Covid-19, le nombre de cas positifs et le taux d’incidence ne sont pas des bons indicateurs !

Pr Dominique BAUDON, Professeur du Val-De-Grâce

Comme il l’a fait à plusieurs reprises sur ce site, le Pr Dominique Baudon revient sur les erreurs d’estimation qui pourraient conduire à prendre les mauvaises mesures sanitaires en cette fin de pandémie. Car sommes-nous tout à fait à l’abri d’une recrudescence ?

Lors de son interview sur TF1 le 3 mars 2022 au journal de 13 h, le Premier Ministre a déclaré qu’à partir du 14 mars le Passe Vaccinal serait suspendu (et non abrogé) et que le port du masque ne serait plus obligatoire sauf dans les transports collectifs, et certains établissements médicaux (hôpitaux, Ehpad, établissements accueillant des personnes en situation de handicap). Ces décisions ont été justifiées par la diminution très nette du nombre de sujets hospitalisés en soins critiques ou en réanimation pour la Covid-19, et par, je cite le journaliste « une division par 10 depuis janvier du nombre de cas positifs ». Le Ministre de la Santé avait lui aussi indiqué un effondrement du nombre de cas. C’est sur ce dernier point que je souhaite centrer ma tribune.

Le nombre de « cas positifs » de la Covid-19 est sous-estimé : ce n’est pas dix fois moins !

Le nombre de cas positifs est en fait le nombre de tests positifs qui dépend du nombre de tests réalisés. Connaissant ces deux nombres, on peut calculer le taux de positivités des tests. Enfin un autre indicateur est utilisé, le taux d’incidence des cas qui est le nombre total de cas positifs hebdomadaire pour 100 000 h.

C’est le 25 janvier que le nombre de cas positifs déclarés a été le plus élevé (501 635). Ce même jour, près de 1,8 millions de tests avaient été réalisés (taux de positivité des tests de 28 %).

Le 2 mars, 57 637 cas positifs ont été déclarés à partir d’environ 290 000 tests réalisés (taux de positivité de 20 %).

Entre ces deux dates (8 jours), le nombre de tests réalisés a été divisé par 6, le nombre de cas positifs a été divisé par 9 et le taux de positivité par 1,4.

Le 2 mars, si 1,8 millions de tests avaient été réalisés (comme pour le 25 janvier), avec le taux de positivité des tests de 20 %, on aurait eu 360 000 cas positifs, soit 6 fois plus que ce qui a été déclaré (57 637) ; le nombre de cas (360 000) aurait été divisé par 1,4 par rapport au 501 635 cas obtenus le 21 janvier, et non pas par 10, chiffre cité dans l’interview du Premier Ministre.

Cet exemple permet de montrer que le nombre de cas positifs, tel qu’il est calculé, n’est pas un bon indicateur de la dynamique de la circulation du virus ; le taux de positivité, lui, est plus pertinent. Dans la même période il n’a été divisé que par 1,4.

Je rappelle qu’en décembre 2020 (2e vague épidémique), une des conditions pour lever le confinement était que le nombre de cas positifs soit inférieur à 5 000 !!!

Le même raisonnement peut être tenu avec les taux d’incidence des cas, puisqu’ils sont liés au nombre de tests réalisés.

J’ai déjà dans plusieurs tribunes sur JIM.fr indiqué que le taux d’incidence des « cas » ou le nombre de cas positifs ne reflétaient pas la réalité de la situation épidémiologique car ils sont liés au nombre de tests réalisés [1, 2].

Les bons indicateurs pour la prise de décision concernant les mesures sanitaires sont hospitaliers

Comme depuis le début de l’épidémie en France, les « bons » indicateurs utilisés par le Gouvernement pour moduler les mesures sanitaires sont liés au fonctionnement des hôpitaux et cliniques (nombres de malades en réanimation, pourcentage de lits occupés par des malades de la Covid-19, nombre de décès) ; ils permettent de prendre les décisions pour éviter la saturation des hôpitaux et en particulier des services de réanimation. Ce sont donc ces indicateurs qu’il faut continuer à utiliser.

Pour étudier la dynamique de l’épidémie, le taux de positivité des tests peut être utilisé. Mais des enquêtes épidémiologiques ponctuelles (enquête flash) pourraient aussi être pratiquées pour étudier la circulation des virus, comme cela est déjà réalisé pour le séquencage des virus (milieux scolaire, population générale…)

En France, le taux d’incidence des cas et/ou le nombre de « cas positifs » ont été utilisés, surtout quand le nombre de décès ou de malades en réanimation a chuté ; c’était peut- être un moyen de « faire peur » et de faire appliquer des mesures jugées par certains trop contraignantes.

Le variant Omicron et les éventuels nouveaux variants changent la donne

Le variant Omicron (BA.1) représente aujourd’hui 99,9 % des SARS-CoV-2 circulant en France. Il est très contagieux et peu virulent. La vaccination assure une protection vis-à-vis de la gravité de la maladie, mais peu vis-à-vis de l'infection ce qui explique la cinquième vague « omicron » avec aussi de nombreuses réinfections. Une équipe de modélisateurs de l'Office for National Statistics (ONS) du Royaume-Uni a évalué la probabilité d’être réinfecté chaque jour pour 100 000 personnes ayant déjà eu un test positif. Selon eux, le risque était 15 fois plus important avec Omicron (180,3/100 000/jours) qu’avec les variants précédents (Wuhan, Alpha et Delta -11,7/100 000/jours) (JIM.fr) [3]. Selon Santé Publique France, l'écrasante majorité des cas de réinfections ( 384 375 cas, soit 92 % des cas) se sont produits depuis le 1er décembre 2021, au moment où le variant Omicron circulait beaucoup.

Un sous lignage BA.2 d’Omicron est apparu récemment ; sa proportion a augmenté dans toute la France depuis début janvier 2022. Selon Santé Publique France, il représentait 4,8 % des séquences Omicron de l’enquête Flash en semaine 4 (S4-24/01) et 27 % de de l’enquête Flash en semaine 7 (du 14 au 20 février). Il ne semble pas qu’il sera responsable d’une sixième vague ; selon le Groupe consultatif technique de l’OMS, même si le variant BA.2 est plus transmissible que BA.1 (l’Omicron initial), il ne semble pas responsable d’une recrudescence des cas de Covid-19 au niveau mondial [4].                                                                                                 

Le Premier Ministre dans son interview du 3 mars a précisé que le Passe vaccinal était « suspendu » et non abrogé, et c’est cela qui « m’inquiète ».

Il faut donc souhaiter que les indicateurs classiques de « pression hospitalière » seront les seuls utilisés pour la prise de décisions concernant d’éventuelles mesures restrictives.

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Vos réactions (1)

  • Aucun bon indicateur

    Le 11 mars 2022

    Le taux de positivité des tests n'est aucunement un indicateur plus pertinent que d'autres. Il est bien évident que le type de motivation des personnes à se faire tester est le principal facteur qui le fait évoluer.
    On peut dire (et redire encore, donc) que les tests spontanés n'ont strictement aucune utilité sanitaire. Seules auraient un intérêt scientifique des campagnes de tests soigneusement protocolisées, en conditions calibrées sur des périodes et des échantillons choisis.

    Dr Pierre Rimbaud

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