RT-PCR Positif Covid 19, que dire aux patients ?

RT-PCR, ces cinq lettres ont fait, il y a quelques mois, irruption dans toutes les conversations entre toutes sortes d’interlocuteurs. Sans que la majorité sache forcément ce qu’elles signifient réellement. Et même pour un public de professionnels de santé averti, certaines précisions manquent parfois, ne serait-ce que pour expliquer aux patients « de quoi il retourne ». Le Pr Dominique Baudon du Val de Grâce estime qu’il est plus que temps de rentrer dans les arcanes de la polymerase chain reaction…

Le virus SARS-CoV-2, (virus à ARN) est constitué d’une enveloppe contenant le matériel génétique (séquences génétiques de l’ARN viral ou « génome viral »). Il ne peut survivre et se multiplier que dans une cellule. Il peut être tué par les défenses immunitaires du sujet, et dans ce cas, on peut retrouver dans un prélèvement des extraits du génome viral. Le test RT-PCR (Reverse Transcription Polymerase Chain Reaction) permet la détection de l’ARN du SARS-CoV-2, par transformation en ADN (reverse transcription) puis amplification du génome viral (Polymerase Chain Reaction). L’amplification est massive, environ mille milliards de fois pour atteindre une quantité détectable au laboratoire.

Le test RT-PCR identifie ainsi dans le prélèvement la présence du seul matériel génétique du virus. Il dispose d'une sensibilité très élevée permettant de détecter de très faibles quantités d’ARN viral dans les échantillons.

Détermination de la charge virale, témoin de la contagiosité

Le test ne permet donc pas de conclure à la présence de virus vivant (particules virales infectieuses dans les échantillons prélevés). La seule technique permettant d’affirmer l’infectiosité (présence de virus vivant) serait la mise en culture cellulaire des échantillons biologiques, montrant la présence du virus vivant et sa prolifération intra cellulaire, technique non réalisable en routine.

Il est par ailleurs important de connaître la quantité de virus présente dans le prélèvement (charge virale), témoin de la contagiosité.

La charge virale peut être approximativement estimée par le « CT » (Threshold Cycle- résultat numérique semi-quantitatif de la RT-PCR) ; il s’agit du nombre de cycles d’amplification nécessaire à la RT-PCR pour identifier le matériel génétique. Cette valeur généralement comprise entre 10 et 45 est inversement proportionnelle à la charge virale. Plus le nombre de cycles nécessaire est élevé, moins il y avait de virus dans le prélèvement ; ainsi plus le CT est élevé, plus il a fallu « amplifier » et moins il y a de virus, et moins on est contagieux. Inversement, plus le CT est faible, plus la charge virale est importante. On admet qu’un CT compris entre 10 et 30 correspond à une charge virale importante et donc à une contagiosité élevée. Bien qu’il n’y ait pas de vrai consensus sur le nombre de CT à partir duquel on pourrait considérer que la personne testée est ou n’est pas contagieuse, on estime aujourd’hui :  

  • qu'un CT élevé (supérieur à 30) correspond à une faible contagiosité (charge virale faible) ;
  • qu'un CT faible (au-dessous de 25) correspond à une forte contagiosité (charge virale forte).

La valeur du CT obtenue par le test n’est pas systématiquement donné par les laboratoires.

A noter que chez un malade, le test RT-PCR est positif à un niveau significatif deux à trois jours avant le début les symptômes et jusqu’à 7 à 10 jours après. Un portage de l’ARN viral est possible après la phase de guérison (une à plusieurs semaines).

Quant au test rapide antigénique (TRA) permet de détecter des protéines que produit le virus (des antigènes) ; il donne les résultats en 15 à 30 minutes. Il cherche à déterminer si la personne est infectée au moment du test. Le résultat indicatif est connu en moins d'une demi-heure
Le prélèvement est effectué par voie nasale (nasopharyngé) avec un écouvillon (comme pour le test RT-PCR). Il est moins sensible que le test RT-PCR.

Quels types de prélèvements peut-on faire ? (Nous citons ceux recommandés par la Haute Autorité de Santé (HAS-France).

Le prélèvement nasopharyngé par écouvillonnage reste la référence pour réaliser un test virologique par RT-PCR.

Pour les personnes chez lesquelles le prélèvement nasopharyngé s’avère difficile ou contre-indiqué (jeunes enfants, patients très âgés, patients présentant des troubles psychiatriques, déviation nasale, hémophilie…), les prélèvements salivaires peuvent être réalisés chez les sujets symptomatiques, les prélèvements oropharyngés (via un écouvillon introduit au fond de la gorge par voie orale) pour les sujets asymptomatiques (dépistage et cas contact).

Comment interpréter un RT-PCR positif

Un test RT-PCR positif signifie que de l’ARN viral (génome) a été détecté dans l’échantillon après une amplification massive.

