Covid-19 : spéculations sur la contagiosité

La durée et le niveau de contagiosité du SARS-CoV-2 sont encore incertains. Une équipe coréenne apporte toutefois quelques précieuses informations, dans une lettre à l’éditeur publiée dans le New England Journal of Medicine. Il s’agit d’une étude sur 21 patients hospitalisés pour une forme bénigne à modérée de Covid-19. Des cultures du SARS-CoV-2 ont été réalisées sur des prélèvements respiratoires effectués à intervalles de 1 à 5 jours (médiane 2 jours). L’objectif était de préciser la durée d’excrétion du virus vivant.

Le temps entre la survenue de la maladie et la clairance virale en culture était comparé avec celui de clairance des tests RT-PCR en temps réel.

Temps médian de clairance virale dans les cultures : 7 jours

Au total 89 prélèvements ont été mis en culture pour le SARS-CoV-2, et une multiplication virale est constatée dans 29 d’entre eux (33 %). Le temps médian entre l’apparition des symptômes de la Covid-19 et la clairance virale en culture est de 7 jours (intervalle de confiance à 95 % 5 à 10 jours). Le temps le plus long entre les symptômes et l’apparition du virus vivant dans les prélèvements est de 3 jours, chez l’un des patients. La clairance la plus tardive en culture a lieu à 12 jours.

Mais temps de clairance sur la PCR : 34 jours…

En revanche, le temps médian entre la survenue des symptômes et la clairance virale sur les tests PCR est de 34 jours (minimum 24 jours).

Les cultures ne sont positives que pour les échantillons positifs en PCR après 28,4 cycles d’amplification ou moins. L’incidence de la positivité en culture diminue avec l’augmentation du temps passé depuis l’apparition des symptômes et avec le nombre de cycles d’amplification.

Ces données semblent intéressantes pour évaluer la contagiosité et estimer le risque de transmission secondaire aux sujets contacts. Toutefois, le nombre restreint de patients inclus, les intervalles irréguliers entre les prélèvements et les formes relativement bénignes dont souffraient ces participants justifient de vérifier des résultats sur des cohortes plus vastes avec des formes plus variées de la maladie.

Dr Roseline Péluchon

Références
Min-Chul Kim : Duration of Culturable SARS-CoV-2 in Hospitalized Patients with Covid-19. N Engl J Med., 2021; 384: 671-673
DOI: 10.1056/NEJMc2027040

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Vos réactions (3)

  • Nombre de cycle d'amplification en PCR

    Le 27 février 2021

    Les coréens découvrent qu'il existe un lien entre la contagiosité et le nombre de cycle d'amplification en PCR. Peut-être vous a-t-il échappé que les équipes de l'IHU de Marseille disait la même chose depuis le printemps 2020. On peut penser que rendre obligatoire de donner ce nombre de cycles d'amplification nécessaire pour obtenir la positivité en PCR aurait pu permettre de mieux discerner ce qui est un vrai risque de contagiosité de ce qui ne l'est pas.
    L'écoute des arguments de tous et le discernement sont les vrais démarches scientifiques.

    Dr Georges Perche

  • Combien de cycles ? (au Dr Perche)

    Le 27 février 2021

    Vous dites:"On peut penser que rendre obligatoire de donner ce nombre de cycles d'amplification nécessaire pour obtenir la positivité en PCR aurait pu permettre de mieux discerner ce qui est un vrai risque de contagiosité de ce qui ne l'est pas."
    Si vous aviez bien lu cet article vous auriez compris que cette étude sud-coréenne ne permet pas de déterminer le nombre de cycles de PCR adéquat pour montrer que le patient est contagieux et pourtant c'est une vraie étude. Quand l'IHU de Marseille disait certes la même chose, sur aucune base scientifique, (et ils n'étaient pas les seuls). Le problème est que le nombre de cycles adéquat n'était pas du tout déterminé. Pourquoi l'IHU n'a pas conçut et réalisé la même étude?
    Il me semble que la vrai démarche scientifique c'est de démontrer les hypothèses que l'on formule. Après on est dans le domaine de la croyance et non de la science.

    Jean-Pierre Guichard (pharmacien)

  • Nombre de cycles de PCR

    Le 27 février 2021

    Non, les coréens ne "découvrent" pas, ils apportent des arguments expérimentaux pour conforter ce que l'IHU ne faisait qu'hypothéser.

    Oui, rendre le nombre de cycle de PCR pour un résultat positif serait sans doute très intéressant. Encore fallait-il des données pour fixer des seuils. Ce que les coréens font.

    Dr Philippe Hélias

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