Epidémiologie du COVID-19 : un vrai casse-tête !

Pékin, le jeudi 13 février 2020 – Après avoir semblé marquer le pas ces derniers jours une révision des critères diagnostics de COVID-19, décidée par les autorités sanitaires chinoises a entraîné une explosion (apparente) du nombre de cas*.

Une nouvelle définition des cas qui fait bondir leur nombre

Jusqu'à présent le diagnostic des cas confirmés reposait sur la mise en évidence du virus par PCR sur des écouvillonages naso-pharyngés. Or, il apparaît que pour le SARS-CoV-2, si ce test est spécifique à 100 % sa sensibilité demeure inconnue et pourrait être faible « de 10 à 50 % » selon un expert gouvernemental chinois dont les propos sont rapportés dans le Financial Times. Sensible ou pas, les hôpitaux chinois souffrent en outre d’une pénurie chronique de tests, et l’aide ne viendra semble-t-il pas de l’extérieur alors que les CDC américains annoncent qu’ils renoncent à distribuer leur kit à l’international après l’observation de la "défaillance" de l’un des réactifs utilisés.

La nouvelle définition des cas (en Chine) consiste à considérer comme cas confirmé un patient présentant une radio évocatrice d’une pneumopathie après un contact étroit avec un autre patient (sans PCR). Des critères moins stricts qu'auparavant qui ne prennent pas en compte les patients asymptomatiques ou pauci symptomatiques et les autres causes de pneumopathies.

Compte tenu de cette nouvelle définition les autorités sanitaires chinoises recensent 59 822 cas (+ 15 137 en 24 h) et 1367 décès (+ 251 en 24 h). Ce changement, localisé à la Chine, n’a pas encore eu de conséquence sur le nombre de cas dans le reste du monde qui s’établit à 527 (+ 8 en 24 heures) et 2 décès.

A l'aune de cette nouvelle définition, l’Impérial College de Londres estime, lui, que le nombre de cas pourrait être 10 fois plus élevé…

Notons que les dirigeants chinois ont subsidiairement conclu de cette nouvelle définition « que les autorités de la province du Hubei sont totalement incapables de faire face à la situation, Ying Yong, jusqu’ici maire de Shanghaï et considéré comme un proche du président Xi Jinping, a été nommé secrétaire du Parti dans le Hubei » rapporte le correspondant du journal Le Monde

Une Chine où plusieurs lanceurs d’alerte sur l’ampleur réel de l’épidémie aurait été « mis en quarantaine » selon le gouvernement et en réalité emprisonné selon les opposants. 

Le malheur des touristes fait le bonheur des épidémiologistes

Mais l’épidémiologie réelle du SARS-COV 2 et du COVID-19 pourrait être connue de manière plus fine dans les prochains jours grâce aux mésaventures des touristes qui sont montés à bord du Diamond Princess qui est toujours en quarantaine au large de Tokyo. On compte, 10 jours après l’identification d’un premier cas, au moins 218 cas (confirmés par PCR…) sur 3 711 personnes. L’histoire extraordinaire de ce bateau pourrait en effet permettre de calculer, presque de manière expérimentale, la contagiosité, le taux d’attaque et la létalité (dans les conditions optimums de la médecine japonaise) de la maladie et du virus.

Finissons sur une note positive et les propos rassurants de l’Académie de médecine Française, que chacun appréciera selon son point de vue. Les sages de la rue Bonaparte ont ainsi tenu à « souligner l’importance qu’il y a à relativiser ce type d’épidémie. Si les chiffres fournis quotidiennement par les médias peuvent inquiéter, ils ne font qu’exprimer l’évolution d’une épidémie dans une population aussi importante et dense que celle de la Chine ».

Des propos résonnant avec l’actualité nationale alors que 2 des 11 patients hospitalisés dans l’hexagone, ont pu regagner leur domicile, considérés comme guéris et que la quarantaine va être levée pour les 181 premiers français rapatriés de Chine (peut-être prématurément si l'on tient compte des dernières données sur le temps d'incubation...).  

*Notons en préambule que, contrairement à ce que le JIM avançait hier COVID-19 n’est pas le nom du virus responsable de l’épidémie actuelle, mais celui de la maladie qu'il entraine. Deux institutions internationales sont en effet à l’œuvre en la matière, l’Organisation mondiale de la santé qui a donné à la pathologie le nom de COVID-19 et le Comité international de taxonomie des virus qui a baptisé l’agent pathogène SARS-CoV-2. Le Monde ayant fait la même erreur, gageons que nos lecteurs nous pardonnerons.

F.H.

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Vos réactions (3)

  • Cent plus 7000 égalent 7000?

    Le 13 février 2020

    La pollution et le tabac causent au total environ sept mille morts prématurées en Chine PAR JOUR. Piètre qualité de l'air, avec des indices souvent supérieurs à 100, de nombreuses particules fines en permanence,...  et plus de seize milliards de cigarettes fumées quotidiennement. Il faut donc tenir compte des pneumopathies chroniques en tant que comorbidités, pour faire le vrai bilan de l'épidémie, et ne pas prendre peur (presque) partout ailleurs (*). Il est probable que la centaine de décès attribués au COVID-12 chaque jour à Wuhan est en grande partie comprise dans ces 7 milliers de comorbidités pulmonaires "mangeuses d'espérance de vie" dues au syndrome « air-tabac » .
    (*) Ce matin à Chamonix, tout près du cluster secondaire des Contamines-Montjoie :  Qualité de l'air  102 =  Mauvais pour les personnes sensibles (et les sportifs) Lien  http://aqicn.org/city/france/rhonealpes/haute-savoie/chamonix-route-blanche/ à cause des PM10 (noter l'absence cruelle du taux des PM2,5). Les sujets britanniques concernés ont heureusement quitté la zone !

