Circulation du SARS-CoV-2 : le nombre de tests positifs quotidiens est un mauvais critère

Le nombre quotidien de nouveaux cas positifs de la Covid-19 (tests RT-PCR et tests antigéniques) témoigne de la circulation du virus SARS-CoV-2. C’est l’indicateur principal et très médiatisé utilisé par le gouvernement pour moduler la stratégie de lutte contre la Covid 19. Je souhaite montrer que cet indicateur n’est pas fiable. Pour pouvoir comparer les chiffres entre eux, il faudrait que le nombre de test réalisés soit le même chaque jour.

Le 29 décembre, près de 12 000 nouveaux cas de contamination (tests positifs) ont été enregistrés en 24 heures, un nombre largement au-dessus de l’objectif de 5 000 fixé comme un des critères pour lever le confinement.

Entre le 4 et le 29 décembre 2020 (Données SPF-Base Si-DEP), le nombre de nouveaux tests positifs quotidiens (moyennes sur 7 jours glissants) a fluctué entre 9512 (le 26/12) et 18 311 (le 22/12), la moyenne s’établissant à près de 10 000 par jour. On ne peut en fait comparer ces chiffres entre eux car le nombre de tests réalisés n’est pas constant. Il a été au maximum pendant cette période de 504 313 (le 24/12) et à un minimum de 165 418 (le 4/12), avec une moyenne d'environ 380 000 tests réalisés par jour (hors dimanche où les chiffres sont normalement plus bas).

Le pourcentage de tests positifs est le bon indicateur, car il permet les comparaisons.

En présentant les résultats sous forme des pourcentages de tests positifs, les données sont ainsi présentées : entre le 4 et le 29 décembre, la proportion de tests positifs parmi l’ensemble des tests réalisés par jour a fluctué entre 2,9 % (le 29/12) et 6,2 % (le 4/12), la moyenne s’établissant à 3,9 % par jour. Rappelons que ce pourcentage était de 15,3 % le 3 novembre.

Les pourcentages, eux, peuvent être comparés et sont plus fiables que le nombre de tests positifs. Ils ne cessent de baisser depuis novembre passant de 15,3 % à 2,9 % le 29 décembre. Pourquoi ne pas communiquer sur ces données très positives ?

Pour montrer l’absence de fiabilité de l’indicateur « nombre de cas positifs quotidiens », il suffit, par une simple opération mathématique, avec les chiffres disponibles, de calculer les résultats si le nombre de tests quotidien avait été constant, par exemple de 100 000 par jour ou de 300 000 par jour. Avec 100 000 tests par jour, le confinement aurait été levé car la moyenne sur les 4 derniers jours aurait été de 3000 cas positifs ; avec 300 000 tests par jour, on aurait eu près de 9000 cas positifs par jour.

Les résultats des campagnes de dépistage qui ont été faites dans 4 villes et agglomérations françaises, ont été un véritable échec ; s’il y avait eu un dépistage massif, il y aurait eu naturellement un nombre de test positifs très augmenté ce qui aurait encore plus élevé le nombre de test positifs et donc la communication du gouvernement en faveur d’un renforcement de la lutte.

Une ineptie épidémiologique

J’aimerais savoir qui a fixé ce seuil de 5000 pour éventuellement lever le confinement ; en terme épidémiologique c’est une ineptie car le nombre de tests faits par jour varie. Après les fêtes de fin d’année, il faut s’attendre à une diminution du nombre de sujets souhaitant se faire dépister. Il va y avoir naturellement une baisse du nombre de tests quotidiens positifs.

En conclusion, le seuil de « 5000 » semble être un outil politique qui permet au gouvernement de justifier ses choix. Il suffit pour lui de promouvoir des dépistages massifs pour maintenir ce seuil au-dessus de 5000.

J’ai été étonné qu’il n’y ait eu aucune discussion ou critique par les médias et les « experts scientifiques » sur la fiabilité de ce seuil.
 
Pour moi, deux indicateurs principaux permettent de suivre l’évolution de l’épidémie (circulation du virus) : le pourcentage de tests positifs et le nombre quotidien de cas de malades. Les données fournies par les hôpitaux (Saturation de la réanimation; pourcentage de lits occupés par les malades de la Covid 19), le nombre de décès (milieu hospitalier, EHPADs, domiciles) montrent l’impact de cette circulation du virus. C’est tout cela qui doit être pris en compte pour moduler la stratégie de lutte contre l’épidémie.

