Omicron : d’où viens-tu ? Où vas-tu ?

Paris, le vendredi 7 janvier 2022 – L’origine et les évolutions possibles d’Omicron restent largement discutées par la communauté scientifique. Revue des hypothèses.

Omicron : 3 hypothèses pour un variant

Contrairement à ce que l’on aurait pu croire de prime abord, Omicron ne serait pas une mutation des variants Alpha ou Delta. Le lignage d’Omicron semble « avoir évolué en parallèle et dans l'obscurité. Omicron est si différent des millions de génomes du SRAS-CoV-2 qui ont été partagés publiquement qu'il est difficile d'identifier son plus proche parent » rapporte ainsi, dans un article publié en ligne sur le site de la revue Science (1), Emma Hodcroft, virologue à l'Université de Berne. Selon elle, le virus a probablement divergé très tôt des autres souches, dès la mi-2020.



Omicron : un lointain cousin

Un arbre évolutif montrant le nombre de mutations de la sous-unité S1 de la protéine spike du SARS-CoV-2 illustre la distance qui sépare Omicron des autres variants. Chaque point représente un virus séquencé.

Partant de ce constat, les virologues s’interrogent : où les ancêtres d'Omicron se sont-ils « cachés » pendant plus d'un an ? Pour répondre à cette question, trois hypothèses tiennent la corde : le variant pourrait avoir circulé et évolué dans une population peu surveillée et séquencée, il a pu se développer chez un patient atteint d'une infection chronique par une autre souche du SARS-CoV-2, ou enfin, il a pu évoluer dans une espèce non humaine, d'où il se serait récemment échappé pour contaminer l'homme.

Christian Drosten, virologue à l'hôpital universitaire de la Charité de Berlin, privilégie la première possibilité. « Je suppose que le virus a évolué non pas en Afrique du Sud, où de nombreux séquençages sont en cours, mais ailleurs en Afrique australe pendant la vague hivernale (…) Il y avait beaucoup d'infections en cours pendant une longue période et pour que ce type de virus évolue, il faut vraiment une énorme pression évolutive ».

Mais d’autres, comme Andrew Rambaut, de l'Université d'Édimbourg ne voit pas comment le virus aurait pu infecter un groupe circonscrit pendant si longtemps. « Je ne suis pas sûr qu'il y ait vraiment un endroit dans le monde qui soit suffisamment isolé pour que ce type de virus puisse se transmettre pendant une telle durée sans qu'il n'émerge à divers endroits », dit-il. Rambaut et d'autres chercheurs pensent ainsi que le virus s'est développé chez un patient atteint d'une infection chronique par le SARS-CoV-2, probablement un sujet immunodéprimé.

C’est là qu’intervient le Dr Richard Lessells, infectiologue à l'université de KwaZulu-Natal. Lui et son équipe ont ainsi rapporté l’un des premiers cas d’infection par l’Omicron : une jeune femme sud-africaine VIH + en échappement thérapeutique qui a été porteuse du virus SARS-CoV-2 pendant plus de six mois. 

Mais selon Christian Drosten, cité plus haut, l'expérience acquise avec les infections chroniques par la grippe et d'autres virus chez les patients immunodéprimés plaide contre cette hypothèse. Des variants qui échappent au système immunitaire se développent chez ces personnes, mais elles s'accompagnent d'une foule de mutations qui les rendent moins aptes à se transmettre d'une personne à l'autre.

Troisième et dernière hypothèse, le virus pourrait s'être « dissimulé » chez des rongeurs ou d'autres animaux, plutôt que chez l'homme avant de franchir la barrière des espèces.

Omicron : une faible virulence à double tranchant ?  

Ces dernières semaines, les données disponibles ont mis en évidence une moins grande virulence et une très forte contagiosité du variant Omicron par rapport au Delta.

Une étude des services de santé publique écossais a ainsi démontré que le risque d’hospitalisation avec Omicron était réduit des deux tiers par rapport à delta.

Si beaucoup interprètent cette forte contagiosité et cette (relativement) faible virulence comme un « coup de chance » du destin qui pourrait faire de la pandémie un mauvais souvenir, à contre-courant pour l’OMS (Organisation mondiale de la santé), il n’en serait rien.

Ainsi, pour l’institution internationale, la fulgurante propagation d’Omicron pourrait avoir comme conséquence l'émergence de nouvelles souches, cette fois plus dangereuses.

« Plus Omicron se répand, plus il se transmet et plus il se réplique, plus il est susceptible de générer un nouveau variant », a ainsi déclaré mardi Catherine Smallwood, responsable des situations d'urgence à l'organisation mondiale.

A suivre…

F.H.

Référence
1. K. Kupferschmidt. Where did ‘weird’ Omicron come from ? Science, article publié en ligne le 1er décembre 2022

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