2019-nCoV, sur la piste de la chauve-souris

Le génome des virus appartenant à la famille des Coronaviridae contient un ARN à simple brin qui compte 26 à 32 kb. Ces virus ont été identifiés chez de nombreux animaux qui leur servent d’hôtes, depuis divers oiseaux à des mammifères variés : chameau, chauve-souris, souris, chien, chat ou encore civette palmiste à masque. La palette est large et des coronavirus nouveaux sont régulièrement découverts chez les animaux mais tous ces virus ne se révèlent pas pathogènes chez l’homme.

D’un coronavirus à l’autre

Le SARS-CoV, pour sa part, a fait ses preuves dans ce domaine en novembre 2002 à Guangdong dans le sud de la Chine : il a été impliqué dans plus de 8 000 cas d’infections humaines à type de syndromes respiratoires aigus sévères (SRAS) et de 774 décès répartis dans 37 pays en 2002-2003. Le MERS (Middle East respiratory syndrome)-CoV lui a emboîté le pas en 2012 en Arabie Saoudite avec à son actif 2 494 cas d’infections et 858 décès. La suite, c’est l’émergence d’un nouveau coronavirus, dénommé 2019-nCoV à Wuhan (Chine) qui est à l’origine de l’épidémie actuelle et de l’état d’urgence sanitaire mondiale décrétée par l’OMS le vendredi 31 janvier 2019. C’est au marché improprement appelé « marché aux poissons de Huanan », en fait le Huanan Global seafood market qui est un marché de gros- où l’on trouve bien d’autres espèces que le poisson- que les premiers cas de pneumonie à 2019-nCoV ont été contractés au contact d’hôtes infectés potentiels dont la liste a été précédemment évoquée, sans qu’elle soit d’ailleurs exhaustive. Au 1er février, le nombre de cas s’élève à plus de 12 000 et celui des décès à 259, la transmission interhumaine opérant désormais à plein régime.

Séquençage de dernière génération

Parmi les nombreuses questions que suscite cette épidémie, figure son origine : à quel hôte la doit-on ? Les hypothèses vont bon train, mais la chauve-souris semble bien placée pour faire l’objet de bien des soupçons. Pour les besoins de l’enquête, neuf patients ont été mis à contribution, parmi les premiers infectés d’une longue série, dont huit avaient visité le désormais fameux Huanan seafood market de Wuhan. Pour ce faire, le 2019-nCoV a été isolé à partir d’échantillons de lavage broncho-alvéolaire et cultivé. Des techniques de séquençage de dernière génération ont été utilisées pour déterminer le génome complet ou pour le moins partiel du virus. Les régions terminales du génome ont été étudiées par amplification rapide des terminaisons cADN. Il a alors été procédé à une analyse phylogénétique de ces génomes et de ceux provenant d’autres coronavirus pour tenter de préciser l’origine du dernier venu. Une modélisation par homologie a clôturé la recherche. 

Taux de concordance élevé avec deux coronavirus de la chauve-souris

Les dix séquences génomiques ainsi obtenues se sont avérées hautement similaires, le taux de concordance étant de l’ordre de 99,98 %. Fait notable, une similitude assez étroite (avec 88 % de concordance) a été établie entre le génome de 2019-nCoV et celui de deux coronavirus retrouvés chez la chauve-souris et associés à un syndrome dit  SARS-like, respectivement bat-SL-CoVZC45 et bat-SL-CoVZXC21, tous deux isolés en 2018 à Zhoushan, dans l’Est de la Chine. En revanche, le génome de 2019-nCoV s’est avéré un peu plus éloigné du SARS-CoV (concordance d’environ 79 %) et plus encore de celui de MERS-CoV (concordance d’environ 50 %). L’analyse phylogénétique a révélé que 2019-nCoV appartenait au sous-genre Sarbecovirus qui fait partie du genre Betacoronavirus et confirmé une certaine proximité avec bat-SL-CoVZC45 et bat-SL-CoVZXC21. En revanche, le nouveau venu est génétiquement distinct de SARS-CoV, même si la modélisation par homologie révèle des parentés structurales au demeurant non concluantes.

2019-nCoV se distingue donc suffisamment de SARS-CoV pour être considéré comme un nouveau betacoronavirus de facto pathogène pour l’espèce humaine. L’analyse phylogénétique suggère que la chauve-souris pourrait bien avoir été l’hôte initial et le réservoir de ce virus capable de se propager à d’autres espèces animales représentées au marché de gros, le seafood market de Wuhan. Autrement dit, la chauve-souris aurait facilité l’émergence du 2019-nCoV, mais d’autres espèces- pour l’instant inconnues- pourraient avoir servi d’intermédiaires entre elle et l’homme, une hypothèse qui ne peut être écartée à l’heure actuelle…

L’enquête reste ouverte cependant que l’épidémie n’a pas encore atteint son pic, la priorité étant désormais son contrôle, ce qui n’exclut pas de rechercher le réservoir et les hôtes potentiels de ce nouvel agent pathogène.
 

Dr Philippe Tellier

Référence
Roujian Lu et coll. : Genomic characterisation and epidemiology of 2019 novel coronavirus: implications for virus origins and receptor binding. Lancet 2020: publication avancée en ligne le 30 janvier. DOI. https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)30251-8.

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Vos réactions (2)

  • Transparence ?

    Le 08 février 2020

    Un labo de New Delhi aurait trouvé 4 inserts exogènes dans ce coronavirus de chauve-souris, ce qui tendrait à prouver que ce virus a été manipulé génétiquement. Or le seul labo de haute sécurité BSL4 pouvant procéder à ce type de manipulation se trouve à Huwan...!
    Par ailleurs le Dr Li WenLiang , le 1er à avoir donné l'alerte , 34 ans, est décédé ce jour…

    Serge Rader (pharmacien)

  • Chauve souris

    Le 29 février 2020

    Ce sont des animaux protégés! Je crois qu'elles sont également porteuses du virus de la rage, j'en ai plein dans mes dépendances et m'en méfie comme de la peste, elles ainsi que leurs déjections et toute la poussière qui les entoure.

    Dr Jean-Paul Vasse

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