Pr Dominique Baudon, Professeur du Val-de-Grâce en épidémiologie et santé publique, biologiste des Hôpitaux

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Vos réactions (24)

  • Consternation partagée

    Le 08 janvier 2021

    Consternation partagée sur ce seuil de 5000 tests positifs, consternation renforcée par la fiabilité toute relative des-dits tests en positivité. A quand l'indication nécessaire du nombre de cycles T indiqués sur les résultats pour pouvoir ajuster au mieux notre clinique avec ce test. Et donc oui je partage tristement ce sentiment :
    En conclusion, le seuil de « 5000 » semble être un outil politique qui permet au gouvernement de justifier ses choix. Il suffit pour lui de promouvoir des dépistages massifs pour maintenir ce seuil au-dessus de 5000.

    J’ai été étonné qu’il n’y ait eu aucune discussion ou critique par les médias et les « experts scientifiques » sur la fiabilité de ce seuil.

    Dr Jean Jacques Coulon (médecin généraliste)

  • Conclusion très explicite et partagée

    Le 08 janvier 2021

    Merci pour cette belle démonstration, qui n'est malheureusement pas celle qu'on entend de la part de tous les "experts médiatiques" et pourtant la conclusion exprimée dans cet article est la plus logique qui soit et on ne peut qu'y adhérer. C'est également la conclusion à laquelle je suis arrivée peu de temps après les débuts des tests.

    Béatrice Margalef (IDE)

  • Peur et mensonge ?

    Le 08 janvier 2021

    Merci à D Baudon de son analyse lucide et argumentée hélas réservée à un public restreint. Oui, le bon sens et ce qu'on apprend des fractions et des % dés le primaire auraient du être pris en compte par nos élites politiques et administratives et au moins être discutés par nos grands médias. Non, cela n'a pas été vraiment fait.

    Je n'accepte pas l'idée que tous ces décideurs ne se soient pas posé la même question que nous. Donc, pourquoi travestissent ils des données épidémiologiques essentielles à une action basée sur la réalité médicale? Pourquoi ont ils menti pour les masques puis pour les tests? Pourquoi ont ils semé le désordre dans le dépistage en l'ouvrant à tous cet été et dans les débuts de la vaccination ces derniers jours ?

    Ma réponse, peut-être excessive, paranoïaque, est que la lourdeur administrative, le centralisme et le principe de précaution à la française qui envahissent sournoisement le domaine de la santé depuis 30 ans ont introduit la peur de l'erreur et des procédures judiciaires chez nos décideurs politiques et administratifs (mais pas seulement).

    Dire la vérité, expliquer clairement, faire part des incertitudes nécessite d'écouter et d'analyser les faits avant de décider ce qui en période de crise demande un peu de courage, d'audace et de confiance dans l'intelligence et la maturité de nos concitoyens. Hélas, cela ne semble pas pris en compte dans la sélection et la formation des élites "d'allure un peu clonale" qui gèrent notre santé au moindre coût possible.

    Espérons que cette épidémie leur/nous serve à recoller au réel, à régénérer nos chaines de décision et à reconsidérer les rapports un peu despotiques des citoyens avec leurs représentants pour les adapter à une démocratie moderne et riche.

    Dr Vincent Praloran

  • Réévaluer aussi le nombre d'hospitalisés

    Le 08 janvier 2021

    Le ratio tests positifs/tests réalisés est parfaitement démontré dans cet article comme un paramètre fiable. Il conviendrait de recalculer egalement le nombre réel de patients hospitalisés par prudence légitime pour suspicion de Covid19, par exemple pour "images en verre dépoli" sur un scanner, qui sont resalués non atteints après une semaine et 2 tests négatifs, et qui sont malgré tout maintenus dans le décompte des "patients covid". Les statistiques sur le sujet n'ont pas de marche arrière, et encore moins de réévaluation.

    Dr Bernard Hazon

  • Entièrement d'accord !

