Covid-19 : la RT-PCR pourrait rester positive jusqu’à 8 jours après la guérison clinique

Combien de temps un patient atteint du Covid-19 mais devenu asymptomatique du fait de l’évolution naturelle de la maladie-en l’absence de traitement étiologique efficace- reste-t-il positif ? Autrement dit, la cinétique virale suit-elle l’évolution des symptômes au point que la RT-PCR se négative totalement et définitivement au stade de la guérison clinique ? La question est d’importance et le doute s’est d’ailleurs installé à la suite d’une publication signalant le cas d’un patient guéri mais porteur d’une charge virale encore suffisante pour contaminer deux de ses proches.

Seize patients à Pékin

Une petite étude de cohorte réalisée à Pékin (Chine) apporte quelques éléments de réponse à ces interrogations. Elle a inclus 16 patients (âge médian 35,5 ans ; extrêmes 3-68 ; 11 hommes) atteints d’un Covid-19 biologiquement confirmé qui avait conduit à leur hospitalisation entre le 28 janvier et le 9 février 2020 devant un tableau clinique associant diversement fièvre (14/16), toux (12/16), douleurs pharyngées (5/16) ou encore dyspnée (2/16).

Dix patients étaient passés par la ville de Wuhan avant de développer la maladie. Divers traitements ont été administrés au cours de l’hospitalisation, surtout l’interféron alpha (n = 15) associé ou non à d’autres traitements : oseltamivir (1/16), lopinavir/ritonavir (11/16), aciclovir (1/16), moxifloxacine (5/16), méthylprednisolone (2/16), gammaglobulines (2/16) ou encore vancomycine (1/16). La ventilation assistée n’a été nécessaire que dans un seul cas. Tous sont sortis guéris à la fois sur le plan clinique et …virologique, deux analyses, par RT-PCR de prélèvements nasopharyngés espacés de 24 heures au moins, étant négatives. Il faut préciser que les tests avaient été effectués quotidiennement après l’admission. Les patients ont été mis en quarantaine à leur domicile où ils ont passé deux semaines après leur sortie et une recherche virale a été effectuée au bout d’une semaine de ce confinement.

Virus détectable 8 jours après la fin des symptômes dans certains cas

La durée de la période d’incubation a été estimée en moyenne à 5 jours (écart interquartile –EIQ- 1-6 jours) et celle de la phase symptomatique à 8 jours (EIQ 6,25-11,5). Un patient sur deux (8/16) est resté positif sur le plan virologique après la disparition des symptômes inauguraux, pendant une médiane de 2,5 jours (extrêmes 1 à 8 jours) alors que l’évolution clinique a été similaire pour tous les participants y compris l’enfant de 3 ans. Autrement dit, le virus a pu rester détectable dans les prélèvements nasopharyngés jusqu’à huit jours après la guérison clinique dans cette petite série de formes légères à modérées du Covid-19, l’hospitalisation étant le plus souvent motivée par la nécessité d’un confinement sûr que par des signes de gravité. Il n’est pas prouvé que la charge virale persistante soit suffisante pour contaminer d’autres sujets, mais le fait mérite d’être signalé. De fait, les patients « guéris » ne sauraient être remis trop vite « dans le circuit », une quatorzaine de précaution au domicile méritant d’être envisagée pour limiter le risque de propagation du virus, la guérison clinique apparente ne garantissant pas la disparition du virus.

Persistance du virus peut-être plus longue dans les formes sévères

Il faut souligner que cette étude n’a inclus que des formes légères du Covid-19 d’excellent pronostic ayant touché des patients dans l’ensemble assez jeunes. Qu’en est-il dans les formes sévères chez des sujets plus âgés, vulnérables  ou atteints de comorbidités (peu présentes dans cette étude : 2/16) ? La clairance virale pourrait bien être plus faible, de sorte que la fenêtre de dissémination de l’agent pathogène s’en trouverait singulièrement élargie et pourrait dépasser, dans certains cas les huit jours annoncés dans cette étude qui est par ailleurs un « instantané » dans l’évolution de la pandémie. Les faits rapportés concernent la période comprise entre le 28 janvier et le 9 février de cette année et, depuis, le virus a donné naissance à d’autres épicentres que celui de Wuhan.

D’autres données épidémiologiques actualisées sont nécessaires pour se faire une idée plus précise de la problématique évoquée, d’autant plus que le nombre de cas guéris ne cesse d’augmenter de jour en jour : une nouvelle réconfortante qui ne doit pas faire oublier les particularités de ce coronavirus tant sur le plan virologique qu’épidémiologique ainsi que les limites actuelles de la RT-PCR en termes de sensibilité.

Dr Philippe Tellier

Référence
Chang et coll. : Time Kinetics of Viral Clearance and Resolution of Symptoms in Novel Coronavirus Infection. Am J Respir Crit Care Med. 2020 : publication avancée en ligne le 23 mars. doi: 10.1164/rccm.202003-0524LE.

Copyright © http://www.jim.fr

Réagir

Vos réactions (2)

  • Ce constat est évident

    Le 31 mars 2020

    Une PCR détecte des protéines virales ce qui ne veut pas dire virus entier et encore moins virus vivant.
    Cela se retrouve dans la plupart des maladies infectieuses.

    Dr JL Rey (santé publique)

  • Précisions sur la PCR (réponse au Dr JL Rey)

    Le 08 avril 2020

    La RT-qPCR détecte et quantifie par amplification des genes d'ARN viral (gènes ORF1 ou S spécifiques du Cov2). Quand un certain nombre de cycles d'amplification ne permet pas de détecter suffisamment de fluorescence on considère que c'est négatif. Les ARN libres de virus lysés eventuellement présents dans le prélèvement pharyngé seraient en très faibles quantités comparés aux ARN viraux intracellulaires,de plus ils ont une demi-vie très courte en dehors des cellules. Il semble donc très peu probable qu'un patient à charge virale nulle se révèle positif à partir d'ARN libre.

    Fabien Lauro

Réagir à cet article