Deux ou trois choses que l’on sait d’omicron

Paris, le dimanche 28 novembre 2021 - Jeudi, l’Afrique du sud provoquait une onde de choc planétaire en annonçant la découverte d’un nouveau variant du SARS-CoV-2 potentiellement plus contagieux, plus pathogène et en partie résistant aux vaccins.    

Depuis des cas ont été répertoriés un peu partout à travers le monde [mais aucun en France à cette heure] et une riposte, qui prend la forme d’une mise en quarantaine de l’Afrique australe, s’organise.

Un cluster inquiète particulièrement l’Europe, aux Pays-Bas où le nouveau variant a « probablement » contaminé certains des 61 passagers en provenance d’Afrique du Sud testés positifs au Covid-19 après leur arrivée vendredi, ont annoncé les autorités sanitaires néerlandaises samedi soir*. Il sera « définitivement déterminé si le variant omicron est impliqué » après de nouvelles analyses, dont les résultats devraient être connus dans la journée.

72 heures après cette première annonce, le JIM fait le point sur ce que nous savons sur ce variant baptisé omicron par l’OMS. Omicron, quinzième lettre de l’alphabet grec (à ne pas confondre avec Omega 24e et dernière lettre) plutôt que nu ou xi non attribuées par l’OMS, nu pour éviter la confusion avec new et xi probablement pour ne pas froisser le potentat chinois…

Transmissibilité

Le variant omicron présente 32 mutations, insertions ou délétions du gène de la protéine Spike dont notamment la mutation N501Y qui a été associée à l’augmentation de la transmissibilité des variants alpha, béta et gamma. Il présenterait au total une cinquantaine de mutations à l’intérieur de son génome.

Un indice épidémiologique semble corroborer cette hypothèse de la plus grande contagiosité de ce variant. Ainsi, l’Afrique du sud comptait 6 048 nouveaux cas de Covid hier…contre 887 le 20 novembre et 306 le 13 novembre.

Bien entendu ces chiffres ne reflètent que partiellement la réalité de l’épidémie (dans ce pays où le dépistage n’est peut-être pas optimal) mais leur évolution pourrait donner une idée de la haute contagiosité de l’omicron.

Symptomatologie ?

Le variant omicron présente également la mutation P681H qui est connue pour accroître la contagiosité et la pathogénicité du SARS-CoV-2. Pour l’heure, rien n’a été confirmé sur la gravité clinique.

Dans The Telegraph, le Dr Angélique Coetzee, présidente de l’Association médicale sud-africaine,  rapporte des données très parcellaires mais rassurantes sur quelques cas d’infections par le variant omicron.

Selon, elle les symptômes seraient « inhabituels » mais « bénins ». Inhabituels car aucun de ces patients ne présentait d’anosmie et bénins, car pour aucun de ces malades on n’a dû recourir à une oxygénothérapie ou une hospitalisation.

Cependant, notons qu’il s’agissait tous de patients jeunes.

Échappement immunitaire ?

Des données biologiques suggèrent que certaines mutations d’omicron pourraient avoir également un impact sur l’efficacité de la réponse immunitaire.

Impossible, pour l’heure, de savoir ce qu’il en est dans la vraie vie, on pourra juste rapporter, encore une fois, l’observation du Dr Coetzee qui note que la moitié de la centaine de patients testés positifs pour le variant omicron en Afrique du sud ne sont pas vaccinés [28 % de la population de ce pays a bénéficié d’une vaccination complète].

Quoi qu’il en soit, la possibilité de disposer rapidement de vaccins adaptés à ce nouveau variant semble faire consensus. Le Pr Andrew Pollard, directeur de l'Oxford Vaccine Group affirme ainsi qu'un nouveau vaccin pourrait être développé "très rapidement" contre le variant omicron mais qu’il est "extrêmement improbable" que ce nouveau variant se propage fortement au sein de la population vaccinée.

Un optimisme que ne partage pas le Pr Cyrille Cohen (Université Bar-Ilan Tel Aviv) qui déclare dans Haaretz : « les anticorps et les cellules T peuvent être très sensibles aux modifications genetaiques, même s'il ne s'agit que d'une ou deux mutations. Plus il y a de changements génétiques, moins il y a d'anticorps jusqu'à ce que vous soyez laissé à nu en termes de capacité de réponse ».

A suivre dès demain.


*à l’heure de publication de cet article (17 h 30), 13 de ces 61 cas suspects de variant omicron sont confirmés

Frédéric Haroche

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Vos réactions (3)

  • Pas de quoi en faire un plat

    Le 28 novembre 2021

    Afrique du Sud - Les patients avec Omicron ont signalé une fatigue extrême, de légères douleurs musculaires, une gorge irritée et une toux sèche, a déclaré le médecin à l'AFP. Seuls quelques-uns avaient une température légèrement élevée.
    Donc pas de quoi en faire un plat, la crainte de la résistance aux vaccins mise à part.
    https://www.hindustantimes.com/world-news/scratchy-throat-unfamiliar-symptoms-south-african-doctor-reveals-details-of-omicron-cases-101638115538400.html

    Jean-Pierre Moreau

  • Effrayant...

    Le 28 novembre 2021

    ...surtout quand on sait qu’il n’existe aucun traitement efficace et polyvalent.

    Dr Claude Calman

  • SARS-CoV-3 ?

    Le 30 novembre 2021

    SARS-CoV-3 ? : bien entendu prématuré. Notons l'absence actuelle de formes sévères mais aussi la perte potentielle du repère clinique notoire de l'anosmie, à fortiori en climat de viroses hivernales.
    La vague nationale en cours est DELTA. La question de la digue est "réglée" : les cellules de gestion de crise(s) sont des cellules de gestion de la pénurie attendue, programmée puis constatée.
    La priorité est à la problématique des adultes non vaccinés en France ET dans le Monde (Ultra-marins et Sud Africains inclus). L' effort est au rappel et sa logistique, à la ré-activation nationale du séquençage.

    Un point de sémantique : l'intitulé " sud-africain bis " est jugé stigmatisant. La fermeture sélective ou complète (Australie, Japon, Israel) des frontières l'est beaucoup plus économiquement. . Pas sur que ces mesures incitent ultérieurement à la transparence et à la réactivité dans la diffusion des données. L'isolement des voyageurs à risque est t-il contrôlé ? contraint ?

    La question des BREVETS pourrait se reposer à juste titre : La plasticité adaptative des plateformes ARNm a été vantée, financièrement anticipée, elle est remise en exergue depuis quelques heures. Un constat : elle n'a pas été mise en valeur pour le variant Delta en cours, le sera t'elle pour Omicron en fonction des données à venir sur son écologie ? La décision sera t-elle laissée à Mr Bourla ou Mr Bancel ?

    Dr JP Bonnet

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