Transplantation fécale : n’occultons pas le risque infectieux !

La transplantation de microbiote fécal (TMF) est une thérapie émergente pour les infections récurrentes ou réfractaires à Clostridium difficile ; elle fait actuellement l'objet de recherches approfondies dans certaines affections digestives et extra-digestives.

L’innocuité de la TMF et son succès dans 90 % des cas d’infections à C. difficile avait occulté la possibilité de bactériémies secondaires lorsque l’indication est différente.

Transmission d’une bactériémie à E coli BLSE

Dans le New England Journal of Medecine sont rapportés les cas de deux patients chez lesquels une bactériémie à Escherichia coli produisant de la bêta-lactamase à spectre étendu (BLSE) est survenue après une TMF lors de deux essais cliniques indépendants ; les deux cas étaient liés au même donneur de selles et la bactérie a été isolée par séquençage génomique sur des prélèvements effectués chez les receveurs. Le 1er patient était un homme atteint de cirrhose souffrant d’une encéphalopathie hépatique réfractaire et il a pu être traité à temps par carbapénème. Le second avait bénéficié d’une transplantation de moelle osseuse avec donneur HLA non compatible dans le cadre du traitement d’un syndrome myélodysplasique. Il était sous traitement immunosuppresseur pour prévenir une maladie du greffon contre l’hôte. Il est décédé peu après la TMF de complications respiratoires secondaires à une neutropénie fébrile traitée par céfépime puis carbapénème.

Les autres patients de ces deux essais ayant reçu une TMF avec les gélules issues du même donneur ont bénéficié de la recherche de souches productrices de BLSE dans leurs selles. Celles-ci ont pu être retrouvées chez 4/7 patients transplantés dans le premier essai sur l’encéphalopathie hépatique et 5/12 dans le deuxième sur la prévention de la réaction du greffon contre l’hôte. Les 3 lots de gélules produites à partir de ce donneur contenaient des souches d'E. coli productrices de BLSE avec un profil de résistance similaire à celui retrouvé dans les échantillons sanguins des deux patients, alors que les échantillons de selles prélevés avant TMF ne comportaient pas cette bactérie.

Les essais cliniques ont été stoppés et une alerte a été émise par la FDA, compte tenu de 4 autres cas de bactériémie à Gram négatif avec un décès.

Si les premiers protocoles de TMF étaient basés sur l’utilisation de selles fraîchement émises et ré-administrées dans un délai court (< 6 h), l’utilisation de matériel congelé (en présence de cryoprotecteur), rend la TMF immédiatement disponible. Ceci améliore théoriquement la sécurité de la procédure en réduisant au maximum le délai entre les examens réalisés chez le donneur et l’émission de la selle utilisée pour la TMF.

Nécessité d’une sélection rigoureuse des donneurs

La sélection des donneurs avec questionnaire, entretien, tests sanguins et examen exhaustif des selles est, en effet, une étape cruciale avant toute TMF afin de réduire et de prévenir l’apparition d’événements indésirables. Une préparation prudente des matières fécales et des receveurs, ainsi que le choix judicieux de méthodes de distribution basées sur des situations cliniques individuelles, sont les points clés du processus de la TMF. Bien qu’il soit actuellement considéré, preuves à l’appui, que la TMF est une méthode thérapeutique généralement sans danger avec peu d’effets indésirables, cet article nous rappelle que les résultats à court et long terme de la TMF n’ont pas été complètement inventoriés. La méconnaissance de la composition précise des selles, la déficience du système immunitaire et la porosité de la paroi colique expliquent les complications infectieuses récemment rapportées.

Un dépistage accru des infections chez les donneurs doit pouvoir limiter la transmission de micro-organismes pouvant entraîner des événements infectieux indésirables et une vigilance constante doit définir les avantages et les risques de la TMF expérimentale parmi différentes populations de patients.

La réalisation d’une TMF reste très complexe sur le plan logistique et la grande variabilité inter- et intra-individuelle du microbiote pose des problèmes de sécurité non résolus. L’avenir pourrait passer par des microbiotes « artificiels » composés de bactéries cultivées en laboratoire et choisies pour leurs effets dans une pathologie donnée.

Dr Sylvain Beorchia

Référence
DeFilipp Z, Bloom PP, Torres Soto M. Drug-Resistant E. coli BacteremiaTransmitted by Fecal Microbiota Transplant. N Engl J Med., 2019 Oct 30. doi: 10.1056/NEJMoa1910437.

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Vos réactions (1)

  • Miss flore...

    Le 08 décembre 2019

    Ceci me rappel les travaux de l’équipe de P Raibaud et R Ducluzeau à l'INRA de Jouy en Josas dans les années 70 où pour réensemencer le TD d'enfants où la flore digestive avait été supprimée (le plus possible, bactériologiquement indétectable) pour greffe de moelle osseuse, ils avaient sélectionné dans leur personnel une technicienne (miss flore !) dont la flore leur semblait particulièrement adéquate (belle, disaient-ils !).

    Ils affirmaient que pour multiplier et entretenir cette flore dans son état d'origine il leur suffisait de la faire ingérer par des souris axéniques (ou germ free), leurs crotte reproduisant cette flore à l'identique.
    Il serait peut-être intéressant de reprendre leur bibliographie et de vérifier ces résultats. Si ils se confirment on pourrait ainsi disposer d'une source quasi illimité de flore dont on aurait pu vérifier les spécificités en termes de pathogènes et de résistances.

    Dr Yves Gille, microbiologiste retraité

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