Taux de positivité : un indicateur à manier avec précaution

Paris, le jeudi 8 octobre 2020 – Selon les informations données par Santé publique France, « le taux de positivité » concernant les tests de détection du virus SARS-CoV-2 « est calculé de la manière suivante : (100 x nombre de tests positifs)/nombre de tests réalisés ».

Les personnes testées plusieurs fois exclues des calculs

Or, cette « formule » cache en réalité de nombreux couacs qui rendent peu fiable cet indicateur, comme le soulignent les médias Libération et Mediapart (au-delà des questions liées à la très grande sensibilité des tests qui permettent difficilement d’en déduire la contagiosité du sujet).

Mediapart nous apprend ainsi que dans les faits, toutes les personnes testées ne sont pas prises en compte pour l’établissement du taux de positivité par Santé publique France. Ainsi, un patient qui aura effectué un dépistage négatif ne sera pas comptabilisé parmi les «personnes testées» s’il a déjà eu, même plusieurs mois auparavant, un premier test négatif. Or, ce cas de figure concernerait de plus en plus de personnes ayant recours au dépistage.

Ainsi, pour la semaine du 21 au 27 septembre (plus récente période pour laquelle les données sont consolidées), Santé publique France recense 934 517 « personnes testées » pour 1 178 937 tests réalisés. Le taux de re-test serait donc d’environ 20 %, augmentant presque d’autant le taux de positivité.

Ainsi, le journal Libération propose un exemple parlant « 100 personnes sont testées une semaine donnée. Dix personnes sont positives, les 90 autres sont négatives. D’où un taux, pourrait-on imaginer, de 10%. Mais imaginons que 15% des personnes testées négatives avaient déjà subi un test négatif il y a deux mois. Ils sont sortis du calcul, selon la méthodologie de Santé publique France. Le taux de positivité sera donc calculé en prenant en compte 10 positifs… et seulement 75 négatifs. De 10%, le taux de positivité bondit à 11,8 % ».

SPF reconnait les biais de sa méthode

Une méthode déroutante dont Santé publique France, contactée par Libération,  reconnaît les biais. L’Agence explique ainsi être « bien consciente des difficultés » et dit travailler « à une solution permettant de présenter un taux de positivité plus simple à interpréter ». Elle souligne en outre, que logiquement,  « l’écart devrait par ailleurs être amené à augmenter au cours du temps avec l’augmentation du nombre de personnes qui font plusieurs tests » puisque le nombre de re-tests sur le volume total des tests effectués augmente. 

« Ce problème de méthode a aussi une répercussion sur les comparaisons des taux de positivité entre les territoires. Car, parmi les cohortes de personnes se faisant dépister chaque jour, le pourcentage de personnes déjà testées varie, parfois largement, selon les départements. Ce qui amène donc à avoir des taux de positivité officiels qui sont davantage surestimés dans certains départements, par rapport à d’autre » note encore Libération.

A ces observations, on peut en ajouter au moins deux : premièrement le taux de positivité hebdomadaire (sur 7 jours glissants) ne reflète par réellement la situation de la semaine concernée compte tenu de l’encombrement des laboratoires de biologie médicale qui font remonter parfois les résultats des tests près de deux semaines après le prélèvement. En outre, notons que les décisions gouvernementales influent elles aussi sur ce taux de positivité : par exemple les recommandations de priorisation modifient le profil des personnes testées (potentiellement plus fréquemment réellement infectées) et peuvent conduire à une diminution totale du nombre de dépistages.

Xavier Bataille

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