Utilité du séquençage rapide de l’exome en soins intensifs néonataux

Les anomalies génétiques ont une prévalence relativement élevée chez les nouveau-nés nécessitant des soins intensifs. Leur identification bénéficie à présent du séquençage de 2e génération de l’ADN, le séquençage massivement parallèle. Un séquençage rapide de l’exome, fait par cette technique, présenterait des avantages cliniques et économiques en cas de suspicion d’anomalie génétique chez un nouveau-né hospitalisé dans une unité de soins intensifs néonatale [USIN].

Une étude observationnelle prospective compare le séquençage rapide de l’exome à l’approche génétique classique chez des nouveau-nés pris comme leurs propres témoins.

Soixante nouveau-nés, dont 30 prématurés, ont été recrutés dans 5 des dix USIN des Pays-Bas. Leur présentation clinique comportait des malformations et/ou une dysmorphie (47/60), ou des signes tels que des convulsions, une hypotonie, une insuffisance respiratoire, etc. qui orientaient vers une maladie rare (13/60). Aucun n’avait eu de diagnostic prénatal et leur phénotype n’évoquait ni une trisomie 13, 18 ou 21 ni une monosomie X0.

Sur le plan génétique, tous ont été explorés selon deux approches à partir de l’âge moyen de 8 jours : 1) une approche classique, où l’indication des tests était laissée à la discrétion des généticiens, et 2) en première intention, un séquençage rapide de l’exome.

L’approche classique a conduit à réaliser 9 caryotypes, 46 CGH arrays, 44 séquençages de l’exome, 9 analyses ciblées, 2 FISH et une PCR quantitative fluorescente, soit en moyenne 1,87 tests par patient (extrêmes : 1, 5). Le séquençage rapide a porté sur le « mendéliome » (tous les gènes associés à une affection) ou un panel de gènes, de l’enfant ainsi que de ses parents biologiques (« analyse en trio »). Quand l’approche classique comprenait un séquençage de l’exome, c’est le résultat du séquençage rapide qui a été pris en compte en lui attribuant un délai d’exécution de 105 jours.

Un rendement supérieur à celui de l’approche classique pour le séquençage rapide de l’exome

Le rendement diagnostique du séquençage rapide de l’exome a été supérieur à celui de l’approche génétique classique (12/60, soit 20%, versus 6/60, soit 10%, respectivement). Le séquençage rapide de l’exome a produit 6 diagnostics de maladies monogéniques en plus, basés sur des SNV (single nucleotide variants).

Le délai d’exécution du séquençage rapide de l’exome – de la réception du prélèvement de sang au laboratoire à la rédaction du résultat – a été plus court que celui des tests de l’approche génétique classique (en moyenne, 12 j [intervalle de confiance à 95 % IC 95% : 10 à 14] vs 81 j [IC 95% : 71-92], respectivement ; p < 0,001). Pour les diagnostics positifs, le délai entre l’indication du premier test génétique et le retour du dernier résultat a été 4 fois plus court pour le séquençage rapide de l’exome que pour l’approche génétique classique (15 j vs 59 j).

Le coût du séquençage rapide de l’exome n’a pas été plus élevé que celui de l’approche génétique classique (5 409 € par analyse en trio vs 5 494 € pour l’ensemble des tests d’une approche classique ; p = 0,23), parce que trois quarts des approches classiques comprenaient un séquençage de l’exome.

Au total, un séquençage rapide de l’exome en première intention a amélioré le diagnostic génétique (gain de productivité et gain de temps) en USIN, sans revenir plus cher.

Il est probable qu’il a permis d’adapter plus vite la prise en charge de certains patients, et ce faisant, de réduire les dépenses de santé (les auteurs citent l’exemple d’un arrêt de soins dans un syndrome de Mowat-Wilson). Il a aussi permis de fixer plus rapidement les parents, ce qu’ils semblent avoir apprécié.

Dr Jean-Marc Retbi

Référence
Keizer RACMO et al. Rapid exome sequencing as a first-tier test in neonates with suspected genetic disorders : results of a prospective multicenter clinical utility study in Netherlands. Eur J Pediatr 10.1007/s00431-023-04909-1

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