Diffusion des variants et flambée épidémique : y a-t-il vraiment corrélation ?

Paris, le vendredi 5 mars 2021 - Le dernier point épidémiologique hebdomadaire de Santé publique France (SPF) est marqué par deux informations : l’incidence continue d’augmenter et les variants sont désormais majoritaires parmi l’ensemble des cas de Covid. Pourtant, nous le verrons, ces deux informations ne semblent pas forcément liées ! Et comme il ne faut pas voir tout en noir, on notera également les premiers signes positifs de la campagne vaccinale.

Cette huitième semaine de 2021 (du 22 au 28 février) on observe ainsi une hausse des nouvelles infections, des hospitalisations et des admissions en soins critiques (tableau).

Tableau : Indicateurs hebdomadaires en semaine 08 (du 22 au 28 février 2021) 
 

Par ailleurs, « les variants plus transmissibles deviennent majoritaires » insiste l’institution sanitaire. Au niveau national, sur les 174 030 tests de première intention positifs (tests RT-PCR et antigéniques) enregistrés dans la plateforme SI-DEP, 54 % étaient associés à un test de criblage lui aussi enregistré dans SI-DEP (soit 93 997 tests positifs criblés). Parmi ces tests positifs criblés, 59,5 % (55 912) correspondaient à une suspicion de variant 20I/501Y.V1 (UK) (contre 49,3 % en S7) et 6,3% (5 940) à une suspicion de variant 20H/501Y.V2 (Sud-Africain) ou 20J/501Y.V3 (Brésilien) (contre 5,6 % en S7). Les pourcentages de variants restent néanmoins très disparates sur le territoire (carte 1).

Carte 1 : Proportion de suspicions de variant d’intérêt 20I/501Y.V1 (UK) parmi les tests de criblage positifs et évolution du taux d’incidence du SARS-CoV-2, par département, France (données au 03 mars 2021)
 

Les variants font-ils vraiment l’épidémie ?

On remarque une discordance territoriale importante et inattendue, entre part des variants dans les infections à SARS-CoV-2 et flambée épidémique.

Ainsi, par exemple, en Bretagne et sur presque toute la côte atlantique, plus de 50 % des cas sont liés aux variants, or, dans ces mêmes départements, l’incidence reste « faible » entre 50 et 150 cas pour 100 000 habitants (carte 2).

Carte 2 : Taux d’incidence (/100 000 habitants) pour le SARS-CoV-2 du 22 au 28 février 2021, par département, France (données au 03 mars 2021).


Encore plus étonnant, certains départements très impactés par la diffusion des variants voient leur taux d’incidence diminuer, sans mesure restrictive supplémentaire, comme la Moselle (incidence de 280/100 000 habitants vs 309 la semaine précédente).

Des signes encourageants chez les plus de 75 ans

On soulignera également les premiers signes positifs de la vaccination.

SPF relève en effet une baisse de l’incidence chez les plus de 75 ans, qui prend la forme d’une nette cassure de la courbe (figure).

Figure : Évolution des taux d’incidence selon les classes d’âge, depuis la semaine 23-2020, France (données au 03 mars 2021)


« En semaine 08, si les personnes de 75 ans et plus restaient fortement touchées par le SARS-CoV-2, l’amélioration des indicateurs épidémiologiques depuis la semaine 6 dans cette classe d’âge se confirme, ce qui est cohérent avec l’augmentation progressive de la couverture vaccinale dans cette population » écrivent les épidémiologistes.

« L’amélioration des indicateurs épidémiologiques chez les plus de 75 ans et les résidents en Ehpad (où 82 % des résidents ont été vaccinés NDLR) traduit l’effet protecteur du niveau de couverture vaccinale atteint dans cette population » poursuivent-ils.

Or, rappelons que plus de 3/4 des décès ont été observés dans cette population.

Ceci pourrait d’ailleurs annoncer une baisse progressive de l’âge médian au décès par Covid (actuellement de 85 ans) qui ne faudra pas interpréter comme une aggravation de l’épidémie…

F.H.

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Vos réactions (2)

  • Incidence et positivité

    Le 06 mars 2021

    Comment s'y retrouver avec le taux d'incidence (nombre de malades dans la population) et le taux de positivité des tests? Il est souvent question de taux d'incidence alors qu'il s'agit de taux de positivité. De nombreuses personnes sont positives et asymptomatiques. le nombre des tests est en constante augmentation et de nombreuses personnes se font tester même sans symptômes parce qu'elles ont des craintes, il me semble que le nombre de cas positifs augmente ainsi mécaniquement. au début de l'épidémie il s'agissait de taux d'incidence puisqu'il n'y avait pas de tests, à présent qu' il y a beaucoup de tests ...peut on comparer?

    Anne Levry (pharmacien)

  • Suivi de l'épidémie par le taux d'incidence : indicateur insuffisant

    Le 24 mars 2021

    Prenons un exemple où on réalise 100 000 tests par jour dans une Région de 10 millions d’habitants. Supposons que le % de tests RT PCR positif soit égal à 6 % (chiffre moyen observé en France à ce jour). Nous avons 6000 tests +. Si l’on rapporte ces 6000 à la population de la région A
    nous pouvons calculer le taux d’incidence pour les 10 millions d’Habitants, soit 6000/10 000 000 ; il est égal à 60 pour 100 000 h.
    Si dans cette même région A on avait réalisé 300 000 tests (au lieu de 100 000), avec un taux de positivité de 6 %, on aurait eu 18 000 tests positifs avec un taux d’incidence de 180 pour 100 000, soit trois fois plus élevé.

    Si dans cette même région A on avait réalisé seulement 10 000 tests, avec un taux de positivité de 6 %, on aurait eu 600 tests positifs avec un taux d’incidence de 6 pour 100 000.

    Ainsi on voit bien que le taux d’incidence dépend du nombre de tests réalisés ;
    plus on réalise de tests et plus le taux d’incidence est élevé, moins on réalise de test et plus le taux d’incidence est faible.
    Seul le taux de positivité reste le même.
    Rappelons que lors de la première vague où nous ne disposions que de très peu de tests (réservés essentiellement aux hôpitaux), on ne parlait pas de taux d’incidence ; il était en effet extrêmement faible. Par contre le pourcentage de tests positifs était très élevé puisque les tests n’étaient faits que chez les malades (au Pic de l’épidémie il était de 35 % !). Si vous regardez les courbes de l’épidémie depuis son début, vous serez étonné de voir qu’il n’y a que très peu de cas lors de la première vague et une explosion lors des vagues suivantes, tout simplement parce que dans la 1re vague seuls les malades étaient testés ; ensuite avec l’arrivée massive des tests, c’est la population générale qui est testée et les résultats positifs concernent à la fois les malades et les porteurs asymptomatiques beaucoup plus nombreux.

    Conclusion

    1) Juger de l’évolution de l’épidémie sur le taux d’incidence est insuffisant. Il faudrait pour pouvoir comparer les chiffres d’une semaine à l’autre que le nombre de tests réalisés soit constant. Pour comparer deux régions, il faudrait aussi que les nombres de tests soit les mêmes.
    Par contre le pourcentage de tests positif reste un indicateur fiable car il n’est pas lié au nombre de tests réalisés mais au types de populations testées.

    2) Nous ne savons toujours pas aujourd’hui quel sont les pourcentages, parmi les sujets testés, de sujets malade de la covid 19, et de porteurs asymptomatiques.

    Dr Dominique Baudon

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