Dépistage de la Covid-19 : priorité à la rapidité des tests

La réussite des stratégies de dépistage dépend de la compréhension à la fois de la dynamique de la propagation entre les individus et de celle du virus dans le corps humain. Comme la Covid-19 peut se propager à partir d'individus présentant des infections pré-symptomatiques, symptomatiques et asymptomatiques, le retour à la normale de nos modes de vie passe par le contrôle de la propagation du virus et donc repose sur le dépistage de la population. En phase d’incubation, les titres viraux sont généralement trop faibles pour être détectés, puis s’ensuit une croissance virale exponentielle qui entraîne un pic de charge virale et d'infectiosité, avant de se terminer par une diminution et une disparition de la virémie.

Test de référence, la PCR en temps réel connaît des limites analytiques de détection qui se situent généralement autour de 103 copies d'ARN viral par ml (cp/ml) avec un coût élevé et un délai de 24 à 48 heures entre prélèvement et résultat.

Tests sensibles et longs versus tests moins sensibles et rapides

Les trois caractéristiques de la cinétique virale (accroissement, infectiosité, déclin) ont fait émettre l'hypothèse qu'il pourrait n’y avoir que des différences minimes d’efficacité entre les schémas de dépistage recourant aux tests de détection virale de différentes sensibilités, avec d’un côté la RT-PCR et sa limite de détection (LOD) de 103 cp/ml et de l’autre des tests souvent moins chers ou plus rapides dont les limites de détection sont plus hautes (environ 105 cp/ml), comme la PCR-LAMP au chevet du patient et les tests antigéniques rapides.

Une modélisation complexe

Compte tenu de la cinétique de la charge virale, une équipe a modélisé l'efficacité du dépistage répété dans la population en tenant compte de la sensibilité des tests, de la fréquence et du délai d’obtention du résultat.

Au plan de la modélisation, il a été considéré que : les patients pré-symptomatiques sont les plus infectieux juste avant l'apparition des symptômes et que la transmission virale coïncide avec les pics de charge virale ; que 35 % des patients ne feraient l’objet d’un isolement que dans les trois jours suivant leur charge virale maximale s'ils n'avaient pas été testés et isolés au préalable, et que 65 % auraient des symptômes suffisamment bénins ou n'en présenteraient aucun, de sorte qu'ils ne s'isoleraient pas, à moins d'être détectés par des tests ; que les infections asymptomatiques et symptomatiques ont les mêmes charges virales initiales mais avec une clairance plus rapide chez les asymptomatiques.

Testez, testez souvent, il en restera toujours quelque chose

Cette analyse a démontré qu'il y avait peu de différence dans la prévention de l'infectiosité entre les deux classes de tests. Des réductions spectaculaires de l'infectiosité totale des individus ont été observées en testant quotidiennement ou tous les trois jours : 62-66 % de réduction en testant chaque semaine versus 45-47 % en testant toutes les deux semaines. Étant donné que la charge virale et l'infectiosité varient d'un individu à l'autre, l'impact des différents schémas de dépistage sur la distribution de l'infectiosité des individus a également été analysé, révélant que des tests plus sporadiques entraînent une probabilité accrue que les individus soient testés positifs une fois qu'ils ne sont plus infectieux. Cette simulation montre que l'impact d'un dépistage répété dans la population peut être exprimé sous la forme d'une réduction du nombre de reproduction R.

Raccourcir à tout prix les délais d’obtention des résultats grâce aux tests rapides

Une variable importante est le délai entre le prélèvement d'un test et son résultat. Tout retard réduit considérablement la possibilité de diminuer l'infectiosité pour les individus et la propagation virale et cette étude souligne que l’obtention rapide des résultats est essentielle dans tout stratégie de dépistage, faisant passer au second plan l’amélioration des limites de la détection du virus. Le contrôle de l’épidémie est compromis par les retards de rendu des résultats.

Privilégier l'accessibilité, la fréquence et le temps de réponse des tests

Et de conclure que l'efficacité du dépistage dépend en grande partie de la fréquence des tests et de la rapidité de l’obtention des résultats et qu'elle n'est que marginalement améliorée par une sensibilité élevée des tests. Le dépistage devrait donc accorder la priorité à l'accessibilité, à la fréquence et au temps de réponse des tests. En population générale, le dépistage répété des individus asymptomatiques peut être utilisé pour limiter la propagation du virus. Toutefois, ces conclusions ne peuvent faire abstraction de certaines limites. Tout d'abord, la sensibilité d'un test peut dépendre de facteurs autres que la limite de détection, notamment les variations du fabricant et un échantillonnage clinique inadéquat. Deuxièmement, les différences de performance exactes entre les programmes de tests dépendront de la capacité du modèle à saisir réellement les profils de cinétique et d'infectiosité virales, en particulier pendant la phase d'accélération entre l'exposition et la charge virale maximale.

Dr Bernard-Alex Gaüzère

Référence
Larremore DB, Wilder B, Lester E, Shehata S, Burke JM, Hay JA, Tambe M, Mina MJ, Parker R. Test sensitivity is secondary to frequency and turnaround time for COVID-19 screening. Sci Adv. 2020; publication avancée en ligne le 20 novembre. doi: 10.1126/sciadv.abd5393. Epub ahead of print. PMID: 33219112.

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Vos réactions (2)

  • Prépublication de modélisation...

    Le 01 décembre 2020

    L'article à l'air méthodologiquement intéressant mais ça reste une pré-publication...de modélisation...
    Donc attention à ne pas prendre ça comme un acquis. Il y a des postulats utilisés qui sauteront certainement avec le temps.

    Dr EG

  • Fallacieuse conclusion

    Le 02 décembre 2020

    Intéressante analyse, qui repose malheureusement sur un postulat erroné.
    En cas de doute il ne faut pas "tester puis isoler" comme on l'entend sempiternellement, mais ISOLER D'ABORD, puis tester. Le temps d'attente du résultat ne fait que prolonger de quelques heures un isolement parfois sans utilité.
    Quant aux "dépistages" sans la moindre notion de probabilité chez des personnes ambulatoires, s'ils ne sont pas répétés tous les cinq jours ils ne servent évidemment à rien et leur espérance statistique de rentabilité épidémiologique est proche de zéro.

    Dr Pierre Rimbaud

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