Après le variant sud-africain, le variant japonais et sa mutation E484K inquiète

Paris, le mercredi 13 janvier 2021 - C’était en 2020, c’est-à-dire il y a quasiment un siècle. A l’époque, les nombreuses mutations du virus SARS-CoV-2 ne semblaient pas susciter de préoccupations aiguës. Une surveillance génomique existait, bien plus développée dans certains pays, comme le Royaume-Uni, que dans d’autres, mais les signaux d’alerte demeuraient limités. Cependant, des études très précises des différentes mutations ont été conduites, destinées notamment à identifier celles qui pourraient être associées à une plus grande transmissibilité ou encore celles qui pourraient avoir des conséquences remarquables sur l’immunité. Ainsi, les chercheurs peuvent-ils notamment prédéfinir les combinaisons de mutations qui pourraient s’avérer les plus redoutables.

Plus redoutable que le variant dit britannique

Parmi les mutations qui retiennent l’attention, N501Y, qui conférerait au virus une plus grande contagiosité, est présente sur les désormais célèbres variants britanniques et sud-africains. Bien que cette mutation concerne la protéine spike, l’efficacité des vaccins ne serait pas significativement affectée par cette dernière. La situation pourrait être différente concernant la mutation E484K. Or, E484K est retrouvé dans le variant sud-africain et caractérise un nouveau variant identifié au Japon, chez quatre personnes de retour d’un voyage au Brésil (variant également porteur de la mutation N501Y).

Quand E484K émerge pour contrer les anticorps d’un plasma de convalescent

Selon des travaux d’une équipe de Seatle qui sont en cours de publication, les anticorps de convalescents se lieraient moins facilement les virus porteurs de la mutation E484K ; ce qui pourrait suggérer également une efficacité moindre des vaccins. Par ailleurs, des expériences conduites par des chercheurs italiens, également non encore publiées dans une revue à comité de lecture ont consisté à « co-incuber un virus « classique » avec un plasma hautement neutralisant provenant d’un patient convalescent ». Au bout de 73 jours, « une substitution E484K » a été observée, suivie à J 80 d’une nouvelle mutation, qui a « généré un variant complètement résistant à la neutralisation plasmatique ». Les conséquences dans la vie réelle de ces observations in vitro doivent être bien sûr précisées. D’ailleurs, l’un des principaux auteurs de l’étude, Rino Rappuoli, nuance : « Je ne pense pas que cette mutation soit à elle seule problématique pour les vaccins ». De son côté, dans le Monde, vendredi, Etienne Simon-Loriere, directeur de recherche à l’Institut Pasteur, remarquait : « la variabilité observée chez les individus est rassurante car, même si certains s’avèrent très sensibles à cette mutation, d’autres le seront moins ». Cependant, ces publications justifient néanmoins la préoccupation de la communauté scientifique face à cette mutation.

Panique au Japon

« Cette mutation est la plus inquiétante de toutes » confirme cité par l’AFP Ravi Gupta, professeur de microbiologie à l'Université de Cambridge. « E484K peut aider le virus à contourner la protection immunitaire conférée par une infection antérieure ou par la vaccination » renchérit le  Pr François Balloux, de l'University College de Londres. Au Japon, la découverte de plusieurs personnes infectées par un nouveau variant présentant cette mutation a suscité un véritable mouvement d’inquiétude, incitant une nouvelle fois certains représentants politiques à s’interroger sur la pertinence du maintien des jeux Olympiques. Néanmoins, d’autres spécialistes estiment qu’il faut éviter de céder à la panique « Même si vous baissez en efficacité, vous allez normalement toujours avoir une neutralisation du virus » remarque ainsi Vincent Enouf, du Centre national de référence des virus respiratoires de l'Institut Pasteur à Paris. En tout état de cause, plus que jamais, la nécessité d’une surveillance génomique dynamique semble se confirmer.

L.C.

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