  1. Il peut s’agir du virus « vivant » présent dans le prélèvement ; le sujet est alors contagieux, qu’il soit malade ou porteur asymptomatique ; la valeur du CT estime le niveau de contagiosité.
  2. Ce peut être aussi des extraits persistant du génome viral chez un sujet qui a été malade ou qui a été porteur asymptomatique, et qui, au moment du prélèvement n’est plus contagieux, bien que RT-PCR positif. Du génome viral peut en effet persister dans le tractus nasopharyngé pendant 6 à 8 semaines.

Un test RT-PCR + sur un prélèvement nasopharyngé, oropharyngé ou salivaire, peut correspondre à plusieurs situations :

  1. Il y a des symptômes évocateurs de la Covid-19 : on peut raisonnablement conclure que le sujet a la maladie. La probabilité que ce soit la Covid-19 est d’autant plus forte que la circulation du virus est importante (par exemple en période épidémique) ; c’est ce que l’on appelle la valeur prédictive positive du test.
  2. Il n’y a aucun symptôme et le sujet est probablement un « porteur asymptomatique » du virus.
  3. Quelques situations particulières, mais non exceptionnelles.

Dans l’interprétation des tests, j’ai employé les termes de « raisonnablement » pour un malade et « probablement » pour un porteur asymptomatique.

Pourquoi ? J’ai rappelé que le test RT-PCR peut être positif si le sujet n’a que des extraits de génome viral dans le prélèvement (et non pas le virus vivant) ; dans le cas 1, ce pourrait être un sujet présentant par exemple une autre virose respiratoire, mais qui est aussi un porteur du SARS-CoV-2, ou, dans le cas 2 un sujet porteur asymptomatique ou ancien malade ; dans ces deux cas ils ne sont plus contagieux.

Un sujet « porteur asymptomatique » peut certes développer la Covid 19 secondairement, mais il peut aussi présenter une autre maladie respiratoire (grippe, virus respiratoire syncytial, autre coronarovirus, virus para influenza…). Si un test RT-PCR SARS-CoV-2 est réalisé le sujet peut être comptabilisé comme Covid 19 (faux positif).

Un test positif signifie que du génome viral a été identifié dans un échantillon. Il ne signifie pas qu’il s’agit d’un cas clinique (malade).

Être plus clair dans la terminologie utilisée pour une bonne et juste communication à la population

On ne doit pas parler d’un « cas positif », mais d’un « test positif »

C’est le contexte qui permettra de conclure : cas clinique (malade avec des symptômes), cas porteur asymptomatique, ancien malade guéri, ancien porteur asymptomatique.

Prenons l’exemple des résultats des tests réalisés en France le 8 novembre (Données « santépubliquefrance.fr » du 9 novembre 2020) :

Il y a eu environ 102 000 tests réalisés, avec un taux de positivité de 19,8 %, ce qui correspond à 20 155 nouveaux tests positifs pour une journée. La terminologie « cas confirmés » est utilisée par Santé publique France ; or cela ne correspond pas au nombre de nouveaux malades de la Covid 19 ; il y a parmi ces cas des porteurs asymptomatiques (probablement 50 à 60 %), mais aussi des sujets présentant des extraits du génome viral (non contagieux). On comprend donc que trop souvent les médias interprètent les résultats positifs des tests comme des cas de malades.

Il serait intéressant de connaître chaque jour le nombre de tests positifs réalisés chez des sujets présentant des symptômes évocateurs de la Covid-19 permettant ainsi de mieux estimer le nombre réel de nouveaux cas de malades par jour.

Y-a-t-il des faux positifs ?

En biologie, un résultat « faux positif » identifie un agent pathogène dans un échantillon (dans le cas du SARS-CoV-2, des séquences génétiques du virus), alors que le sujet n’en n’est pas porteur. Tout dépend donc de quoi l’on parle.

Il n’y a quasiment pas de faux positif pour le test qui identifie la présence du génome viral.

Il peut y avoir quelques rares cas de faux positifs (moins de 1%) : contamination du prélèvement lors de la réalisation du test, erreur du laboratoire dans l’identification des tubes…

Si l’on envisage les cas cliniques (maladie), il peut y avoir des faux positifs ; nous avons montré ci-dessus la possibilité d’être porteurs du virus vivant (porteur asymptomatique), ou porteur de seul élément génomique (virus tué) et de développer une autre pathologie respiratoire qui serait alors étiquetée Covid-19.

Y-a-t-il des faux négatifs ?

Oui, mais cela est rare : prélèvement inadéquat, erreur de laboratoire (stockage inadéquat de l’échantillon) et les limites des performances du test (très faible quantité de virus dans l’échantillon).

Quelle est la conduite à tenir en fonction des résultats du test ?