    Jean-Pierre Moreau (biologiste, épidémiologiste en retraite)

  • Diamond Princess

    Le 15 février 2020

    L’histoire du Bateau Diamond Princess n’est certainement pas un modèle épidémique parfait car les touristes et l’équipage sont dans des conditions de confinement entre eux qui n’a rien à voir avec la dispersion des humains en ville et à fortiori en campagne.
    Tout juste sera-ce (jeu de mot !) éclairant concernant la répartition symptomatiques /asymptomatiques.
    Mais pour la létalité là encore ce sera inopérant car si l’on veut bien donner à manger à ces pauvres gens personne n’envisage d’accueillir les malades (principe de la quarantaine stricte d’autrefois) et donc ils seront livrés à leur sort sans assistance respiratoire ni traitement innovant .

    Car si la létalité est plus faible sur les cas internationaux hors chine c’est en partie du aux traitements antiviraux et à la possibilité de réanimations de haut niveau qui doit manquer aux chinois de Wuhan s’ils manquent de masque alors ils doivent aussi manquer de poumons artificiels.
    C’est à mon avis le moins qu'on puisse faire pour eux que d’en fabriquer un certain nombre en Allemagne puisque c’est le cœur de notre fabrication européenne et de leur donner. Encore que le temps que ces machines sortent d’usine l’épidémie sera terminée mais le nombre de décès cumulé sera la dernière courbe à s’élever encore avec la courbe des déclarés guéris.
    Concernant la science : la seule létalité prouvable est celle des cas de décès sur le nombre de cas diagnostiqués.
    On apprend que le test est imparfait c’est forcément qu'il en existe un autre plus fiable qui permette de juger de la sensibilité ! Utilisons celui ci et fournisssons la technologie aux chinois.
    C’est la deuxième urgence.
    Mais cessons cet artifice épidémiologique de changer la définition du nombre de cas en cours de route ça se voit sur la courbe comme le nez au milieu de la figure. A part un pic idiot cela ne change heureusement rien au fait que la partie semble gagnée et que la courbe des cas incidents s’infléchit depuis plus de 10 jours.

    En revanche la courbe du nombre de décès s’aggrave évidemment puisque on meurt en moyenne au dixième jour et qu'il faut donc comparer cette courbe avec un décalage de 10 jours sur celle des cas incidents.
    Ce qui va nous donner une létalité scientifiquement prouvee de 10 % en fin d’épidémie tout comme le SRAS avec les mêmes conditions de calcul !
    Mais on pourra naturellement établir une autre létalité à posteriori en évaluant le nombre de cas séronégatifs mais radiopositifs, le nombre de cas de symptômes sans radio affirmatives ni test positif et enfin la population touchée totale en comprenant les cas asymptomatiques ce qui donnera des létalités décroissantes en les remontant aussi à la manière de serf long en attribuant le pic de sur décès de la période épidémique au coronavirus SARS 2 jusqu'à une létalité que l’on pourra enfin comparer à celle estimée pour la grippe (o,5%). Nous verrons peut être un log autour de ce résultat comme pour tous les virus qui nous préoccupent.
    Cependant on aura oublié dans nos copparaison de létalité le cœur du sujet qui explique tout aux dubitatifs de la pandémie de h1n1 : le nombre d’années de vie perdues et on pense en tout premier lieu à lire Wenliang qui doit être mieux connu que sous le simple vocable de confrère ophtalmologue chinois qui entre autres a donné l’alerte et au péril de la sienne a sans nul doute sauvé infiniment plus de vie sur la planète que bon nombre d’entre nous.

    Et à ce titre je le place candidat numéro un au prix Nobel de médecine.
    Il s’appelait Li Wenliang et c’est à lui que revient les honneurs plutôt qu’aux épidémiologistes encore capables de diviser un nombre de décès Incidents par le nombre de cas incidents. Oui ça fait apparemment 2,1 % et moins provisoirement que nous comptons sur les cas radiologiques aussi (30% de cas en plus) mais ça n’est absolument pas scientifique ni même logique. C’est plutôt triste que la presse le colporte.
    Si elle avait voulu faire sensation (la presse) elle aurait du rapporter le nombre de décès sur le nombre de guéris qui abouti à une distorsion inverse de la létalité puisque les guérisons sont affirmés après les décès avec un décalage de 5 jours avec le mérite quand même de s’améliorer au fil de l’épidémie !
    On en est à 20% on devrait finir entre 5 et 10 selon qu’on aura triché sur le nombre de cas ou que l’on aura trouvé l’antiviral miracle.

    Dr François Roche

  • Inconnue ignorée

    Le 15 février 2020

    Très bien Dr Roche!
    Il reste tout de même une grande inconnue, et d'autres moins grandes. Wuhan est non seulement le foyer primitif avec son marché traditionnel "au pangolin", mais aussi le seul lieu où l'on meurt autant du COVID-19 : VINGT CINQ décès pour mille cas, au lieu de CINQ partout ailleurs, autres provinces chinoises comprises!
    Prise en charge retardée et/ou insuffisante, immobilisme de la majorité des malades, automédication....? La construction rapide de deux hôpitaux et la quarantaine de la cité, ainsi que la communication urbi et orbi, ont certainement évité le pire.

    Cordonnier est souvent le plus mal chaussé. Je n'ai pas vu le nombre de décès parmi les 1700 personnels médicaux atteints, probablement en majorité wuhanais.
    En tout cas bravo aux médecins chinois de Wuhan qui non seulement ont donné l'alerte et rendu compte le mieux possible, mais qui en plus vont rapidement rassurer le reste de la planète, malgré ses craintes (fondées) en janvier.

    JP Moreau, modeste épidémiologiste en retraite

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