Le séquençage génomique, une approche prometteuse dans les sténoses biliaires

La différenciation entre les sténoses bénignes (inflammatoire, infectieuse ou iatrogénique) et malignes des voies biliaires reste difficile en pratique, compte tenu de la petite taille des prélèvements et de l’intrication entre la maladie inflammatoire et la cancérisation. Le séquençage de gènes mutés, oncogènes ou suppresseurs de tumeurs a ouvert de nouvelles possibilités de détection précoce et de gestion de certains cancers mais cela n’avait pas encore été appliqué aux prélèvements biliaires.

Un panel de 28 gènes obtenu par next-generation sequencing (BiliSeq) a été évalué de manière prospective en utilisant des échantillons biliaires obtenus par ERCP (cholangiopancréatographie rétrograde endoscopique) chez des patients présentant des sténoses des voies biliaires. Les performances diagnostiques de BiliSeq ont été testées chez 252 patients (57 dans la cohorte d’observation et 195 dans la cohorte de validation) avec 346 prélèvements biliaires.

Amélioration de la sensibilité de l’évaluation anatomo-pathologique

La sensibilité et la spécificité de BiliSeq pour les sténoses malignes se sont révélées être respectivement de 73 % et 100 %. En comparaison, un taux de CA19-9 sérique élevé et l’examen anatomo-pathologique présentaient des sensibilités respectives de 76 % et 48 % et des spécificités de 69 % et 99 %. La combinaison de BiliSeq et de l'évaluation pathologique a augmenté la sensibilité à 83 % et maintenu une spécificité de 99 %. BiliSeq a amélioré la sensibilité de l'évaluation anatomo-pathologique de la malignité de 35 % à 77 % pour les brossages biliaires et de 52 % à 83 % pour les biopsies biliaires.

Parmi les patients atteints de cholangite sclérosante primitive (CSP), BiliSeq avait une sensibilité de 83 % par rapport à l'évaluation anatomo-pathologique (sensibilité de 8 %). Des altérations génomiques pertinentes sur le plan thérapeutique ont été identifiées chez 20 patients (8 %).

Deux patients atteints de cholangio-carcinome avec amplification de ERBB2 ont reçu un traitement à base de trastuzumab et ont présenté une réponse clinico-radiographique favorable.

La combinaison de BiliSeq avec l’évaluation anatomo-pathologique sur des prélèvements biliaires obtenus par brossage ou de biopsie a amélioré la détection des sténoses malignes, notamment en cas de CSP sous-jacente. La cancérisation par un cholangio-carcinome est souvent constatée dans les 2 premières années suivant le diagnostic de CSP et se révèle 400 fois plus fréquente que dans la population générale.

Le séquençage génomique de nouvelle génération apporte donc une aide précieuse au difficile diagnostic des sténoses biliaires et permet d’obtenir des cibles thérapeutiques plus précises que l’immunohistochimie ou l’étude difficile des anomalies chromosomiques (FISH). Des études ultérieures sont cependant nécessaires pour valider les premiers résultats prometteurs de cette série mono-centrique de Pittsburgh et inclure plus de prélèvements biopsiques réalisées sous écho-endoscopie.

Dr Sylvain Beorchia

Référence
SinghiAD, Nikiforova µ, Chennat J et coll. : Integrating next-generation sequencing to endoscopic retrograde cholangiopancreatography (ERCP)-obtained biliary specimens improves the detection and management of patients with malignant bile ductstrictures. Gut, 2019;0:1–10. doi:10.1136/gutjnl-2018-317817

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