Variants : faute d’un séquençage dynamique, la France réduite aux modélisations

Paris, le jeudi 21 janvier 2021 – Petite devinette. A quelle date ont été écrites ces lignes consacrées au séquençage de SARS-CoV-2 : « L’objectif à moyen terme est celui d’un maillage régional ou interrégional avec à titre exemple 6 ou 8 plateformes coordonnées en réseau. Il est important de mobiliser autant que possible les expertises dans les grands CHU comportant des CNR, et de s’appuyer sur les organisations régionales ou interrégionales déjà existantes. Pour répondre à cette ambition et également au besoin à court terme, une trajectoire de renforcement des plateformes existantes leur permettant de remplir les nouveaux objectifs de surveillance et la mise en place progressive de nouvelles plateformes et des compétences associées doivent être définies ». C’est dans son avis du 12 janvier 2021 que le Conseil scientifique, près d’un an après sa constitution, préconise une telle structuration pour répondre à l’objectif de surveillance des variants de SARS-CoV-2. Il aura donc fallu attendre les alertes sur la circulation de différents variants pour que l’instance formule de telle préconisation, quand dans de nombreux autres pays, la stratégie de séquençage a été établie dès le printemps 2020.

Revoir la cible des prélèvements séquencés

Cette absence d’anticipation qui a fait de la France l’un des plus petits contributeurs aux bases génomiques internationales dédiées à SARS-CoV-2 explique que c’est dans une certaine confusion que la France a élaboré début janvier une enquête de surveillance. « Nous n'avons pour l'instant que le pouvoir d'écoper en urgence, car un vrai programme de surveillance n'a pas pu être mis en place à cause de l'urgence de la crise sanitaire » a ainsi confié au Figaro Agnès Delaunay-Moisan, microbiologiste au Centre de biologie intégrative et de génétique moléculaire du CEA. Cette situation amoindrit nécessairement la significativité des résultats (non encore finalisés, puisque les données après séquençage n’ont pas été rendues publiques). En effet, d’une part l’étude a été conduite grâce à 46 laboratoires (dont une trentaine de CHU) et d’autre part les prélèvements qui ont été séquencés ont été présélectionnés en fonction de leur sensibilité au test PCR Thermo-Fisher. Pour les spécialistes, il serait nécessaire pour une meilleure représentation de la circulation du virus et de ses variants d’une part d’élargir le nombre de laboratoires participants et d’autre part de ne pas se limiter aux échantillons passés au crible de la PCR-ThermoFisher. En effet, le test ThermoFisher pourrait afficher un résultat discordant. « Dans un groupe de scientifiques, nous réfléchissons aux méthodes pour avoir une vision plus précise de la distribution du variant anglais dans notre pays, et il nous semble essentiel de procéder de manière aléatoire » remarque d’une manière générale Agnès Delaunay-Moisan.

Des préconisations vraiment suivies d’effet ?

Parallèlement à ces préconisations scientifiquement étayées, l’impression de flou persiste concernant l’organisation de la surveillance des variants. D’abord sur les prélèvements à cibler, un message de la Direction générale de la Santé (DGS) le 15 janvier a exhorté les praticiens procédant aux dépistages : « de questionner systématiquement toute personne venant se faire tester sur un potentiel séjour à l’étranger dans les 14 jours précédant la date des symptômes ou du prélèvement ou sur un potentiel contact à risque avec une personne ayant séjourné à l’étranger dans les 14 derniers jours. En cas de réponse positive, cette mention fera l’objet d’un renseignement obligatoire de SIDEP (champ « pays de provenance »), et les personnes concernées devront être orientées vers la réalisation d’un test RT-PCR. Les prélèvements RT-PCR positifs pour ces personnes devront être transmis dans les meilleurs délais au CNR des infections respiratoires ou aux centres habilités par le CNR pour séquençage » indique la DGS. Une telle préconisation suscite cependant quelques questions. En premier lieu, est-il si opportun de cibler prioritairement les personnes de retour d’un voyage à l’étranger, ce qui présuppose  que les variants ne circulent pas de façon déjà active sur notre territoire ? En outre, une procédure de transmission des prélèvements « suspects » pour séquençage est-elle déjà en place et rodée ?

Quelles ressources ?

