Non, les urines ne sont pas stériles !

Contrairement à une notion largement répandue, l’urine n’est pas vraiment stérile et les techniques modernes de biologie moléculaire (séquençage de l’ADN et de l’ARN ribosomique) ont montré  l’existence d’un microbiome urinaire. Ce dernier jouerait un rôle non seulement au cours des infections urinaires mais aussi dans l’incontinence et le cancer de la vessie. La plupart des études sur le microbiome urinaire ont concerné les adultes et la description du microbiome normal et de son développement chez les enfants n’en est qu’à son début.

Une étude américaine a concerné 85 enfants de moins de 48 mois chez lesquels des prélèvements d’urine par cathétérisme ont été réalisés aux urgences pour une suspicion d’infection urinaire, souvent en présence d’une fièvre. Après recueil des urines pour l’examen cytobactériologique, 1 ml a été congelé pour extraction de l’ADN et séquençage de l’ARN ribosomal.

Les enfants avaient en majorité moins de 24 mois (n = 72) avec plus de filles (n = 59). Au total, 9 avaient une infection urinaire par E. coli définie par une bactériurie ≥ 50 000 CFU/mL ; 2 étaient des garçons non circoncis. Huit enfants présentaient une bactériurie > 1 000 CFU/mL : 4 entre 1 000 et 9 000 CFU/mL (3 avec flore uro-génitale normale, 1 avec Proteus), 2 entre 10 000 et 30 000 (E coli) et un entre 30 000 et 50 000 (Proteus). De plus, un enfant avait une bactériurie entre 50 000 et 105 CFU/mL mais avec une flore uro-génitale normale et sans pyurie. Un total de 28 patients avait reçu des antibiotiques dont 15 de l’amoxicilline dans les 3 mois.

Différence de composition du microbiome en cas d’infection urinaire et d’antibiothérapie

Le séquençage du gène de l’ARNm 16S a montré une grande diversité du nombre de bactéries d’un enfant à l’autre et une grande diversité des espèces, pas moins de 25 dans au moins un échantillon. L’indice de diversité α traduisant le nombre d’espèces dans un échantillon était diminué en cas d’infection urinaire, d’hématurie, d’antibiothérapie dans les 2 semaines précédentes. En revanche, il n’était pas modifié en fonction du sexe, de l’âge, d’une antibiothérapie depuis plus de 15 jours, du mode d’accouchement et de la prise de probiotiques.

Il n’a pas été montré de différence d’indice de diversité β parmi les enfants n’ayant pas les critères d’infection urinaire, entre ceux avec une bactériurie minime et ceux avec une bactériurie plus importante mais une différence significative en cas d’antibiothérapie ; ceux qui avaient reçu des AB dans les 15 jours avaient une relative abondance d’Achromobacter. Les Actinobacter étaient plus communs chez les garçons. Chez les filles, une corrélation forte a été constatée en fonction de l’âge avec les Mobiluncus. La grande diversité des espèces bactériennes était également remarquable d’un sujet à l’autre, là encore modifiée par des antibiotiques récents.

En conclusion, un microbiome urinaire a été identifié chez chaque enfant de moins de 2 ans. Ceux avec une infection urinaire selon les critères habituels avaient une différence significative de la composition et diversité du microbiome au même titre que les enfants traités récemment par antibiotique.

Pr Jean-Jacques Baudon

Référence
Kinneman L et coll. : Assessment of the urinary microbiome in children younger than 48 months. Pediatr Infect Dis J., 2020; 39: 565-570

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Vos réactions (3)

  • Très discutable...

    Le 09 juillet 2020

    En essayant de rester bref et de ne s'en tenir à l'essentiel, 3 remarques.

    D'abord les résultats présentés ici ne correspondent pas au titre "Non, les urines ne sont pas stériles !". Pour arriver à une telle affirmation il faudrait une série de patients supposés sans infection et chez tous lesquelles on trouverait un nombre significatif de présence bactérienne dans leurs urine.

    Ensuite chacun connait la difficulté à obtenir un prélèvement d'urines non souillées par une flore urétérale. A part la ponction sus-pubienne (et même elle fut contesté) je n'en connais aucune de parfaite, le sondage, passant nécessairement par une zone contaminé, est peut-être le pire et certainement le moins maitrisable.

    Enfin (au moins !) pour moi est stérile ce qui ne contient pas de germes capable de se multiplier (donc "vivants"). Les guillemets sont là pour les virus !). Trouver de l'ADN ou de l'ARN n'implique donc pas l'absence de stérilité. Est-il certain qu'on n'en trouve pas trace dans une culture bactérienne/virale/de levures stérilisée par la chaleur, l'irradiation, voire des gaz antiseptiques ? Si oui ça démontre qu'il y a eu des agents mais pas qu'ils soient vivants - donc infectieux potentiels.

    Dr Yves Gille, microbiologiste retraité.

  • Témoin de la présence d'un microorganisme (réponse au Dr Gille)

    Le 09 juillet 2020

    Si l'on retrouve la trace, ARN ou ADN, il y a bien eu microorganismes. Qu'il soit mort au moment du prélèvement semble témoigner de sa présence vivante dans les voies urinaires à un moment.

    Dr Jean Pierre Sapin

  • Si les urines ne sont pas steriles, quelle incidence sur la resistance aux ATB ?

    Le 17 juillet 2020

    Partant du fait de l'existence d'un microbiome urinaire, il parait intéressant de faire un parallèle avec le microbiote intestinal.
    Sachant que toute antibiothérapie prescrite à titre empirique et de longue durée conduit souvent à une destruction de la flore intestinale ainsi qu'a l’émergence de résistances, serait il de même avec le microbiome urinaire?

    Souvent nous avons des antibiogrammes en faveur d'une bactérie multirésistante chez un sujet jeune ne rapportant aucune prise d'antibiotiques dans les mois ou semaines précédents?!
    Je laisse le soin à l'auteur de l'article de nous éclaircir sur ce point.

    Dr Salima Bach Chaouch

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