Détection du SARS-CoV-2 : pourquoi pas un test salivaire ?

A l’heure actuelle, le diagnostic positif du Covid-19 repose sur la détection du SARS-CoV-2 dans les prélèvements nasopharyngés effectués par écouvillonnage. Le virus est identifié par RT-PCR (Real Time reverse transcription Polymerase Chain Reaction) qui est un test d’amplification génique, gold standard dans le diagnostic de l’infection. La procédure est utilisée de manière variable selon les pays, mais le plus souvent, elle est destinée à des patients symptomatiques, car elle ne semble pas idéale quand il s’agit de l’appliquer dans le cadre d’un dépistage massif en présence de symptômes ou non. Le prélèvement n’est pas spécialement plaisant et les résultats ne sont pas immédiats. Ainsi, en cas de suspicion diagnostique un tant soit peu étayée, le patient devra attendre plusieurs heures en restant confiné chez lui ou en milieu hospitalier, selon le pays, le contexte ou les habitudes du centre agréé autorisé à pratiquer de tels tests.

D’autres pistes…

Pour toutes ces raisons, d’autres solutions sont activement recherchées par plus d’une compagnie en quête d’un marché potentiel plutôt vaste dans cette pandémie mondiale. Des dosages plus rapides par PCR sont à l’étude au même titre que la recherche des anticorps sériques spécifiques du SARS-CoV-2, mais il faut reconnaître que leurs résultats se font attendre. D’autres pistes ont été suggérées pour le diagnostic moléculaire du Covid-19, qu’il s’agisse des sécrétions oropharyngées ou encore de l’expectoration. Les gouttelettes microscopiques de salive produites lors de la toux sont par ailleurs la principale voie de transmission interhumaine du virus, dès lors que les mesures de distanciation sociales ne sont pas appliquées.

Dès lors, pourquoi ne pas pratiquer une PCR sur des échantillons de salive ou d’autres fluides provenant de la sphère orobuccale ? La proposition est d’autant plus tentante que la salive peut être produite par le patient lui-même sans qu’il soit besoin de recourir à un écouvillonnage désagréable qui nécessite par ailleurs l’intervention d’un personnel rompu à cette technique opérateur-dépendante, et se faisant de surcroît au contact du sujet ?

Vingt-cinq patients (dont 17 hommes ; âge moyen 61,5 ± 11,2 ans) ont été invités à participer à une étude destinée à explorer cette piste de la salive. Tous étaient atteints d’une forme sévère du Covid-19 et se trouvaient dans un centre hospitalier italien, voire pour certains en USI. Dans tous les cas, les prélèvements nasopharyngés effectués lors de l’admission ou au cours de l’hospitalisation s’étaient avérés positifs, le SARS-CoV-2 étant détecté à au moins une reprise  par PCR.

Tous les échantillons salivaires ont été obtenus selon la technique du drooling -utilisée couramment dans certaines études épidémiologiques, au besoin à l’aide de kits pour induire la salivation- qui permet de ne recueillir que la salive et en principe rien d’autre (à l’exclusion notamment des sécrétions pharyngées ou des expectoration). Chez les patients intubés, la salive a été prélevée à la pipette. Tous les échantillons ont été traités et préparés en vue d’utiliser la RT-PCR dans les conditions requises par cette technique. Les patients inclus étaient le plus souvent (65,22 %) atteints de comorbidités cardiovasculaires ou métaboliques.

Des résultats positifs dans 100 % des cas

Les résultats sont à la hauteur des espérances : le SARS-CoV-2 a été identifié dans tous les échantillons de salive. La positivité a été définie par rapport au paramètre Ct qui est corrélé à la charge virale : il s’agit du nombre de cycles nécessaires à l’obtention d’un signal de fluorescence dépassant le niveau du bruit de fond en PCR. En l’occurrence, la positivité des dosages a été jugée satisfaisante et inversement corrélée aux taux plasmatiques de LDH, un biomarqueur qui témoigne de la sévérité des lésions tissulaires induites par l’infection.

Chez deux patients, la positivité du test salivaire est apparue au moment où les prélèvements nasopharyngés ou respiratoires se positivaient eux aussi. En bref, une sensibilité de 100 %… alors que la prévalence du Covid-19 était, elle aussi, de 100 %.

La salive semble constituer un milieu fiable quant à la détection du SARS-CoV-2 par RT-PCR, tout au moins chez des patients atteints d’une forme sévère ou grave du Covid-19. Elle pourrait aussi permettre de quantifier la charge virale et de compléter la surveillance clinique.

Il reste à établir que les échantillons salivaires peuvent contribuer au dépistage des formes peu ou pas symptomatiques : il faut, pour le savoir, procéder à des évaluations propres à ces situations cliniques, épidémiologique bien éloignée des conditions dans lesquelles s’est déroulée cette étude italienne, au plus fort de l’épidémie. La prévalence du Covid-19 risque d’être inférieure à 100 % et la sensibilité va forcément chuter dans des proportions qui restent à déterminer.

Dr Philippe Tellier

Référence
Azzi L et coll. : Saliva is a reliable tool to detect SARS-CoV-2. J Infect., 2020 : publication avancée en ligne le 13 avril. pii: S0163-4453(20)30213-9. doi: 10.1016/j.jinf.2020.04.005.

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Vos réactions (5)

  • Se racler la gorge

    Le 20 avril 2020

    Se racler la gorge pour déposer le crachat sur le coton tige au cas où l'on craint une maladresse de la préleveuse !

    Les femmes avalent ces raclages, les hommes moins. Néanmoins il existe des formes digestives pures de Covid 19 prouvés par le test nasal. Faut-il vérifier, une fois guéri, si le virus est encore présent à la marge anale et désinfecter les toilettes de cet homme à l'eau chaude avec un désinfectant comme l'eau de Javel ?

    Dr JD

  • Problème du recueil salivaire

    Le 20 avril 2020

    Prélever de la salive n’est pas si aisé en quantité et en qualité de prélèvement, il faut penser au transport vers le laboratoire.
    C’est comparable au recueil du cortisol salivaire, il faut utiliser un dispositif qui contient un coton.
    Puis il faut probablement le congeler pendant le transport.
    En conclusion moins pratique que le prélèvement nasopharyngé si toutefois il est réalisé dans les règle de l’art (il ne faut pas avoir peur du geste qui bien que désagréable n’est en principe pas
    douloureux).

    Dr Jonathan Oliel (Médecin biologiste)

  • Sensibilité, valeur prédictive...

    Le 21 avril 2020

    L'auteur de cet article semble mélanger les notions de sensibilité / spécificité et la valeur prédictive.
    C'est un peu ennuyeux pour une revue médicale, et dans un article qui cible un test.
    Je cite : "La prévalence du Covid-19 risque d’être inférieure à 100 % et la sensibilité va forcément chuter dans des proportions qui restent à déterminer".
    Non la sensibilité d'un test ne se modifie pas avec la composition de l'échantillon testé, car justement elle caractérise la performance du test, indépendamment de l'échantillon.
    C'est la valeur prédictive qui change, et c'est cette valeur qui est importante dans la vrai vie.
    L'autre remarque qu'on peut faire c'est qu'avec un échantillon de 25 patients, tous avec une forme sévère, on ne peut pas espérer une grande précision sur la mesure. Tout au plus est-ce une pre-etude.
    Bref, un peu de rigueur mes chers confrères !

    Dr Grégoire Smith

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