On observe encore une certaine confusion concernant les ressources de séquençage disponibles. Nous évoquions la semaine dernière une vingtaine de plateformes nationales et régionales recensées par France Génomique. Il faut cependant y ajouter également les séquenceurs présents dans de nombreux CHU, même si tous certainement ne sont pas paramétrés pour réaliser ce type de recherches. Cependant, ce n’est qu’au fur et à mesure que toutes les forces apparaissent comptabilisées. Ainsi, cette semaine, le directeur de l’ARS Pays de la Loire a annoncé par exemple : « Les CHU d’Angers et de Nantes se préparent à leur tour à se lancer dans le séquençage du Sras-Cov-2 », tandis que la directrice adjointe du CHU de Nantes a confirmé dans la presse régionale : « Nous avons la machine, qui est en cours de paramétrage et le personnel compétent ».
La mobilisation progressive de toutes les ressources est essentielle pour accélérer la cadence de dépistage ; même si les objectifs affichés sont loin de rivaliser avec l’activité britannique où 10 % des prélèvements positifs sont séquencés, soit actuellement plus de 30 000 par semaine. Le gouvernement projette en effet de réaliser 6 000 séquençages par semaine en avril (ce qui sera peut-être un peu tard par rapport aux prévisions de diffusion du variant dit britannique) contre 1 500 aujourd’hui (moins de 1 % des infections repérées). Face à une telle confusion et à buts aussi frileux, beaucoup déplorent l’absence de pilotage et de moyens. « Pour les financements, on nous a dit qu'il y aurait 10 millions d'euros qui seraient pour le séquençage. On l'espère, parce qu'il ne s'agit pas de faire un travail pour un mois ou deux » s’agace ainsi sur France info, le généticien Philippe Froguel sur Franceinfo,

Bientôt des tests RT-PCR multiplex pour détecter les variants… français ?

Le retard de la France en matière de séquençage impose à notre pays de s’en tenir pour l’heure aux modélisations telle celle présentée cette semaine par l’INSERM qui évoque une possible circulation majoritaire du variant SARS-CoV-2 VOC 202012/01 en mars. Même ces simulations restent fragiles, puisque pour l’heure nous ne disposons que des résultats préliminaires de l’enquête express (c’est-à-dire ceux après utilisation du test ThermoFisher et non après séquençage). Des nouvelles informations sont espérées rapidement pour pouvoir consolider ces estimations, ainsi que la réalisation rapide d’une nouvelle étude.

La France n’est pas seule

La France n’est cependant pas seule à faire face à ce nouveau défi. L’Organisation mondiale de la Santé a la semaine dernière exhorté les pays à accroître leur surveillance génomique du virus. Elle a en outre insisté sur l’importance de développer des tests RT-PCR multiplex, capables de détecter simultanément plusieurs cibles sur le génome viral (afin de pouvoir repérer différents variants). Sur ce point, le médecin et journaliste Marc Gozlan indique sur son blog hébergé par le Monde que deux équipes américaines ont commencé à s’atteler à cette tâche. Le Conseil scientifique affirme pour sa part dans son avis la semaine dernière que « Les CNR et les industriels développent des outils multiplex qui pourront être utilisés dès la semaine 3 de 2021 ».

La semaine 3, c’est maintenant. A suivre

Aurélie Haroche

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Vos réactions (8)

  • Défauts systémiques

    Le 21 janvier 2021

    Ce qui est sûr, c’est qu’en ne détectant pas ou peu les nouvelles mutations, on risque peu de trouver, un jour, un ou des mutants « français »… (le site de découverte n’étant pas synonyme de lieu de mutation).
    Ces manques et ces retards ne sont que le reflet de la pauvreté organisationnelle générale de notre système de soins, qui reste plus un système de facturations-remboursement d’actes de soins, qu’un système de suivi et de maintien en bonne santé d’une population.
    Et comme très généralement, nos manquements n’ont rien à voir avec les accusations d’un excès de centralisation, au contraire.

    Dr Pierre Blanié

  • Incompréhensible omission

    Le 22 janvier 2021

    Je suis vraiment désolé d'y revenir encore et encore, mais comment arrivez-vous à écrire tout un article sur le séquençage en France, SANS JAMAIS au grand jamais citer une fois le nom INTERDIT! Question QUIZZ, qui a été le premier et probablement le seul à séquencer dès le début de l'épidémie en France ? Réponse le Pr RAOULT. Qu'on l'aime ou qu'on ne l'aime pas, qu'on soit pour ou contre (pour vous dire la hauteur du débat), C'EST UN FAIT, il séquençait, séquençait... en disant il y a des variants et on lui riait au nez lors du débat parlementaire. Ah le grand charlatan, effectivement c'est difficile d'avoir raison avant les autres.
    Mais vraiment et honnêtement, une question me taraude au plus profond, lorsque vous ne citez pas son nom, est ce un simple oubli, (oupps!), Est-ce par incompétence (je ne pense pas), de l'autocensure (peut-être), ou y-a-t il un mot d'ordre, interdiction de citer RAOULT (complot)?