  • Dans tous les cas où le test est positif (malades, porteurs asymptomatiques), il faut s’isoler (une semaine minimum) pour limiter la transmission ; il peut certes y avoir des faux positifs, mais c’est le principe de précaution qui doit s’imposer. La Fiche HAS, « Réponses rapides dans le cadre du COVID-19 - Prise en charge de premier recours des patients suspectés de COVID-19 », mise à jour le 5 novembre 2020 précise les indications de prescription du Test RT-PCR selon les situations, et la conduite à tenir en terme d’isolement éventuel (www.has-sante.fr)
  • Un sujet considéré comme guéri après sa maladie peut avoir pendant encore 1 à 6 semaines des reliquats d’ARN viral dans le prélèvement ; malgré un test positif, il n’est pas contagieux et ne devrait pas s’isoler.


Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-De-Grâce

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Vos réactions (4)

  • Remerciement

    Le 24 novembre 2020

    Un seul mot bravo au professeur Baudon et au JIM.

    Dr Jean-Jacques Coulon

  • Test RT-PCR Positif Covid 19 & Personne NON vulnérable

    Le 25 novembre 2020

    Une question peu (non) évoquée que je soumet à l’expertise du Pr D Baudon et des lecteurs de sa belle mise au point : Que dire et que faire des patients ayant présentés une RT-PCR rhino-pharyngée ou salivaire POSITIVE, symptomatiques ou pas ? La notion de personne NON VULNERABLE n’est jamais évoquée.

    1-Ils ne sont pas du tout "à la marge" : on ne comprend pas sinon l'effervescence des 11 derniers mois : 20% des tests fait la demaine passée (SPF) . Il va être difficile d’affirmer qu’ils sont tous passés par les réanimations ou qu’ils restent précarisés par un «post-long Covid»

    2-Ils se sont isolés ou sont encore isolés 14 ou 7j selon les symptômes mais aussi ou surtout les impératifs économico-sanitaires : QS soignants


    Qui évoque un statut sélectif potentiellement «PRIVILEGIE» que pourraient attendre ces citoyens ayant présenté une RT-PCR, ou à fortiori un test antigénique, positif en diagnostic ou dépistage ?

    1- Qui suggére qu’ils ne semblent PAS prioritaires voir concernés en regard des stratégies de confinement sélectif et mesures attenantes ? Parfaitement défendable une fois remisés :
    • Les hypothêtiques FAUX-POSITIFS du gold standard ? Exceptionnellement documentés hors contamination exogène comme rappelé par le Pr Baudon
    • Les rarissimes mais terrifiantes RE-INFECTIONS documentées publiées à ce jour : 04
    Arafkas M et coll . Current meta-analysis does NOT support the possibility of COVID-19 REinfections . J Med Virol. 2020 Sep8 doi: 10.1002/jmv.26496
    Iwasaki A. What REinfections mean for COVID-19. Lancet Infect Dis. 2020 Oct12:S1473-3099(20)30783-0
    doi: 10.1016/S1473-3099(20)30783-0

    Tillett RL et coll . Genomic evidence for REinfection with SARS-CoV-2: a case study. Lancet Infect Dis. 2020 Oct 12:S1473-3099(20)30764-7 doi: 10.1016/S1473-3099(20)30764-7

    Le fait de les évoquer au décours d’une «VACCINATION IN VIVO , naturelle» hypothéquerait la PERENITE de l’immunité post-vaccinale en attente sans préjuger de ses mécanismes :

    Spellberg B, Nielsen TB et coll . Antibodies, Immunity, and COVID-19. JAMA Intern Med. 2020 Nov24 doi:10.1001/jamainternmed.2020.7986


    2- Qui suggère qu’ils ne semblent PAS prioritaires en regard des stratégies vaccinales à l’issue d’une vaccination naturelle ?

    3- Mettre les soignants ayant été contaminés prêt des soins et loin des priorités vaccinales Covid ? Pas sûr que cette suggestion emporte la conviction.

    Ainsi, il me semble probable que, faute d’argumentaire scientifique audible, un soucis compréhensible mais très injuste aussi, d'UNIFORMISATION EGALITAIRE l’emporte.
    . Compréhensible par le plus grand nombre. Pas scientifique du tout cependant.

    Dr JP Bonnet

  • Une précision sur les tests salivaires ou rhinopharyngés

    Le 27 novembre 2020

    Merci au Dr Bonnet pour ses commentaires. Je réponds à sa question concernant les tests avec prélèvements salivaires ou rhinopharyngés.

    Ces deux tests sont moins sensibles que le Test avec prélèvement nasopharyngiens ; il y a donc des faux négatifs. Mais s’ils sont positifs ils traduisent la présence de l’ARN viral (La valeur prédictive positive est forte)(malade ou porteur symptomatique).
    A ce seuil de détection plus élevé, on peut penser que la charge virale est forte.
    Dans tous les cas, si test positif l’isolement s’impose.

    Pr Dominique Baudon

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