    Le 09 janvier 2021

    Effectivement, seul le pourcentage de test positif et non le nombre a un intérêt, car effectivement le nombre de tests réalisés est très différents selon les jours.
    J'ajouterai même que vu le nombre de tests réalisés, il a été impossible de rentrer dans SiDep les résultats quotidiennement. Aux moments forts (entre le 20 et le 24 décembre pour les fêtes familiales) nous avons eu jusqu'à 2-3 jours de retard (La gestion administrative est très lourde).
    Nous n'avons renseigné sur SiDep quotidiennement que les résultats positifs car ils s'accompagnaient de délivrance de masques et de contact tracing. Ce qui a contribué à fausser le nombre de tests (et les pourcentages).
    Néanmoins, les pourcentages de notre officine rejoignent ceux France total.
    Aujourd'hui, nous en faisons 4 fois moins et plus pour des raisons liées à la reprise du travail ou voyages avec +/- 2,9% de positifs au quotidien.

    Séverine, pharmacien officinal

  • Problème mathématique

    Le 09 janvier 2021

    Parfaitement bien expliqué. Vous démontrez ce que je constate depuis longtemps dans ma pratique quotidienne, ainsi que dans la pratique de maintes de mes collègues avec qui nous communiquons beaucoup. Nous donner le nombre de cas ne veut rien dire, mais sert bien sûr à affoler la population. Comment des personnes aussi intelligentes peuvent t'elle nous tromper avec des problèmes mathématiques du niveau primaire. Voilà de quoi abonder des théories complotistes qui vont à l'encontre d'une prise en charge sérieuse et tempérée de cette pandémie.

    Malheureusement ces confusion de chiffres abondent aussi des desseins politiques et économiques malveillants peut être. La question est toujours : à qui profite le crime ?
    En attendant bon nombre de citoyens sont perdus et perdent pieds...et ceux là ne sont pas comptabilisés.

    Dans un domaine où bienveillance, humanité, humanitude sont des gros mots très galvaudés, les chiffres ont permis une manipulation de masse dans quel but ...
    Merci d'avoir parlé de tout cela. Je suis parfaitement d'accord avec vous depuis bien longtemps.

    Agnes Benaiteau (IDE)

  • Variabilité des résultats selon les tests utilisés...

    Le 09 janvier 2021

    Comme le précise de façon très pertinente le Pr D. Baudon, il faudrait que le nombre de tests réalisés soit le même chaque jour.
    Mais il y a encore un biais : le chiffre obtenu regroupe les résulats de tests dont la sensibilité est différente.
    Le test PCR est tellement sensible qu'il donne des faux positifs, alors que le test antigénique qui l'est beaucoup moins donne des faux négatifs !
    Il faudrait donc non seulement que le nombre de test quotidiens pris en compte soit constant,
    mais aussi que le test utilisé soit identique : soit PCR, soit antigénique.

    Dr Maurice Mehl

  • Vaccinez vous !

    Le 09 janvier 2021

    Heureux de lire, enfin, ce que je ne cesse de répéter autour de moi, que le seul critère fiable est le pourcentage de positifs par rapport au nombre total de dépistages

    Il me semble que le seuil de 5000 sert à maintenir un niveau de vigilance chez la population, malgré cela, voyez les foyers de concentration ! Qu'en serait-il sans cette "crainte"?
    Pour moi, la bonne communication est : vaccinez vous !

    Dr Jean Fenard (Omnipratien à la retraite)

  • Que de bêtises étalées sous nos yeux

    Le 09 janvier 2021

    On ne peut être que consterné devant ce qui parait une incompétence dramatique et stupéfait de l'inertie des media ou des "experts" scientifiques.
    Que de bêtises étalées sous nos yeux tous les jours.
    Perso je me vaccine aujourd'hui, 1er dose.... enfin. Je ne contaminerai plus...Mauricette 98 ans !

    Dr Patrick Cadot

  • Nombre et pourcentage !

    Le 09 janvier 2021

    L’évidence est tellement forte qu’elle masque la vue.
    Merci au Pr Beaudon de cette intervention.
    Outre le pourcentage seul le nombre cas hospitalisés associé au pourcentage de passage en réanimation devrait nous occuper.
    Un point positif à signaler, je n’ai eu aucune difficulté à prendre un RV de vaccination pour le 18 janvier à 50 km de mon domicile.
    La levée de bouclier sur la lenteur de la vaccination a été très efficace.