    Ce qui me pose vraiment problème ici, ce n'est pas d'être pour ou contre Raoult, c'est lorsque les faits ne correspondent plus à la réalité décrite ou écrite. Un peu comme cette novlangue qui parle de "plan de sauvegarde de l'emploi", pour dire plan social de licenciement, ou encore qu'on va virer de l'humain pour faire plus de dividende... Donc appelons un chat, un chat!

    Dr Vincent Bentolila

  • Perplexe (au Dr Bentolila)

    Le 22 janvier 2021

    J'ai vous déjà exprimé mon soutien dans vos propos, je le renouvelle.
    Je trouve moi aussi inquiétant ce silence systématique, ce n'est en tous cas certainement pas en agissant de la sorte qu'on peut espérer une décroissance des tendances complotistes.

    J'apprécie les publications sur ce site de notre consœur A. Haroche, mais là elle me laisse perplexe.

    Dr Bernard Deuxville

    Dr B. Deuxville

  • Le cas RAOULT (au Drs Bentilika et Deuxville)

    Le 23 janvier 2021

    Le cas Raoult a été traité en ne considérant QUE sa position par rapport à la ligne médico administrative officielle, censée etre le seul juste et le seul bien, et beaucoup moins en fonction de la matérialité de ce qu'il avançait. Classé rebelle, et donc complotiste, il ne devait être que combattu.
    Alors même qu'il évoquait ses séquençages, et les corrélations cliniques qu'il jugeait pouvoir faire, le bloc mainstream tout uni l'a vilipendé en fonction de sa supposée sécession, et absolument pas pour des motifs scientifiques, tout simplement parce que ce bloc se souciait comme d'une guigne de séquencer et de corréler.

    C'est un grave défaut, qu'il faut absolument corriger, faute de quoi de tels errements se reproduiront, c'est à dire qu'on se privera des apports éventuels de tel ou telle au seul motif de sa supposée inorthodoxie au canon médico administratif officiel.

    Le Pr RAOULT est certes clivant mais, dans l'intérêt general, il faut savoir reconnaître où et quand il dit vrai, malgré, ajouterai-je, ses travers de personnalité, parce que, contrairement à beaucoup, il s'autorise d'avoir une vue d'ensemble, refusant de se cantonner à une case ou une niche, et il se permet d'agir conformément à cette vue, qualités trop rares quand domine le conformisme à une doxa.

    Ne nous privons pas de tels apports, en conservant un regard critique, en jugeant sur les faits et non les croyances, en gardant les yeux grands ouverts, et en se gardant d'être happé par ses sentiments ou ressentiments.

    Dr Gilles Bouquerel

  • Le cas Raoult

    Le 24 janvier 2021

    Tout à fait d'accord avec mes confrères Pierre Blanié et autres (de très nombreux médecins et spécialistes sont de cet avis !).
    INCOMPREHENSIBLE et particulièrement navrant de voir cet important virologue et médecin totalement occulté par le "mainstream".
    Il est indispensable de le suivre directement sur le site de l'IHU Marseille pour mieux comprendre l'évolution de cette épidémie; tout a été anticipé par cette équipe marseillaise.

    Dr Roland Plumeau

  • Réponse au Dr R Plumeau

    Le 25 janvier 2021

    Le Dr Plumeau semble abonné au site de l'IHU pour sa documentation "covidologique", même si affirmer que "tout a été anticipé par cette équipe marseillaise" témoigne de son absentéisme ou amnésie des prédications magistrales et travaux confidentiels du Barnum 2020.

    Affirmer qu'un virus ARN monobrin "mute" deux fois par semaine ne relève pas de la panthéonisation : Suivre et entendre ceux qui ont su reconnaitre (dés juillet puis Nov 2020) LA OU le problème allait se poser était plus prospectif. Cell et Nature, désolé :

    Korber B, Fischer WM, Gnanakaran S et coll . Tracking Changes in SARS-CoV-2 Spike: Evidence that D614G Increases Infectivity of the COVID-19 Virus. Cell. 2020 JUL3 Aug 20;182(4):812-827.e19. doi: 10.1016/j.cell.2020.06.043.

