Alerte à la shigellose résistante aux antibiotiques

Paris, le mercredi 22 mars 2023 – L’Institut Pasteur s’inquiète de la prolifération de souches de Shigella résistantes aux antibiotiques.

Un peu moins d’un an après l’apparition des premiers cas de variole du singe en Europe, voici qu’une autre maladie endémique dans les pays en voie de développement se diffuse à bas bruit en Occident et notamment chez les hommes homosexuels. Jeudi dernier, les chercheurs du centre national de référence (CNR) des entérobactéries de l’Institut Pasteur ont sonné l’alerte sur la prolifération des foyers de bactéries Shigella dites XDR, c’est-à-dire extrêmement résistantes aux antibiotiques (Extensively Drug-Resistant). Ces entérobactéries ont notamment été isolées chez des hommes homosexuels s’étant rendus en Asie du Sud-Est, où cette souche ultra résistante serait apparue en 2007.

Shigella est on le sait responsable de la shigellose, une maladie qui se manifeste par des diarrhées fébriles parfois sanglantes et des douleurs abdominales. Si la plupart des patients parviennent à surmonter la maladie en quelques jours sans traitement, elle peut être mortelle chez les enfants et les personnes âgées ou immunodéprimées.

Les sources fiables manquent mais on estime que l’infection touche environ 160 millions de sujets chaque année, provoquant la mort d’entre 70 000 et 200 000 personnes, dont entre 35 000 et 65 000 enfants de moins de cinq ans. L’infection est endémique dans les zones tropicales d’Afrique, d’Amérique latine et d’Asie, notamment dans les pays pauvres ne disposant pas de bonnes conditions d’hygiène ou d’infrastructures sanitaires efficaces. En Occident, la maladie concerne essentiellement les voyageurs internationaux, avec quelques milliers de cas par an en Europe.

22 % des souches analysées sont résistantes aux antibiotiques de première intention

Selon les chercheurs de l’Institut Pasteur, qui ont fait part des résultats de leurs recherches dans un article paru dans la revue Nature le 28 janvier dernier, la part de cas de shigelloses provoquées par des souches résistantes est en augmentation en France. Alors qu’aucune souche ultra-résistante n’avait été détectée avant 2015, 22 % des shigelles isolées à  l’Institut Pasteur en 2021 étaient résistantes aux trois classes d’antibiotiques habituellement prescrites, à savoir les fluoroquinolones, l’azithromycine et les céphalosporines de troisième génération. Ces bactéries XDR sont toutes de la famille Shigella sonnei, la plus répandue en Europe. Pour les cas les plus graves, « les seuls antibiotiques efficaces sont les carbapénèmes ou la colistine, administrés par voie intraveineuse, ce qui rend le traitement plus difficile avec un suivi complexe en milieu hospitalier » écrivent les chercheurs.

« Cette souche a été détectée pour la première fois en France en 2015 » explique le Pr François-Xavier Weill, chercheur à l’Institut Pasteur et l’un des auteurs de l’étude parue dans Nature. « Elle a ensuite donné lieu à des épidémies circonscrites, souvent d’origine importée, notamment en 2017 dans une école qui a dû être fermée ; après une pause liée à la pandémie de Covid, elle s’est diffusée en France rapidement ».

Prendre des mesures pour réduire la transmission

Il n’y a pas qu’en France que la prolifération de souches de Shigella sonei résistantes aux antibiotiques inquiète les infectiologues. Au Royaume-Uni, l’agence de santé publique avait déjà sonné l’alerte début 2022, après avoir observé une augmentation des cas de shigellose résistantes chez des hommes homosexuels. Le centre européen pour la prévention et le contrôle des maladies (ECDC) a également fait part de son inquiétude dans un communiqué du 23 février dernier. Quant à l’Organisation Mondiale de la Santé (OMS), elle considère que la Shigella fait partie des « pathogènes prioritaires », pour lesquels de nouveaux traitements doivent être trouvés urgemment.

« La surveillance de la bactérie par séquençage génomique permet de lancer une alerte précoce, alors que le phénomène n’est pas encore perceptible par les cliniciens » souligne le Pr Weill. « A l’échelle nationale, les cas sont encore peu nombreux (une centaine recensée en 2021), mais il est important que les médecins et les centres de dépistages soient informés de cette émergence pour pouvoir prendre des mesures visant à réduire la transmission de cette souche bactérienne ».

Quentin Haroche

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