Variant « anglais » en France : jusqu’ici tout va bien ?

Paris, le mercredi 13 janvier 2021 – La surveillance de la circulation du variant VOC 202012/01 UK (dit variant anglais) suscite une vigilance soutenue des pouvoirs publics. La probable plus grande contagiosité de ce virus laisse en effet redouter que son installation en France puisse entraîner une dégradation brutale de la situation épidémique. Dans ce contexte,  une enquête spécifique a été mise en place la semaine dernière. Diligentée par le CNR (Laboratoire des Hospices Civils de Lyon) en association avec Santé publique France et l’ANRS Maladies Infectieuses Emergentes, « elle consiste en un screening par RT-PCR ThermoFisher® puis séquençage des virus isolés des prélèvements traités pendant 2 jours par les laboratoires d’un réseau de virologues hospitaliers coordonné par l’ANRS et plusieurs laboratoires privés » résume Santé publique France dans une mise au point récemment publiée.

Une circulation encore très modérée

Les résultats préliminaires de ces travaux ont été présentés hier au Sénat par le ministre de la Santé, Olivier Véran.  Rapportant un message transmis par le professeur Bruno Lina qui a coordonné l’étude, il a précisé : « Il me disait hier qu'il trouvait à peu près 1% de variant d'origine anglaise parmi les PCR positives en France ». Par ailleurs, ces données ne semblent pas mettre en évidence de concentrations particulières dans certains territoires.

Il s’agit d’informations plutôt satisfaisantes, suggérant une diffusion encore restreinte de ce variant tant redouté. Elle pourrait s’expliquer par l’efficacité des contrôles aux frontières (même si on le sait ils ne sont pas sans défaut ; des exemples récents l’ont montré), tandis que les différentes mesures qui sont aujourd’hui appliquées dans notre pays (fermeture d’un grand nombre d’établissements, port du masque généralisé) contribuent sans doute à freiner la circulation des virus quels qu’ils soient (ce dont témoigne d’ailleurs la quasi disparition des autres virus saisonniers).

Des séquençages plus systématiques nécessaires ?

Cependant, ces résultats ne peuvent être parfaitement rassurants. D’abord parce que l’on sait qu’un variant ayant un avantage sélectif de contagiosité a tendance à se substituer rapidement au virus « classique », comme cela été observé au cours des dernières semaines au Royaume Uni. Ensuite, parce qu’il faudrait pouvoir s’assurer de la représentativité de l’échantillon. Enfin, car le screening par RT-PCR ThermoFisher n’échappe pas à quelques failles. Ainsi, le cluster suspecté en Bretagne la semaine dernière grâce à cette technique s’est finalement révélé ne pas être lié au variant VOC 202012/01. Il n’est pas impossible qu’une erreur inverse puisse se reproduire: un variant n’étant pas détecté par la RT-PCR ThermoFisher et le séquençage non réalisé, faussant alors la surveillance. Il convient donc que l’intervention puisse être rapidement répétée, voire renforcée (avec un séquençage systématique, qui ne reposerait pas uniquement sur les résultats initiaux obtenus grâce à la RT-PCR ThermoFisher). Dans ce cadre, on peut peut-être s’inquiéter de la fréquence des opérations de screening par RT-PCR ThermoFisher® annoncée par le ministre de la Santé: « C'est une opération qui sera renouvelée très régulièrement, c'est-à-dire tous les sept à dix jours environ ». En tout état de cause, la circulation, même limitée, d’un SARS-CoV-2 potentiellement plus contagieux doit inviter à renforcer les dispositifs pour interrompre les chaînes de transmission et notamment l’isolement des personnes infectées symptomatiques ; sujet qui encore et toujours n’est qu’imparfaitement pris en considération par les organisations sanitaires.

A.H.

Copyright © http://www.jim.fr

Réagir

Vos réactions (3)

  • Tout va bien madame la marquise ?

    Le 14 janvier 2021

    1-L’information rapportée par O Véran devant le Sénat le 12/1/2021 selon laquelle « à peu près 1% de variant d'origine anglaise parmi les PCR positives en France » doit t’elle être vraiment considérée comme « satisfaisante » en «suggérant une diffusion encore restreinte de ce variant tant redouté» ? Suggérer la SOUS-évaluation me semble plus prés de la réalité.

    • On ne trouve que ce que l’on sait rechercher : Notre inaptitude choisie mais durable au séquençage massif a été N fois rappelée : Cf JIM 12/01/2021 « Comment la France traque-t-elle le variant anglais (et les autres) ? » . Merci à A Haroche . 55ième position mondiale pour le séquençage , peu de partage faute de données à partager ?

    • La pénurie est anticipée, elle, fusse au prix de quelques approximations ou mensonges.
    Cette méthodologie a déjà été testée , elle aussi : Masques – Tests – Pfizer.

    • Un stratégie de « sondage » semble privilégiée en France : Faute de mieux , l’offre s’adapte aux moyens disponibles et non aux besoins théoriques.

    • Cette stratégie minimaliste pragmatique pourrait être raisonnable si l’on accepte que «les données ne semblent pas mettre en évidence de concentrations particulières dans certains territoires ? » : Grand-Est et Sud - Est ont été testés de la sorte ?

