les mutants XBB 1.5 et EG.5.1 ou « Eris », ce dernier étant semble-t-il responsable de la poussée épidémique actuelle. Alors que la prochaine campagne de vaccination de rappel approche (prévue pour le 17 octobre, même si le ministre a indiqué qu’elle pourrait être avancée en cas de flambée de l’épidémie), les laboratoires américains Pfizer et Moderna, leader de la vaccination anti-Covid, ont élaboré de nouveaux vaccins adaptés au variant XBB 1.5 et également efficace, selon eux, contre le variant EG.5.1. La FDA, l’agence américaine du médicament, a autorisé ce lundi les deux nouveaux vaccins. En Europe, seul le nouveau vaccin de Pfizer a été autorisé par l’agence européenne du médicament (EMA) pour le moment.  

Des vaccins qui pourraient se révéler obsolètes dès leur arrivée sur le marché. En effet, un nouveau variant fait l’objet depuis plusieurs semaines d’une surveillance intense par les scientifiques du monde entier. Dénommé BA.2.86 (ou « Pirola » pour les intimes), ce variant présente plus d’une trentaine de mutations sur sa protéine Spike, ce qui pourrait lui conférer une grande capacité d’échappement immunitaire. Des recherches plus poussées doivent être menées pour confirmer cette hypothèse, mais il semble d’ores et déjà que ce mutant ne soit pas plus contagieux que ses prédécesseurs.

On le voit, le flou sur la situation épidémique actuelle est loin de devoir être dissipé.

Quentin Haroche

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