SARS-CoV-2, une mutation qui change (peut-être) tout ?

Des variantes du SARS-CoV-2 avec une délétion de 382 nucléotides (∆382) dans la région ORF8 du génome ont été détectées à Singapour et dans d'autres pays. Rien d’étonnant que d’assister à des mutations de virus qui par essence sont très changeants. La véritable interrogation est bien de savoir qui en tire avantage : le virus avec plus d’affinité pour nos récepteurs ou une plus grande virulence, ou bien nous pauvres humains si la mutation produit un virus moins accrocheur et surtout moins virulent et moins dangereux ? Réponse apportée par une équipe de Singapour qui a étudié l'effet de cette délétion sur les caractéristiques cliniques de l'infection en identifiant rétrospectivement les patients qui avaient été dépistés pour la variante ∆382 et recrutés pour l'étude PROTECT, une étude de cohorte observationnelle prospective menée dans sept hôpitaux publics de Singapour.

Les personnes infectées par la variante ∆382 ont été comparées à celles infectées par le SARS-CoV-2 de type sauvage. Une régression logistique exacte a été utilisée pour examiner l'association entre les groupes d'infection et le développement d'une hypoxémie nécessitant une oxygénothérapie (un indicateur de forme grave de Covid-19, le paramètre principal).

Moins d’hypoxémies sévères avec la variante ∆382 du SARS-CoV-2

Entre le 22 janvier et le 21 mars 2020, 278 patients atteints d'une infection par le SARS-CoV-2 confirmée par PCR ont bénéficié d’une recherche de la variante ∆382. Cent trente et un patients ont été enrôlés dans l'étude, dont 92 (70 %) étaient infectés par le virus de type sauvage SARS-CoV-2, dix (8 %) étaient infectés par un mélange de virus de type sauvage et de la variante ∆382, et 29 (22 %) étaient infectés par la seule variante ∆382. L’apparition d'une hypoxémie nécessitant une oxygénothérapie a été moins souvent observée dans le groupe des patients infectés par la variante ∆382 (0 [0 %] des 29 patients) que dans le groupe des patients infectés par le type sauvage uniquement (26 [28 %] des 92 ; différence absolue de 28 % [intervalle de confiance à 95 % IC 95 %, 14-28]). Après ajustement en fonction de l'âge et de la présence de comorbidités, l'infection par la variante ∆382 a été associée à une probabilité plus faible de développer une hypoxémie nécessitant une oxygénothérapie (OR ajusté 0-07 [IC 95 %, 0-00-0-48]) par rapport à l'infection par le virus de type sauvage uniquement.

Plusieurs limitations à cette étude

Hormis la très petite taille de l’échantillon, en bons chats échaudés, les auteurs soulignent plusieurs limitations pour leur étude. Tout d'abord, les échantillons respiratoires ont été recueillis dans le cadre des soins cliniques de routine, avec peu de recueils au début de la maladie chez de nombreux patients.

Deuxièmement, bien que les principaux déterminants connus de la Covid-19 grave aient été incorporés dans le modèle multivariables, il pourrait y avoir eu des facteurs de confusion non mesurés susceptibles d’expliquer certaines des différences dans les résultats cliniques. Enfin, la présence de groupes de transmission (clusters) aurait également pu amplifier le biais, et il est possible que les patients recrutés n'aient pas été représentatifs de leurs groupes d'infection.

Néanmoins, une lueur d’espoir

En résumé, l'ORF8 est un « point chaud » pour la variation génétique des coronavirus. L'effet clinique des délétions dans cette région semble se traduire par une infection moins grave avec une libération systémique moindre de cytokines pro-inflammatoires. Une étude plus approfondie de ces variantes pourrait améliorer notre compréhension de la virologie et de la pathogenèse du SRAS-CoV-2 et pourrait avoir des implications pour le développement de traitements et de vaccins.

Néanmoins, une lueur d’espoir qui nous rappelle que bien des épidémies meurent de leur belle mort, soit par faute de combattants humains, soir par faute de combattants infectants qui se heurtent à de plus en plus d’hôtes immunisés (c’est l’immunité de horde) ou perdent de leur virulence au cours du temps.

Et une possible explication à la question que nous nous posons tous en ce moment : pourquoi autant de personnes infectées génèrent-elles si peu d’hospitalisations ? Le jeune âge de ces personnes infectées en est-il la seule explication ? Ou bien la moindre virulence du virus ? Ou bien les deux, mon adjudant ?

Dr Bernard-Alex Gaüzère

Référence
Young BE et coll. : Effects of a major deletion in the SARS-CoV-2 genome on the severity of infection and the inflammatory response: an observational cohort study. Lancet, 2020; publication en ligne le 18 août. doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31757-81

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Vos réactions (1)

  • Merci Singapour

    Le 22 août 2020

    Enfin une (peut être) bonne nouvelle ! Ca nous change un peu.

    Dr Bruno Pace

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