Infections respiratoires avant 3 mois : des virus mais aussi des bactéries !

Les infections respiratoires sont l’une des causes majeures de consultations aux urgences. L’incidence -des co-infections virales et bactériennes est connue pour le virus respiratoire syncitial (VRS) et la grippe mais n’est pas documentée pour l’ensemble des infections virales. La question se pose principalement avant l’âge de 3 mois où le risque d’infection bactérienne sérieuse est le plus important.

Des pédiatres et microbiologistes de Houston ont réalisé entre 2015-2016 une étude prospective sur des nourrissons consultant aux urgences pour une fièvre ≥ 38°. Ceux avec une comorbidité chronique ou un traitement antibiotique récent ont été exclus. Par prélèvement naso-pharyngé et RT-PCR, 17 virus étaient recherchés en même temps qu’il était procédé au bilan infectieux. Selon les résultats un classement en trois groupes a été effectué :

1) virus responsables d’infections systémiques (entérovirus, adénovirus, parécho- et bocavirus),
2) virus localisés aux muqueuses (VRS, grippe, rhinovirus, coronavirus, métapneumovirus et parainfluenzae),
3) prélèvements négatifs.

En 12 mois, 104 nourrissons de 4 à 90 jours (moyenne 42) ont été enrôlés ; 96 ont eu une analyse d’urine, 97 une hémoculture, 63 une ponction lombaire. Au total, 70 (67 %) examens virologiques étaient positifs dont 47 pour un seul virus, 23 pour plusieurs ; dans le cas d’un virus « systémique », l’infection lui était attribuée. Les virus respiratoires les plus fréquemment identifiés étaient les rhinovirus (33 %), les entérovirus (18 %), les VRS (17 %) et influenzae (8 %) ; les autres virus n’ont été retrouvés que dans 1 % à 4 % des cas. Les rhinovirus étaient les plus fréquemment en cause dans toutes les tranches d’âge, les entérovirus avant un mois, les VRS après un mois avec une fréquence croissante.

Une co-infection bactérienne dans 16 % des cas

Le taux des infections bactériennes sur les 104 patients a été de 16 % (17 cas). Une bactériurie après sondage a été constatée 13 fois dont 10 fois à colibacilles. Les hémocultures ont été positives 4 fois (pneumocoques 2, colibacille 1, staphylocoque 1). Aucun cas de méningite n’a été constaté mais une parotidite et une gastro-entérite à salmonelles. Le taux d’infections bactériennes avec un virus respiratoire était de 13 % et de 24 % en l’absence de virus détecté mais la différence n’était pas significative. Le taux le plus élevé d’infections bactériennes a été observé avec les entérovirus (22 %) vs VRS (11 %) et rhinovirus (7 %). Au cours des infections virales limitées aux muqueuses, le taux d’infections bactériennes était de 9 %. Les patients porteurs d’un virus systémique ou virus négatif avaient un risque relatif ajusté à l’âge augmenté (risque relatif 3,3 intervalle de confiance à 95 % 1,1-9,7).

Les virus respiratoires peuvent être rapidement détectés chez les nourrissons fébriles de moins de 90 jours par prélèvement naso-pharyngé. L’augmentation de sensibilité de la technique a montré que le taux de co-infections bactérie- virus était plus élevé qu’il n’était avancé.

Pr Jean-Jacques Baudon

Référence
Nicholson EG et coll. : The risk of serious bacterial infection in febrile infants 0-90 days of life with a respiratory viral infection. Pediatr Infect Dis J., 2019; 38: 355-361.

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