Covid-19 : les variants sont bien reconnus par les lymphocytes T !

À la fin de l'année 2020, trois variants distincts du SARS-CoV-2 ont été identifiés alors qu’étaient observés des pics de Covid-19 au Royaume-Uni (variant B.1.1.7), en Afrique du Sud (variant B.1.351) et au Brésil (variant B.1.1.248). Ces variants possèdent tous la mutation N501Y dans le domaine de liaison au récepteur (RBD) de la protéine spike, une cible primordiale pour la liaison des anticorps neutralisants (NAb). Ils portent également tous des mutations supplémentaires uniques dans l'ensemble du génome, et ne sont pas liés phylogénétiquement, ce qui indique qu'ils ont évolué indépendamment.

En raison des mutations dans la RBD et dans d'autres zones de la protéine de pointe, se posait la question de la sensibilité de ces variants viraux primaires vis-à-vis des NAb détectés dans le plasma des donneurs convalescents, des patients vaccinés dans les essais précliniques ou cliniques, et vis-à-vis des anticorps monoclonaux.

Ces mutations rendent le variant moins reconnaissable pour les anticorps neutralisants

Des études ont montré que les variants sont plus ou moins sensibles à la neutralisation, le B.1.1.7 ne présentant que des diminutions mineures de sensibilité au plasma de convalescent et de post-vaccination. En outre, des rapports préliminaires provenant d'essais vaccinaux de phase 2b/3 en cours au Royaume-Uni pendant la montée en puissance de B.1.1.7 suggèrent que l'efficacité des vaccins basée sur la protéine S n'a pas diminué de manière significative ; toutefois, ces études n'ont pas été publiées ou évaluées par des pairs.

À l'inverse, avec le variant B.1.351 (sud-africain), il a été démontré une augmentation significative de la résistance à la neutralisation par le plasma convalescent de certains individus, ainsi qu'une diminution du potentiel de neutralisation des réponses NAb induites par le vaccin à base d'ARNm ; il convient toutefois de noter que ce potentiel de neutralisation a été estimé suffisamment élevé pour conférer une protection complète.

Bien que les corrélats de la protection chez les personnes convalescentes et les vaccinés soient inconnus, on suppose qu'une large réponse immunologique humorale et à médiation cellulaire est très probablement nécessaire pour se protéger pleinement contre la Covid-19. Il est presque certain que les anticorps constituent la première ligne de défense contre l'infection, mais la réponse des cellules T CD8+ est également importante pour prévenir la progression de la maladie.

Quid de l’immunité cellulaire ?

Cette étude a donc scruté la capacité des cellules T CD8+ de 30 individus convalescents de la Covid-19 à reconnaître les principaux variants du SARS-CoV-2 (45 mutations évaluées). Ainsi, des échantillons de cellules mononucléées du sang périphérique provenant de ces convalescents de la Covid-19 confirmée par PCR (n = 30) ont été collectés et examinés pour six haplotypes HLA différents (HLA-A*01:01, HLA-A*02:01, HLA-A03:01, HLA-A*11:01, HLA-A*24:02 et HLA-B*07:02). Soixante pour cent des personnes incluses dans l’étude étaient des hommes et les échantillons ont été prélevés à une date médiane de 42,5 jours du diagnostic initial.

Toutes les cellules T CD8 reconnaissent les variants

Une seule des mutations trouvées au niveau de B.1.351-Spike « chevauchait » un épitope précédemment identifié (1/52), ce qui suggère que pratiquement toutes les réponses des cellules T CD8+ anti-SARS-CoV-2 devraient reconnaître ces variants nouvellement décrits. Ces données mettent en évidence le rôle potentiellement important d'une réponse des lymphocytes T multi-épitopes dans la limitation de l'échappement viral et l’implication dans la protection contre la maladie causée par les variants du SARS-CoV-2. Il est donc important que les vaccins utilisés à grande échelle génèrent de fortes réponses des cellules T multivalentes en plus des NAb et des autres réponses humorales afin d'optimiser l'efficacité contre les souches actuelles et émergentes du SARS-CoV-2. Il est important de continuer à surveiller l'ampleur, la magnitude et la durabilité des réponses des cellules T contre le SARS-CoV-2 chez les personnes guéries et vaccinées dans le cadre de toute évaluation visant à déterminer si des vaccinations de rappel sont nécessaires.

Dr Bernard-Alex Gaüzère

Référence
Redd AD et coll. : CD8+ T cell responses in COVID-19 convalescent individuals target conserved epitopes from multiple prominent SARS-CoV-2 circulating variants, Open Forum Infectious Diseases, 2021; publication avancée en ligne. doi.org/10.1093/ofid/ofab143

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Vos réactions (5)

  • Vacciner en fonction des réponses de lymphocytes T spécifiques ?

    Le 05 avril 2021

    Alors, il serait cohérent de ne pas vacciner systématiquement les personnes ayant eu une PCR ou une sérologie positive, mais proposer cette vaccination uniquement aux personnes aux antécédents d'infection SARS-COV-2 qui n'ont plus de réponses de lymphocytes T spécifiques au SARS-CoV-2 (1); ces tests sont déjà disponibles (2).

    1. G. Breton et al. Persistent Cellular Immunity to SARS-CoV-2 Infection. BioRxiv doi: https://doi.org/10.1101/2020.12.08.416636

    2. Mouton, W. et al. A novel whole-blood stimulation assay to detect and quantify memory T-cells in COVID-19 patients. MedRxiv. doi: https://doi.org/10.1101/2021.03.11.21253202

    Dr Johannes Hambura

  • Sars cov 2 et lymphocytes T

    Le 06 avril 2021

    Proposition très intéressante du Dr Hambura. Un vaccin n'a pas d'autre objectif que d'aider au développement de l'immunité. Alors si elle existe déjà pour un individu, il est légitime de se poser la question de l'intérêt du vaccin, et de la preuve de sa pertinence.

    Dr Bernard Hazon

  • Attention ! De l'éprouvette à la clinique !

    Le 07 avril 2021

    Les réactions émises sont dignes d'intérêt, mais cependant omettent la simple démarche médicale clinique. Le problème soulevé est celui de la persistance ou non des lymphocytes T mémoires, reconnaissant les variants chez les personnes guéries ou convalescentes ayant été infectées par la souche initiale de SARS-COV2.
    L'article décrivant la mise au point d'un test capable de détecter l'absence de ces lymphocytes T mémoires est encore en "pré-print". Par ailleurs même à l'avenir se baser sur de tels tests immunologiques avant de prendre une décision clinique vaccinale me paraît assez illusoire. En effet compter le nombre de cellules positives ou négatives dans un tel type d'examen de laboratoire, ne comporte pas de chiffres seuils de positivité ou négativité : zone noire à blanche en passant par la zone grise.

    En conclusion : j'aimerais bien savoir la faisabilité de tels tests dans la pratique médicale au quotidien, concernant toute politique vaccinale.

    Dr Yohannes Negesse

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