Quel effet d’une antibiothérapie précoce sur le microbiote intestinal du nouveau-né ?

L’intestin des nouveau-nés à terme ou proches du terme, nés par voie basse et allaités, est colonisé par une flore microbienne où domine Bifidobacterium bifidae. Une antibiothérapie pour suspicion d’infection néonatale précoce perturbe l’installation du microbiote intestinal « normal ».

Toutefois, on connait mal l’effet de la durée de l’antibiothérapie.

D’où l’intérêt de cette étude observationnelle dans laquelle les selles de 15 nouveau-nés « un peu » prématurés (âge gestationnel : 35-37 sem.), nés par voie basse et alimentés avec principalement du lait maternel, ont été analysées. L’analyse a été effectuée une fois par semaine pendant les 6 premières semaines de vie, par séquençage du gène de l’ARNr 16S et par PCR quantitative.

Dix nouveau-nés ont reçu une association d’ampicilline [AMX] + ceftazidime [CTZ] par voie IV pour une suspicion d’infection néonatale précoce, soit pendant 2-3 jours parce que l’infection n’était pas confirmée (n = 5 traitements courts), soit pendant 5-7 jours (n = 5 traitements longs pour sepsis ou pneumonie). Les cinq autres nouveau-nés, non traités, servaient de témoins.

L’antibiothérapie par AMX + CTZ au cours de la 1ère semaine de vie a perturbé la mise en place du microbiote intestinal normal. Par comparaison avec les prématurés non traités, elle a fait disparaître Bifidobacterium bifidae (p < 0,03 pour les deux durées de traitement, de la fin du traitement à la 3e semaine), supprimé la famille des Enterobacteriaceae et laissé proliférer les Entérococcus, qui a été l’espèce dominante jusqu’à la 2e semaine. A côté de l’antibiothérapie, la variation de la composition des microbiotes intestinaux était aussi expliquée par l’âge postnatal, l’âge gestationnel et des facteurs maternels (pré-éclampsie, antibiothérapie).

L’effet négatif de l’antibiothérapie sur l’abondance relative de Bifidobacterium bifidae a persisté 6 semaines avec le traitement long (p < 0,01 à la 6e sem.), mais pas avec le traitement court. Toutefois, les différences d’abondance moyennes entre traitement long et traitement court sont moins nettes par séquençage que par PCR quantitative.

Si l’antibiothérapie a modifié la composition du microbiote intestinal, elle n’a pas diminué le compte total des bactéries dans la plupart des échantillons.

En revanche, la richesse (appréciée par l’indice Chao1) et la diversité de la communauté bactérienne ne dépendaient pas de l’antibiothérapie. Elles étaient associées à l’âge postnatal et à l’espèce bactérienne dominante. Par comparaison avec une espèce telle que Enterococcus, la dominance de Bifidobacterium bifidae était associée avec un accroissement de la richesse et de la diversité de la communauté bactérienne (p < 0,01).

Au total, une antibiothérapie par voie IV pour une suspicion infection néonatale précoce retarde plus longtemps l’implantation de Bifidobacterium bifidae dans l’intestin quand elle dure 5-7 jours plutôt que 2-3 jours, ce qui suggère qu’elle peut interférer avec la tolérance du système immunitaire et avec la maturation du tube digestif. Il y a donc intérêt à réévaluer l’indication des antibiothérapies pour suspicion d’infection néonatale précoce au bout de 48 à 72 h de traitement et à arrêter ces traitements lorsque l’infection n’est pas prouvée.

Dr Jean-Marc Retbi

Référence
Zwittink RD et coll. : Association between duration of intravenous antibiotic administration and early-life microbiota development in late-preterm infants. Eur J Clin Microbiol Infect Dis. Publication en ligne le 24 janvier 2018.

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Vos réactions (1)

  • antibiothérapie du nourrisson

    Le 20 juillet 2018

    Un confrère pourrait-il me renseigner sur les conséquences d'une antibiothérapie du nourrisson ? Existe-t-il une relation avec le déclenchementd'une maladie de Crohn plus tard ?
    Je vous remercie de votre aide.

    Dr Lucien Duclaud

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