    Dr Jean-Michel Rouffilange

  • Données "épidémiologiques" Covid

    Le 09 janvier 2021

    Effectivement ce sont des données plus politiques qu'épidémiologiques et c'est attendu.
    5000 est un chiffre politique annoncé comme tel par les responsables politiques.
    Le chiffre des nouveaux positifs est nécessaire pour prévoir l'impact sur les structures de soins 10-15 jours après ; il n'est pas directement comparable, contrairement à ce que font les medias toute la journée, mais il indique une tendance qui peut être affinée en corrigeant avec le nombre de tests réalisés.
    Bien sûr le nombre de nouveaux malades est la donnée la plus solide, encore faut-il définir le terme de "malade"!

    Dr Jean loup Rey (Santé publique)

  • Taux de décès/million d'habitant

    Le 09 janvier 2021

    Seul le taux de décès/million d'habitant importe réellement, ce taux permet de plus de comparer les pays entre eux (Belgique 1 734, Italie 1 299, UK 1 193, USA 1 115, Espagne 1 099, France 996, Suède 925, Pologne 805, Portugal 737, Pays bas 732, Grèce 490, Allemagne 474, Irlande 471, Canada 443, Danemark 271) on peut se hasarder à envisager que les pays qui ont un taux plus faible de mortalité ont eu une attitude globalement plus efficace.
    Pour décider de mesures d'isolement social, la mortalité quotidienne est un indicateur trop tardif.

    L'augmentation du nombre de patients Covid+ en réa, en données quotidiennes moyennées sur une semaine est un signe d'alerte en dehors même de la crainte de voir les places manquer.

    Dr Jean Michel Beuzit

  • Tout à fait d'accord

    Le 09 janvier 2021

    Ok sur le contenu de l'article. Avec quelques remarques :
    - Les indicateurs plus valides (nombre hospitalisations, entrées ou séjour en réanimation, taux d'occupation) sont assez tardifs eu égard à la décision politique à prendre. Ils sont sur un plateau (haut) depuis une quinzaine de jours.
    - Les taux de positivité, qui est plus immédiat, avec les réserves sus-mentionnées, remontent légèrement depuis quelques jours à 6.7 % le 5 janvier 2021.

    Dr Bernard Branger (épidémiologiste). Voir https://www.epi-sure.com/coronavirus

  • Accord total

    Le 09 janvier 2021

    Pr Baudon : Clair - Net - Logique : "étonnement" partagé.
    On entendra que les paramètres que j’appellerai "Saturation hospitalière" ou " Mortalité" ne sont pas prédictifs mais des constats qu'il faut bien sur ANTICIPER. Pour peu que cela soit possible : le nombre absolu de tests positifs n'est bien sur prédictif de rien du tout.

    Anticiper suppose une certaine linéarité qui ne me semble pas établie, mais peu (pas) d'expertise perso.
    Analyse des eaux usées : " séduisant" mais ... interprétation pratique me laisse perplexe même si reflet crédible de la "circulation virale".

    INTERPRETER les données est aussi important que leur collecte.

    Une certitude : Les tergiversation sur un paramêtre théoriquement simple (Mortalité), Utiliser des données absolues et non des pourcentages ouverts, eux, aux comparaisons augure fort mal de notre aptitude nationale à l'épidémiologie MOLECULAIRE et séquençage attenant : QS "Variants".
    On entendra que les outils humains et matériels ne se décident pas par caprice ou opportunisme d'une semaine pour l'autre : QS Europe continentale vs UK USA AUSTRALIE NZ AFRIQUE DU SUD.

    Ainsi évoquer les 5 , 10 , 15 ou 20 cas nationaux de variants DETECTES , en s'emmélant les stylos (QS Rennes) , en sortant les gommes , est du même niveau que " la rêgle des 5000" : au confin du mensonge et/ou de l'arnaque dans les deux cas.

    De ma même manière, affirmer la semaine passée (JT france2 20h - médecin journaliste) que " 05% des infectés se re-infectent" relêve du Bluff de dé-sinformation anxiogêne.

