Un biomarqueur génétique pour le traitement personnalisé des MICI

Les cliniciens connaissent bien les biomarqueurs classiques de l’inflammation associés à la Maladie de Crohn (MC) et la calprotectine fécale utilisée notamment en cas de rectocolite hémorragique (RCH). Ils sont cependant à la recherche de biomarqueurs pronostiques pour tenter de cerner le profil évolutif des MICI afin d’adapter plus précisément les nouvelles biothérapies, certes efficaces, mais non dénuées d’effets secondaires.

Les auteurs de l’article dont il s’agit ici, avaient déjà montré l’importancedu rôle des cellules T cytotoxiques (TCD8) dans les MICI.L’évolution des techniques de « Reverse Transription- Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) leur a permis de se passer de la laborieuse séparation cellulaire pour quantifier directement un cluster d’ARN associé à ces lymphocytes killers. La qRT-PCR est, en effet, utilisée pour connaître le niveau d’expression d’un gène dans une condition donnée, comme une poussée de MICI non traitée : plus les gènes sont exprimés, plus le nombre de molécules d’ARN synthétisées sera grand. L'apprentissage automatique ou machine learning a permis d’identifier des groupes de gènes permettant de classer les patients en 2 sous-groupes IBD1 / IBD2. Ces 17 meilleurs gènes de classification ont été optimisés pour cette PCR quantitative et validés, de 2009 à 2017, chez 66 patients atteints de MC et 57 patients atteints de RCH.

Distinguer les patients à risque de maladie plus agressive

Dans les deux cohortes d’observationet de validation, un classificateur de17 gènes a réparti les patients en deux sous-groupes distincts. Indépendamment du diagnostic sous-jacent, le sous-groupe IBD1 est de mauvais pronostic, les malades y ayant présenté une maladie nettement plus agressive que les patients du sous-groupe IBD2. Les sujets du sous-groupe IBD1 ont eu besoin d'une intensification de traitement plus précoce et de plus d'escalades thérapeutiques au fil du temps. Au bout de 18 mois d’escalades multiples, on notait une sensibilité de 72,7% (MC) et 100% (RCH) et une valeur prédictive négative de 90,9% (MC) et 100% (RCH).

En somme, cette étude très fine des gènes associées aux lymphocytes T CD8 aboutit au premier biomarqueur pronostique validé capable de prédire le pronostic chez les patients porteurs d’une MICI nouvellement diagnostiquée. Ce test biologique génétique, commercialisé sous le nom de PredictSURE IBD, représente, à l’heure des nouvelles biothérapies, un pas en avant vers une thérapie personnalisée.

Plusieurs auteurs ont cependant révélé des liens financiers avec PredictImmune, qui a partiellement financé l’étude. Une étude prospective, appelée PROFILE, utilisera ce biomarqueur pour distinguer les patients relevant d’une intensification de traitement ou au contraire d’une désescalade thérapeutique.

Dr Sylvain Beorchia

Référence
Biasci D, Lee J, Nour N et coll. : A blood-based prognostic biomarker in IBD. Gut 2019;0:1–10. doi:10.1136/gutjnl-2019-318343

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