    • Toutes les RT-PCR ne se valent PAS, hors variant puis per variant : Faux négatifs voir positifs redeviennent d’actualité impactant diagnostic comme dépistage.

    • La question du séquençage systématique, sans sélection RT-PCR ThermoFisher préalable peu disponible, est un vœux pieux en France.

    • Il serait intéressant de regarder l’évolution du TAUX de « PCR positives » vs celui d’hospitalisation dans les pays les plus génomiquement testants : UK – NZ – Australie

    • Mais cette épidémiologie moléculaire , couteuse en moyens humains et matériels est t-elle UTILE ? Faut t-il déshabiller Pierre (Hors Covid) pour habiller Paul (Covid) :

    Lauring AS, Hodcroft EB. Genetic Variants of SARS-CoV-2—What Do They Mean? JAMA. January 06, 2021. doi:10.1001/jama.2020.27124

    Comme l’indiquait A Fontanet il y a 72h : «C'est presque une nouvelle épidémie dans l'épidémie » . Elle devrait amplifier les stratégies vaccinales et re-re mettre sur et pas sous le tapis couvre feux national puis confinement dans le crescendo que l’on connait avec ses implications économiques et psychosociales.

    2- « La quasi disparition des autres virus saisonniers » est un FAIT qui contribue à alléger le fardeau sanitaire et la crainte initiale des co-viralités. Les mesures barrières, la limitation des voyages internationaux en est une explication NON univoque avec quelques paradoxes :

    • Grippe : Certains pays d’amérique du Sud où le contrôle de la COVID-19 était très imparfait ont aussi vu leurs taux de grippe s’effondrer. Disponibilité vaccinale aléatoire en France : QS

    • Rotavirus : Triomphe des solutés hydro-alcooliques , plus que de la couverture vaccinale(2-6Mois).
    Un distinguo malaisé par rapport aux «gastros» dues à SARS-CoV- 2 dont la transmission fécale chez l’enfant (ou l’adulte) en couche a probablement été sous-estimée :

    Viner RM et coll . Systematic review of reviews of symptoms and signs of COVID-19 in children and adolescents. Arch Dis Child. 2020 Dec17 doi:10.1136/archdischild-2020-320972

    Wang JG et coll. Gastrointestinal symptoms and fecal nucleic acid testing of children with 2019 coronavirus disease: a systematic review and meta-analysis. Sci Rep. 2020 Oct 20;10(1):17846. doi: 10.1038/s41598-020-74913-0.

    • Bronchiolites , VRS ou pas : La poussée d’octobre n’a pas eu lieu avec crèches et écoles ré-ouvertes et absence de mesures barrières chez le petit ou le plus grand. Ceci pose la question du rôle des adultes dans la dynamique de transmission de ces infections.

    L’exception inattendue : Les rhinovirus qui semblent poursuivre leur chemin sans grande implication sanitaire.

    Dr JP Bonnet

  • L'exemple de la peste de Marseille

    Le 14 janvier 2021

    Oui, "encore et toujours" le probléme pourtant évident de l'isolement et du contrôle des personnes covid+.
    Pendant la Peste de Marseille au XVIII° on isolait les contacts aux Iles du Frioul et les malades chez eux alors qu'on ignorait tout du bacille, au XXI° on à le génome du virus et on le laisse courir...

    Dr Jean-Pierre Bilhaut

  • Shadoks

    Le 14 janvier 2021

    Souvenez-vous....
    Ga-bu-zo-meuh....
    C'est ainsi que les shadoks nommaient la passoire qui laisse passer les nouilles mais pas l'eau...
    Pour les nouilles on est gâté.
    Souvenez vous également du "No passaran" des radiations de Tchernobyl et des cancers de la thyroïde dans l'Est de la France.
    Le virus ne passera pas ! Les frontières sont contrôlées.
    Tout comme pour Tchernobyl.

    Retenir un virus c'est comme vouloir retenir de l'eau dans les mains.
    Même les gosses savent que c'est impossible.
    Donc le, les, virus, les variants, passeront, se répandront.
    C'est absolument inéluctable.
    Le seul indicateur valable, c'est celui de la saturation des services de réa.
    Rien d'autre !
    A mon avis, le nombre de "cas" (mot cher aux politiques) peut-être interprété dans un autre sens : la population s'immunise sans pour autant être malade dans sa grande majorité.

    Pour ma part, dans mon coin, je n'ai rien contre les gestes barrière.
    Mais la campagne nationale est basique simpliste, et je retiens d'autres mots que la bienséance réprouve.

    Chers confrères, comment se nomme le canal qui relie les yeux au nez ?

    Alors on protège la bouche, le nez et on absorbe tout par les yeux.
    Pour les mal-voyants, protégés par leurs lunettes, on leur dit de les passer au gel ?
    Non.
    Et quand on voit médecins de plateaux, politiques, journalistes tripoter leur masque, ils savent qu'ils en ont "Plein les doigts" ?
    Non....

    La plupart de nos vacations sont farcesques disait Montaigne.
    La plupart de nos gestes de protection le sont aussi.
    Quant aux frontières...

    Il est minuit docteur Schweitzer ! Toute résistance est vaine, surtout avec des balles en bois comme en 14.

    Et si on changeait d'optique, de stratégie pour voir plus loin ?

    Dominique Barbelet

Réagir à cet article