    Dr JP Bonnet

  • Oui mais ce taux de positif n'est pas non plus parfait

    Le 09 janvier 2021

    Certes, le nombre de tests positifs n'a de sens que s'il est ramené au nombre de tests quotidiens et ce seuil des 5000 n'a pas d'autre intérêt que de frapper l'imagination...
    Le taux de positivité est un marqueur intéressant que vous relevez. Néanmoins, s'il est bien de 2,9% au 29 décembre, il est repassé à 5,7% selon les chiffres nationaux au 5 janvier (donnée santepubliquefrance.fr arrondie à 6% publiée le 8). La remontée (rapide) semble avérée.
    Mais il faut aussi considérer le biais de recrutement de la population qui se fait tester : juste avant Noël il y avait probablement une bonne part de personnes n'étant ni cas contact ni symptomatiques désirant se déplacer, voir leur famille âgée etc : le taux de positifs ne baissait-il pas alors de façon mécanique ?

    Aujourd'hui on peut penser que la proportion de personnes se faisant tester pour des raisons de symptomatologie ou de contacts avérés est plus forte qu'au moment des fêtes. Dans ces conditions, si le taux de positivité est beaucoup plus significatif que le nombre de tests positifs, il n'en est pas parfait pour autant.

    Dr H Bossy

  • Le véritable marqueur de l'évolution de l'épidémie est le nombre d'hospitalisés

    Le 09 janvier 2021

    Votre raisonnement va dans le bon sens mais na va pas jusqu'au bout.
    Nous sommes convaincu que le chiffre brut de nouveaux cas publié chaque jour n'a de sens que s'il est mis en balance avec le nombre de tests réalisés.
    Cependant, il faut également connaître les circonstances de ce dépistage.
    Il existe des contextes différents.
    Ainsi le pourcentage de tests positifs d,une campagne de dépistage dans un territoire donnera le nombre exact de patients porteurs sains et de patients malades. Le pourcentage de tests positifs d'une population en bonne santé voulant s'assurer qu'elle peut aller réveillonner comme on l'a vu en décembre sera plus bas. Le pourcentage de patients allant se faire tester parce qu'elle présente des signes de la maladie sera beaucoup plus élevé.
    Il est donc impossible de tirer des conclusions à partir du nombre de cas, ou du pourcentage de cas si on ne connaît pas la motivation exacte des tests. Et on ne la connaitra jamais.

    Le véritable marqueur de l'évolution de l'épidémie est le nombre de patients hospitalisés car l'indication de l'hospitalisation est la même partout: C'est une forme grave nécessitant un apport d'oxygène. Encore que l'on peut le faire à domicile.

    Il faut aussi se rappeler qu'en moyenne l'apparition des formes graves survient 10 à 15 jours après la contamination. Cela impose de tenir compte de ce délai pour apprécier l'état de la situation épidémique.
    Enfin chacun d'entre nous doit se dire qu'il est porteur du virus et doit agir en conséquence.
    Je suis étonné pour ne pas dire plus que personne n'ai pris le temps d'expliquer cela.
    Cela aurait permis d'éviter des prises de décision aventureuses et délétères.

    Dr Jean-Luc Verine

  • Tout est communication

    Le 09 janvier 2021

    Merci pour cette affirmation de bon sens, soutenue par des titres professionnels de noblesse. Pour la vaccination des Français, je vois une autre lecture : si 40% des Français prêts à se faire vacciner le font, et qu’on leur ajoute les 10% de français qui ont eu récemment la Covid-19 (je ne crois pas me tromper beaucoup), ça fait 50% de français qui feront barrage à la pandémie. Cela veut dire que l’on vit comme avant avec les masques le gel et la distanciation en hiver. Je n’ai pas beaucoup de titres, mais je réfléchis.

    Dr Sophie Tourtet

  • Le cas d'Israël

    Le 09 janvier 2021

    Ce pourcentage de tests positifs est vraiment le seul marqueur permettant une vision de l’évolution de cette pandémie et de l’efficacité des mesures prises. L’évolution de la mortalité lors de la deuxième vague a été divisée par 2 grâce à l’évolution des thérapeutiques depuis la première vague et n’a plus la même valeur comparative.
    Il faut aussi une masse critique de tests suffisante avec une proportion importante de personnes asymptomatique pour que ce critère soit validé.