    Zhang, L., Jackson, C.B., Mou, H. et coll . SARS-CoV-2 spike-protein D614G mutation increases virion spike density and infectivity. Nat Commun 2020 NOV 26 ,11, 6013 doi.org/10.1038/s41467-020-19808-4

    Le site de l'IHU est en Français, certes, de nombreux blogs le sont aussi : Evoquer le "mainstream" suggère l'adoption d'un champs sémantique actualisé par la pandémie (Doxa, BigX, Anti) mais aussi une aptitude à consulter d'autres sources plus ouvertes à la critique argumentée : Pendant Covid comme avant et j'espère après.

    Soignants et Soignés adoptent alors les mêmes sources d'informations, une forme de démocratie participative bien dans l'air du temps.

    Fidèle parmi les Fidéles, le Dr Plumeau nous faisait déja part de la haute opinion qu'il avait du Pr Raoult " virologue"(?) et ... des journalistes : Déja lu , vu , entendu tant de fois ailleurs :
    25 juin 2020 "Le monde à l'envers"
    "Encore une journaliste qui juge avec beaucoup de certitude et d'aplomb (!)un médecin, fut il Professeur... C'est le monde à l'envers. Dr Roland Plumeau" (JIM 25/06/2020)

    Il nous invitait alors dans un monde "à l’endroit", assez élitiste paradoxalement, que je ne partage pas.

    Je ne doute pas une seconde que "de très nombreux médecins et spécialistes" partagent les goûts ou points de vue évoqués. Quantifier est impossible. INQUIETANT tout de même pour l' "Avant tout ça" comme l' "Aprés tout ça".

    Un point consensuel devrait rassurer (?) tout le monde : Au royaume des aveugles les borgnes sont Rois.
    Si les données recueillies par l'IHU, son expérience incontestée sont partagées, revues, mise à disposition de la communauté scientifique et médicale : Mission accomplie et travaillons en silence.
    Si ce n'est pas le cas : Renoncer aux plaisirs et désirs solitaires ?

    Dr JP Bonnet

  • Traitons nos patients (Réponse au Dr JP Bonnet)

    Le 30 janvier 2021

    J'ai lu avec beaucoup d'attention votre contribution parfaitement référencée. Mais tout ça pour quoi?, quel est votre message? si ce n'est de la syntaxe et du sémantisme. On n'en est plus là, l'heure est grave!
    Actuellement en France quand on parle de traitement précoce, on est soit un dangereux complotiste, soit un charlatan. Expliquez moi pourquoi aucune étude de traitement précoce digne de ce nom n'a été menée en France, alors que l'Angleterre lance officiellement une étude sur l'Ivermectine qui semble prometteuse, vous qui lisez la presse internationale, vous n'avez pas pu laisser passer ça?
    Enfin, votre "travaillons en silence" me laisse pantois... J'ai du mal comprendre, je reformule (selon la technique de Carl Rogers), êtes-vous en train de dire que quand quelqu'un peut sauver des vies, il faut qu'il se taise ? Encore une fois, vous qui lisez la presse internationale, regardez les taux de mortalité au Sénégal, en Corée, en Inde, au Vietnam... ils traitent tous et ils ont tous des taux beaucoup plus bas que les autres. Donc NON, je ne suis pas d'accord avec vous, il faut le crier haut et fort TRAITONS NOS PATIENTS, malgré les ordres du conseil de l'ordre et autres...

    Dr Vincent Bentolila

  • Sans sémantisme (au Dr V Bentolila)

    Le 11 février 2021

    « Traitons nos patients » est fort consensuel . Les questions qui le sont beaucoup moins :
    • Qui ?
    • Comment ?
    • Utile ?
    • A quel Coût dans TOUS les sens du terme ?
    • Sur quelles Bases : La preuve si chronophage, l’analogie ou l’intuition qui nous ont si souvent égarés, le vent si reposant ?

    1- « Pourquoi aucune étude de traitement précoce digne de ce nom n'a été menée en France » : Ce n’est pas à moi qu’il faut poser la question mais à l’IHU entre autre, sur le versant «digne de ce nom» notamment. Pour mémoire c’est une randomisation bien menée sur peu de patients qui nous a fait renoncer à l’HCQ dans … la mononucléose infectieuse, avant même l’identification de l’EBV.

