Il est long le temps de la décolonisation intestinale spontanée des germes résistants

Le microbiome intestinal humain est extrêmement complexe comprenant plus de 1 000 espèces différentes et des millions de gènes. Les micro-organismes exercent des fonctions multiples dont la prévention de la colonisation de l’intestin par des pathogènes.

En pédiatrie, le microbiome est influencé par la voie de l’accouchement, le régime alimentaire, le mode d’allaitement, l’âge, l’aire géographique, les traitements, surtout antibiotiques. L’abus d’antibiotiques peut aboutir à transformer le tube digestif en un réservoir de germes résistants (GR), en particulier des bacilles Gram moins insensibles au carbapénème.

A partir de là, l’intestin colonisé contribue à la dissémination d’infections à GR chez des patients vulnérables. La durée de la décolonisation spontanée est donc un facteur important à connaître.

Des pédiatres et microbiologistes de l’Université de Thessalonique ont conduit une étude prospective en 2018-2019 sur les enfants qui avaient des comorbidités et nécessitaient des soins à long terme. De fait, les patients âgés de 1 jour à 16 ans, qui avaient une trachéotomie, une gastrostomie, un cathéter central, des cures multiples d’antibiotiques ont été sélectionnés.

Ceux qui avaient une culture rectale positive à GR (Enterobacterales, Pseudomonas aeruginosa, Acinetobacter baumannii) ont été suivis prospectivement chaque semaine jusqu’à la sortie pour évaluer la sensibilité de ces germes. Les patients colonisés ont eu ultérieurement des cultures rectales tous les mois pendant un an.

Au-delà, une surveillance maximum de 2,5 ans a été planifiée. La décolonisation a été définie par 3 cultures négatives consécutives séparées d’une semaine. Les échantillons des patients devenus négatifs puis à nouveau positifs ont été analysés par PCR pour détecter les gènes des carbapénases.

Plus de 30 jours et même de 6 mois

Pendant la période d’étude, 949 patients ont été dépistés pour la colonisation par GR puis surveillés pendant l’hospitalisation : 245 (26 %) ont été colonisés ; parmi eux, 130 ont pu être suivis ultérieurement y compris 66 nouveau-nés.

Leur âge médian était de 1,3 mois (intervalle interquartile IIQ 0,8-6,9 mois ; 2 jours à 16 ans). Parmi les patients de plus de 30 jours, 51,6 % ont été décolonisés dans les 6 mois ainsi que 91 % des nouveau-nés ; c’était le cas au 12ème mois pour 89 % des plus de 30 jours et 100 % des plus jeunes.

Sur le nombre total des patients colonisés de 21 à 892 jours, 47 (36 %) l’ont été au moins 6 mois.

Les Klebsiella pneumoniae étaient les germes prédominants. Parmi tous les patients, 44 (34 %) ont développé une infection à GR : 59 % des plus de 30 jours et 9 % des nouveau-nés, surtout pneumonies (25 %) et septicémies (20,5 %).

Les facteurs associés au développement d’une infection à GR étaient la colonisation prolongée (en analyse à variables multiples Odds ratio ajusté aOR 7,75 : intervalle de confiance à 95 % IC 2,1-28,6 P = 0,002), l’utilisation prolongée d’antibiotiques à large spectre (aOR 1,22 IC 1,11-1,34, P=0,03)), la nutrition parentérale (aOR 4,53 IC 1,14-17,9 P=0,03).

Deux patients ont été retrouvés colonisés par PCR après 3 cultures négatives.

En conclusion, parmi les patients colonisés par des bactéries multi-résistantes, la décolonisation spontanée survient souvent en plus de 30 jours et pour la totalité des nouveau-nés dans les 12 mois. Cependant, un tiers développe une infection à bacilles résistants. Ces constatations illustrent la nécessité de la surveillance de la flore anale.

Pr Jean-Jacques Baudon

Référence
Darda VM et coll. : A longitudinal study of spontaneous decolonization of Carbapenem-resistant Gram-negative bacteria in neonatal and pediatric patients. Pediatr Infect Dis J., 2022;41:648-653

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