    En Israël où je réside ce pourcentage élevé à 7,9% a induit le confinement strict qui a commencé depuis 3 jours et ce pourcentage est passé de 7,9% à 6,2% alors que le nombre de cas annoncé varie à la hausse comme à la baisse d’un jour à l’autre.

    Dr Michel Levy

  • Merci Professeur Baudon

    Le 11 janvier 2021

    Bravo et merci Pr Baudon pour cette mise au point indispensable.

    Qui montre bien que nous sommes sortis de la médecine pour entrer dans la "médecine politique et médiatique", une discipline qui semble avoir un bel avenir.

    Reste à savoir combien de temps la population restera crédule et le mensonge institutionnel une façon de communiquer.

    Dr Jean-François Michel

  • Oui mais...

    Le 11 janvier 2021

    Globalement d'accord sur l'utilité très relative du nombre de nouveaux tests positifs et sur le caractère arbitraire du seuil de 5000, mais :

    - Le taux de positivé (d'ailleurs en hausse régulière depuis le creux de fin décembre) n'est utile que rapporté au nombre total (20% de positivé sur 100 tests ou sur 100 000 c'est plus signifiant que 20% tout court).

    - Les "experts scientifiques" s'exprimant dans les media (exception faite des nos confrères passés du côté obscur) me semblent s'accorder globalement sur le fait que les données les plus pertinentes pour juger de l'évolution de la situation épidémique sont, chronologiquement :
    ->la charge virale des eaux usées
    -> puis les appels à SOS ou au 15 pour suspicion de covid-19
    -> puis les nouveaux admis à l'hôpital pour ce motif
    -> puis les nouvelles entrées en réanimation
    -> enfin les nouveaux décès

    Le taux de positivité est aussi rapporté comme un indice significatif par ces experts.
    Les décisions politiques découlent (ou sont censées le faire) de multiples paramètres, en particulier de propagande dans son sens le plus strict, le contrôle d'une épidémie dépendant du comportement de la population, au delà des seules données épidémiologiques.

    Le seuil de 5000, si discutable soit-il, n'est pas le seul critère de décision examiné par nos dirigeants même s'il a été le plus médiatisé, et ne mérite peut-être pas une énième polémique...

    Dr Florent Mailloux

  • Circulation du SARS COV 2 (au Dr J-F Michel)

    Le 12 janvier 2021

    Que dire de plus, mon cher confrère, vous avez tout dit.
    Journalistes, politiques même combat : du bla bla, le nouvel opium du peuple.

    Dr Jean Pierre Sapin

  • Tests PCR: comparables ou incomparables?

    Le 18 janvier 2021

    Très bon article du Pr Baudon qui clarifie les choses.
    Mais il me reste quelques interrogations non évoquées concernant les test PCR:
    1/Le taux d'amplification CT est-il le même pour tous les labos en France: un CT à 30 ne donne pas de faux positifs et signe un virus en état de marche, un CT à 45 ou au delà ramasse tout y compris des miettes d'ARN non fonctionnel ?

    2/ Le CT doit-il être obligatoirement mentionné avec le résultat du test ?

    3/ Y a t-il une uniformisation au niveau Européen, voire mondial ?

    4/ Les réactifs utilisés par les labos sont-ils d'une même provenance, si ce n'est pas le cas, impliquent-ils que les CT soient différents pour induire une même sensibilité ?
    On ne peut comparer que ce qui est comparable...additionner des choux, des carottes, et des radis donne un chiffre mais il est inexploitable.

