L’intérêt des PCR syndromiques

Le diagnostic microbiologique « classique » repose sur l’examen direct après coloration spécifique, les cultures bactériennes et fongiques et la détection d’antigènes spécifiques. Cependant, les performances de ces techniques sont variables en terme de spécificité et de sensibilité et le délai d’obtention d’un résultat peut retarder une prise en charge correcte. En effet, un diagnostic étiologique incertain conduit à l’instauration d’un traitement probabiliste, souvent à large spectre et parfois inadapté. De plus, ces techniques peuvent être mises en défaut chez des patients déjà sous traitement, en cas d’agents infectieux difficilement ou non cultivables.

L’évolution de la biologie moléculaire a permis la mise au point de PCR multiplexe qui, à partir d’un seul échantillon, sont capables de détecter toute une série de pathogènes. C’est une approche diagnostique probabiliste qui cible un large éventail d’étiologies différentes correspondant à un syndrome clinique. De plus, le rendu des résultats est rapide. Un article fait le point sur les avantages et les limites de ces techniques pour les utiliser à bon escient.

Différents panels disponibles

-  Panel méningite/encéphalite

Deux panels sont actuellement commercialisés.
Ils sont intéressants pour la prise en charge des infections du SNC dont on connaît la gravité et l’urgence d’un diagnostic fiable et rapide. Ils peuvent conduire à un mettre en route un traitement adapté.
Les limites de cette technique sont l’interprétation en cas de détection d’un HHV6 dont la pathogénicité est débattue. Certains pathogènes comme Mycobacterium tuberculosis ou le virus de la rougeole ne font pas partie de ces panels et doivent être recherchés séparément.

-  Panel infections respiratoires

Ces panels sont adaptés à l’urgence notamment dans le cas d’infections respiratoires graves ou chez les sujets fragiles.
Le délai de rendu de résultats est diminué que le prélèvement soit un crachat, des sécrétions naso-pharyngées, des aspirations bronchiques ou des lavages broncho-alvéolaires aboutissant à une réduction de la durée des traitements antibiotiques et du temps d’hospitalisation. Cependant, ce test soulève la problématique de la signification réelle de la présence d’un virus respiratoire dans les sécrétions respiratoires.

-  Panel bactériémie/fongémie

Peu de panels existent actuellement (n = 3), ils permettent de travailler sur les flacons d’hémocultures positifs. Les cibles sont nombreuses et on peut détecter des gènes de résistances aux antibiotiques, plus ou moins rapidement en fonction des systèmes (1 h à quelques h). La stratégie est basée sur le choix du panel dépendant de l’examen direct (Gram négatif, Gram positif, levures).

-  Panel gastro-entérites

Ils sont nombreux (n = 7) de composition variable.
Ils sont une alternative intéressante à la coproculture standard et aux multiples recherches particulières selon le contexte (C Difficile, Vibrio, Yersinia, E Coli O157….). Le délai de réponse très rapide a moins d’intérêt en l’absence de réelle urgence. Cependant, les résultats négatifs rendus plus rapidement qu’avec une coproculture permettent d’optimiser les traitements et de diminuer le risque de transmission. L’absence de détection de gènes de résistance aux antibiotiques conduit à isoler les souches. L’interprétation peut s’avérer délicate en cas de co-infections, de colonisations, ou selon la présence des différents pathovars de E coli. D’autres panels existent : panels d’IST, d’infections ostéoarticulaires, de la femme enceinte. A venir, des panels infections urinaires, fièvre au retour de voyage, infection intra-abdominales.

Des limites à connaître

Ces explorations sont techniquement rapides à mettre en œuvre mais la difficulté peut résider en amont avec la problématique d’acheminement des prélèvements, et en aval avec la nécessité d’une disponibilité des cliniciens pour adapter les traitements.

Les performances analytiques sont variables selon les panels mais aussi selon les conditions d’utilisation (échantillon frais, congelés) et ne sont pas assez sensibles pour le suivi de patients (faux positifs et faux négatifs).

On peut observer des cas de contamination (ex germe ORL).

L’interprétation peut être difficile dans certaines situations comme la détection de HHV6, les cas de co-infections, de colonisation vs infection, et en raison de l’absence de quantification.

On ne peut pas détecter l’émergence de nouveaux clones ou la présence de gènes de résistances aux antibiotiques.

Le coût « au test » reste encore très (trop) important mais le marché de plus en plus concurrentiel devrait permettre de le réduire à terme.

Ainsi, ces techniques sont intéressantes car rapides et performantes mais aussi perfectibles. Les panels ne sont pas exhaustifs, ils sont utiles au diagnostic non au suivi. Ces analyses sont utiles surtout en cas de négativité ou permettent un traitement probabiliste adapté au germe retrouvé. Cependant la culture reste nécessaire dans certains cas (réalisation de l’antibiogramme, surveillance épidémiologique et de l’émergence de nouveaux clones pathogènes ou résistants…). Les interprétations peuvent être délicates en cas de colonisation asymptomatique mise en évidence, ou en cas de co-infections difficilement interprétables.

Dr Sylvie Coito

Référence
Le Monnier A et coll. L’approche diagnostique syndromique en microbiologie. Revue de Biologie Médicale. 2019 ; 346.

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