Un probiotique libéré de sa toxine carcinogène

Paris, le vendredi 27 décembre 2019 - Le probiotique Escherichia coli « Nissle 1917 » est utilisé depuis plus d’un siècle en Europe pour traiter certains troubles gastro-intestinaux. Bien que non distribué dans les pharmacies françaises, les patients l’achètent sur Internet. Mais la bactérie produit une génotoxine, la colibactine, qui pourrait induire le cancer colorectal. Des chercheurs de l’Inra, de l’Inserm, de l’Université de Toulouse III – Paul Sabatier et de l’ENVT viennent de créer une nouvelle souche dépourvue de cette fonction toxique. Éric Oswald de l’Institut de Recherche en Santé Digestive, revient pour nous sur leurs travaux publiés dans la revue PLoS Pathogens.

JIM.fr : Vous avez découvert que le probiotique « Nissle 1917 » produit une toxine qui pourrait induire le cancer colorectal. Comment en êtes-vous arrivés à cette hypothèse ?

Éric Oswald : En 2006, nous avions étudié les facteurs de virulence de souches de E.coli isolées d’infections extra intestinales : sepsis, infections urinaires, méningites... Nous avions mis en évidence un groupe de gènes permettant la synthèse d’une toxine qui induisait la mort des lymphocytes. Nous nous sommes rendu compte que cet îlot génomique était aussi présent dans une souche probiotique E. coli utilisée depuis 1917. Le problème c’est que cette toxine, la colibactine, induit des cassures doubles brins chez la cellule eucaryote. Dans différents modèles murins, nous avons mis en évidence que le portage, même asymptomatique, avec des bactéries qui produisent cette génotoxine est associé à une instabilité génomique et au développement de tumeurs. Et chez l’homme, on retrouve ces bactéries qui contiennent l’îlot génomique sur des biopsies de patients atteints de cancer colorectal. Même si le microbiote est un contexte complexe comportant plusieurs espèces de bactéries, nous pouvons toutefois faire le lien entre génotoxicité, colibactine et cancer. Cette toxine pourrait a minima participer ou être un facteur favorisant du cancer du côlon.

JIM.fr : Vous avez réussi à créer une nouvelle souche incapable de produire la toxine tout en conservant ses propriétés probiotiques. Expliquez-nous.

Éric Oswald : La souche « Nissle 1917 » avait été isolée en Allemagne pendant la Première Guerre mondiale. Un médecin avait ainsi traité des soldats souffrant de dysenterie en utilisant la bactérie du seul soldat qui n’était pas malade. Ce probiotique empirique a une efficacité réelle contre les salmonelles, les dysenteries et, dans le cadre des maladies intestinales inflammatoires chroniques, il permet également d’augmenter le temps des phases de rémission. Aujourd’hui, il est largement distribué dans les pharmacies en Allemagne et dans d’autres pays d’Europe.

En France, il est accessible sur Internet et livré à domicile, mais ce type de pratique non encadrée comporte un risque.

Ainsi, dans nos travaux, nous avons voulu éliminer sa capacité de produire la génotoxine tout en gardant son activité probiotique. Nous avons identifié les mécanismes de synthèse de la colibactine et ceux mis en jeu pour avoir l’effet probiotique. Nous avons pu retirer les effets secondaires de ce probiotique et valider la souche dans différents modèles animaux. À terme, elle pourrait être disponible afin de l’utiliser cette fois-ci de façon plus sûre.

JIM.fr : Les probiotiques appartiennent à la catégorie des compléments alimentaires et ne bénéficient pas d’une AMM. Pensez-vous que les données scientifiques manquent ?

Éric Oswald : La réponse est évidente : c’est oui. La démonstration scientifique ne suit pas. Les probiotiques ont un avenir dans certaines pathologies, mais pour l’instant le seul probiotique à base de microorganismes vivants qui a une AMM c’est l’Ultra Levure (Saccharomyces boulardii) avec une application bien ciblée liée à l’antibiothérapie. Un travail fondamental doit être fait pour comprendre le mode d’action de chaque probiotique dans le cadre de pathologies spécifiques et évaluer ses effets secondaires. Il faut une vraie démonstration de leur efficacité et une approche « effets probiotiques » comme pour les médicaments avec une estimation du service médical rendu. On risque de devoir avoir une approche de médecine personnalisée en prenant en compte le microbiote spécifique de chaque patient.

JIM.fr : Quelles sont les prochaines étapes de vos travaux ?

Éric Oswald : Nous avons un projet de recherche pour utiliser ce probiotique très en amont dans la lutte contre le portage de bactéries multi résistantes. L’objectif est de déloger ces bactéries du microbiote intestinal en utilisant la forme détoxifiée de Nissle 1917.

Propos recueillis par Alexandra Verbecq

Références
Massip C et coll. : Deciphering the interplay between the genotoxic and probiotic activities of Escherichia coli Nissle 1917. PLOS Pathogens 15(9), September 23, 2019. https://doi.org/10.1371/journal.ppat.1008029

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