    Dr Alain Duboys

  • Eléments de réponse au Dr Alain Duboys : « DITES 33 ? »

    Le 18 janvier 2021

    Les questions posées doivent faire rappeler le peu de publications QUANTITATIVES dont nous disposions avec la «V1 avant Variants»
    L’approche CT (in vitro) / infectiosité - Contagiosité (in vitro sur culture – in vivo) était déjà peu claire.
    L’absence d’uniformité dans les méthodes, recommandations ou obligations y a contribué:

    Bullard J, Dust K, Funk D et coll . Predicting infectious SARS-CoV-2 from diagnostic samples . Clin Infect Dis. 2020 May 22;ciaa638 doi:10.1093/cid/ciaa638

    Binnicker MJ. Can the SARS-CoV-2 PCR Cycle Threshold Value and Time from Symptom Onset to Testing Predict Infectivity? Clin Infect Dis. 2020 Jun6;ciaa735 doi:10.1093/cid/ciaa735

    Je ne pense pas que nous ne disposons pas de standards clairs en France contrairement à l’Allemagne ou à fortiori de consensus international :
    Avis du 25 septembre 2020 de la Société Française de Microbiologie relatif à l’interprétation de la valeur de Ct (estimation de la charge virale) obtenue en cas de RT-PCR SARS-CoV-2 positive sur les prélèvements cliniques réalisés à des fins diagnostiques ou de dépistage Version 3 _ 07/10/2020:

    https://www.sfm-microbiologie.org/wp-content/uploads/2020/10/Avis-SFM-valeur-Ct-excre%CC%81tion-virale-_-Version-Finale-07102020-V3.pdf

    L’importance de l’obligation à mentionner le CT dépend de la pertinence qu’on lui accorde en lorsqu’il s’agit de l’interpréter auprès du patient ou de la population.

    Les supposés et maigres «acquis» devraient être REVISITES avec les «variants» significatifs dit «UK» (souche VOC-202012/01) mais aussi autres : Ils impacteront infectiosité et faux NEGATIFS en dépistage ou diagnostic en fonction des cibles analysées.
    Cf JIM 30/12/2020 « Variant anglais en France : un argument de plus en faveur des tests antigéniques ?

    « …Les mutations de la Spike n’ont pas d’effet sur la reconnaissance des virus par les tests ANTIGENIQUE . En outre, le test antigénique fonctionne d’autant mieux que les charges virales sont importantes. Or avec le variant anglais il semble qu’elles soient plus élevées qu’avec la souche classique. » JIM 15/1/2021 «Variant, immunité, vaccin : une équation à beaucoup d’inconnues. Interview du Pr Marechal »

    Nous avons reçu le 15/1/2021 une nième alerte : «DGS-Urgent n°2021_05 :

    NOUVELLES VARIANTES Sars-Cov2 : CONDUITE A TENIR»
    https://solidarites-sante.gouv.fr/IMG/pdf/dgs-urgent_05_cat_nouvelles_variantes_.pdf

    Elle confirme que toutes les RT-PCR (simples ou multiplex), tests antigéniques et même sérologies diffèrent, NE SE VALENT PAS , hors variant puis per variant.
    FAUX NEGATIFS avant tout, voir positifs, re-deviennent d’actualité en impactant DIAGNOSTIC comme DEPISTAGE.
    La liste pour les seules RT-PCR est impréssionnante , évolutive :

    https://covid-19.sante.gouv.fr/tests

    • 105 pour les seules PCR simples : Aucun validé HAS 58 évalués CNR
    • 13 pour les PCR multiplex : Aucun validé HAS 2 évalués CNR

    Des tests sont sujets à caution pour le seul «VARIANT UK» (souche VOC-202012/01) : Tout test MONOCIBLE (Protéine S) devient alors INAPPROPRIE

    Mise en avant, en sélection pré-séquençage, de la RT-PCR ThermoFisher (en fonction des voyages des 15derniers jours !?) : Bien peu disponible en France.

    Même si le propos est anxiogêne, qui contredira A Fontanet quand il déclarait la semaine dernière : «C'EST PRESQUE UNE NOUVELLE EPIDEMIE DANS L’EPIDEMIE».

    Dr JP Bonnet

  • Elémentaire mon cher Watson !

    Le 15 mai 2021

    Nous, professionnels de santé, et naturellement tous ceux qui ont qqes notions de statistiques des populations, connaissons parfaitement cet énorme biais !
    Et si l'on veut en effet conserver ce genre d'indicateur (qui reste très intéressant) il est absolument indispensable de le corréler au nombre d'individus testés donc de publier non pas seulement un volume mais surtout un pourcentage !

    Toutefois il est très important de faire suivre ce taux du volume car plus ce dernier est important plus le taux affiché sera évidemment considéré comme significatif...

    Dr Alain Cros

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