Comment la France traque-t-elle le variant anglais (et les autres) ?

Paris, le mardi 12 janvier 2021 – Jeudi dernier, le ministre de la Santé a indiqué que pour mieux surveiller la diffusion du variant dit britannique et des autres variants de SARS-Cov-2 préoccupants, l’accent allait, entre autres, être mis sur le séquençage, avec un nombre de prélèvements plus importants ainsi analysés.

Une vingtaine de plateformes en France

La surveillance de la circulation des variants peut-elle cependant uniquement reposer sur les capacités de séquençage de la France ? Recensées par France Génomique, la France compte dix plateformes nationales et régionales de séquençage auxquelles sont associées onze plateformes locales, tandis que s’y ajoutent des réseaux de bio-informatiques et un Très grand centre de calcul (TGCC). Cet ensemble est notamment déployé dans le cadre du plan France génomique 2025 dont le lancement avait suscité quelques critiques, tandis que d’une manière générale le retard de notre pays dans ce domaine a souvent été déploré (par exemple par les associations de patients atteints de maladies rares).

Un cas d’infection par SARS-CoV-2 sur deux séquencé et partagé en Australie

Concernant le séquençage des virus, c’est notamment l’Institut hospitalier universitaire (IHU) de Marseille qui est en pointe dans ce domaine en France. Cependant, même le travail soutenu des pôles centraux n’a nullement fait de la France un contributeur actif des consortiums internationaux engagés dans la surveillance génétique du virus. Ainsi, la base mondiale de génomes GISAID (créée en 2006) recense aujourd'hui 356 000 séquences génomiques virales de SARS-CoV-2. Or, comme nous l’évoquions dans ces colonnes au mois de septembre et comme le rappelait très récemment Libération, la France est loin d’avoir significativement participé à cet effort international. Elle se situe en effet à la 55ème place, avec moins d’un séquençage pour 1000 cas d’infection par SARS-CoV-2, contre 469/1000 pour l’Australie (dont le nombre total de cas détécté cependant atteint 28 634).

Face à l’urgence, des cadences qui doivent fortement augmenter

Si ces chiffres s’expliquent également par une politique de partage qui serait moins franche que celle d’autres pays, ils sont sans nul doute le reflet d’une politique de séquençage très malthusienne, et ce en dépit des multiples appels pour une surveillance plus dynamique depuis le début de l’épidémie (émanant par exemple de l’Académie de médecine). Aussi, semble-t-il essentiel qu’une véritable impulsion soit donnée. Néanmoins, elle risque d’être impuissante face à l’urgence de la situation, quand on connaît les délais français actuels. Ainsi, le CNR de Lyon est en capacité de séquencer 200 échantillons par semaine, explique Alexandre Gaymard, virologue au CHU de Lyon, cité par France Info. Cette cadence ne devrait pouvoir être accélérée que dans quelques semaines grâce à de nouveaux équipements : en février le centre espère pouvoir séquencer 384 échantillons en 48 heures.

Un réactif précieux, mais pas 100 % fiable et peu répandu

Dans ce contexte, la France devrait plus certainement se reposer sur un autre outil : les réactifs Thermo Fisher, dont il est apparu qu’ils permettaient de repérer la présence du variant britannique lors de la réalisation de la RT-PCR. Cependant, cette méthode n’est pas sans obstacle. D’abord, elle n’est pas aussi fiable que le séquençage : et c’est d’ailleurs ce qui explique le rétropédalage concernant l’annonce d’un cluster en Bretagne avant le week-end. L’Agence régionale de Santé (ARS) a reconnu que les résultats prétendument positifs avaient été obtenus grâce au réactif et non après un séquençage. Surtout, ce réactif n’est pas très répandu en France et des approvisionnements rapides vont être nécessaires pour que tous les outils de surveillance soient à disposition. Bis repetita.

Aurélie Haroche

Copyright © http://www.jim.fr

Réagir

Vos réactions (1)

  • Tests et VariantS en France selon la DGS

    Le 16 janvier 2021

    L’information colportée par O Véran devant le Sénat le 12/1/2021 selon laquelle «à peu près 1% de variant d'origine anglaise parmi les PCR positives en France» a été commentée et nuancée (JIM 13/1/2021 : «Variant «anglais» en France : jusqu’ici tout va bien ?»). Suggérer la SOUS-évaluation me semblait plus prés de la triste réalité pour les raisons parfaitement surlignées ici par A Haroche :
    Notre inaptitude nationale choisie mais maintenant pénalisante et durable au séquençage massif , à l’épidémiologie génomique ont été N fois rappelées
    Déshabiller Pierre (Hors Covid) pour habiller Paul (Covid) au prix de conséquences déjà vécues en terme d’hospitalisations ?
    Partager des données dont on ne dispose pas devient alors un détail

    Nous avons reçu une nième alerte hier soir : «DGS-Urgent n°2021_05 : NOUVELLES VARIANTES Sars-Cov2 : CONDUITE A TENIR»
    https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/dgs-urgent_05_cat_nouvelles_variantes_.pdf

    • Elle rappelle en introduction que «de nouvelles VARIANTES du SARS-CoV-2 ont été initialement détectées Royaume-Uni, en Afrique du Sud et au Brésil, et sont aujourd’hui détectées dans de NOMBREUX pays» . Le «Variant UK» du SARS-CoV-2 , souche VOC-202012/01, ne résume plus toute la problématique : Lauring AS, Hodcroft EB. Genetic Variants of SARS-CoV-2—What Do They Mean? JAMA. January 06, 2021. doi:10.1001/jama.2020.27124

    • Elle cible les VOYAGEURS en zone «à risque» au cours des 14derniers jours : Cette sélection va devenir rapidement caduque par effet de diffusion.Qui imaginait que venir de Wuhan ou de Bergame restait un critèré en Mai 2020 ?

    • Elle confirme que toutes les RT-PCR (simples ou multiplex) , tests antigéniques et même sérologies NE SE VALENT PAS , hors variant puis per variant
    FAUX NEGATIFS avant tout , voir positifs , re-deviennent d’actualité en impactant DIAGNOSTIC comme DEPISTAGE
    Tout test MONOCIBLE (Protéine S) devient INAPPROPRIE
    La liste impréssionnante (105 pour les seules PCR simples) , EVOLUTIVE , des tests disponibles en France mais aussi de tous ceux sujets à caution pour le seul «Variant UK» est disponible : https://covid-19.sante.gouv.fr/tests

    Même si le propos est anxiogêne , qui contredira A Fontanet quand il déclarait cette semaine : «C'EST PRESQUE UNE NOUVELLE EPIDEMIE DANS L’EPIDEMIE»

    Hier encore , après une période de pénurie manifeste : «DGS-Urgent n°2021_03 : CAMPAGNE DE VACCINATION CONTRE LA GRIPPE SAISONNIERE 2020-2021»
    https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/dgs_urgent_03_vaccination_grippe.pdf
    Chacun s'accordera pour reconnaitre , sans Pathos , qu' une vraie flambée grippale faute , non plus de masques et de SHA , mais de vaccin anti-grippal serait malvenue sur le plan sanitaire - logistique - économique et ... politique
    Les mesures barrières , confinements , couvre feux (ou la « nature ») ont permis de temporiser éfficacement jusque la , tous hémisphères confondus

    Entre «INQUIETISTES» et «RASSUREUX» , il reste probablement une place peu prisée pour les «FACTUEUX»

    Dr JP Bonnet

Réagir à cet article