    2- L’ivermectine : Quelle raison de l’évoquer pour ma part dans le commentaire d’une publication du Jim relative à notre effroyable retard choisi pour le séquençage et l’épidémiologie génomique ?
    Au 21/12/2020 : 45 essais ivermectine enregistrés sur clinical-trials.gov, 74 sur la plateforme OMS.
    Sa place dans le traitement précoce a été analysée dans le Jim (22/01/2021) : les commentaires ne sont pas forcément aussi éclairants que l’analyse du Dr P Stratford de cette PREMIERE RANDOMISATION déclarée – revue – publiée : Bien loin des références vétérinaires, colportages, blogs et YT:

    Chaccour C, Casellas A, Blanco-Di Matteo A et coll. : The effect of early treatment with ivermectin on viral load, symptoms and humoral response in patients with NON-SEVERE COVID-19: A pilot, double-blind, placebo-controlled, RANDOMIZED clinical trial. Lancet EClinicalMedicine 2021January19 doi.org/10.1016/j.eclinm.2020.100720

    • Les désillusions entre propriétés in vitro encourageantes versus effets in vivo décevants chez l’homme ne sont pas des scoops : HCQ, Azithro hors puis en climat COVID.
    • Un bénéfice modeste de l’ivermectine sur la base d’EFFECTIFS qui le sont tout autant (12/12).
    • Les patients sont jeunes, les co-morbidités exclues : Fort propices à la randomisation.
    • Malgré le faible effectif, j’en avais retenu l’impact positif sur l’anosmie-agueusie et à un moindre degrés la «charge virale PCR» dont la transformation en moindre contagiosité reste à faire.
    • Je n’étais permis d’indiquer la neuro-toxicité potentielle, peu prévisible, génétiquement fixée connue chez le colley comme chez l’homme :

    Baudou E, Lespine A, Durrieu G et coll. Serious Ivermectin Toxicity and Human ABCB1 Nonsense Mutations. N Engl J Med. 2020 Aug 20;383(8):787-789. doi: 10.1056/NEJMc1917344

    • La question de la DOSE efficace (très très supérieure ?) et de la tolérance attenante.

    Concernant l'Angleterre qui « lance officiellement une étude sur l'Ivermectine qui semble prometteuse » :
    La remarquable plateforme RECOVERY (V13.0 !) ne rentre pas dans le champs qui nous intéresse, celui du traitement précoce : Elle rappelle par contre le savoir faire et l’agilité de nos collègues anglais. Enviable mais à l’évidence non partagée : A suivre attentivement donc.

    J’en reste aux conclusions du National Institutes of Health US au 14/1/2021 qui indique :

    « Currently there are insufficient data to recommend either FOR OR AGAINST the use of ivermectin for the treatment of COVID-19. Results from adequately powered, well-designed, and well-conducted clinical trials are needed to provide more specific, evidence-based guidance on the role of ivermectin for the treatment of COVID-19. »
    The COVID-19 Treatment Guidelines Panel’s Statement on the Use of Ivermectin for the Treatment of COVID-19
    https://files.covid19treatmentguidelines.nih.gov/guidelines/section/section_106.pdf

    Ces stratégies de REPOSITIONNEMENT THERAPEUTIQUES méritent toutes notre attention après une année de cristallisation nationale chronophage et si décevante in finé sur l’HCQ : Ivermectine mais aussi Colchicine, Aspirine, Baricitinib, Anakinra … sous réserve du verdict de la randomisation

    3- Retour sur séquençage et l’épidémiologie génomique made in France :
    Une connaissance me demande la semaine dernière ce que je pense du « Variant marseillais » (que je ne connais pas) sur la base d’une lecture dans … Femme Actuelle qui nous renvoie à … l’IHU

    « Emergence and outcome of the SARS-CoV-2 “Marseille-4” » variant : Disponible sur le site de l’IHU : Pré-print 21/1/2021

    Je n’ai aucune « pratique » de Carl Rogers, je reformule "travaillons en silence" :
    Si les données recueillies par l'IHU, son expérience incontestée sont partagées, revues, mise à disposition de la communauté scientifique et médicale : Mission accomplie et travaillons loin du bruit médiatique et de l’auto-promotion personnelle revancharde et/ou littéraire et/ou politique.
    Ceci s’applique à l’IHU, et à la longue liste d’autres intervenants expertologues.

    Dr JP Bonnet

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